Некогда сильное, богатое и уважаемое орденское государство к концу 13-летней войны, по сути, оказалось нищим. Благосостояния страны более не существовало, экономическая мощь упала до минимума. Крестьяне, немецкие и прусские, так обеднели, что едва ли были в состоянии возделывать свои поля, у них не было рабочей силы, скота и лошадей, отсутствовал инвентарь и, прежде всего, деньги.

У ордена не было никакой возможности расплатиться с наёмниками. Часть из них ещё во время войны в качестве оплаты получили пожалования в виде деревень, городов и целых амтов (районов). С этого времени в Пруссии появляются крупные землевладельцы-юнкера.

После смерти Людвига фон Эрлихсхаузена орденский госпитальер Генрих Ройс фон Плауэн был единогласно выбран исполняющим обязанности (наместником) магистра.

В его руки было передано управление страной, ибо из всех правителей ордена он был единственным, кому доверял весь орден. Никто другой не мог сравниться с ним силой духа и воли, решительностью, разумной осмотрительностью, богатым опытом. Он отстоял Мариенбург в 1454–1455 гг. после взятия Кнайпхофа в Кёнигсберге, восстановил власть ордена на северо-востоке Пруссии. Два года (1455–1457) занимал должность верховного маршала, и только тяжёлая болезнь заставила его сдать этот пост. Сила его духа не позволила страшному удару, постигшему орден, отнять у него надежду на то, что помощь из Германии ещё позволит вернуть достославный орденский замок Мариенбург и часть Западной Пруссии для ордена. Как ни тяжелы были времена, он сохранял мужество и надежду. Получив должность наместника, он два с половиной года старался отсрочить выборы нового магистра, так как в этой должности не обязан был присягать польскому королю, как это было прописано в мирном договоре в отношении главы ордена.

Сообразно поставленным целям 2 февраля 1467 г. на Малом капитуле практически все должности правителей (Малого совета) и комтуров оставшихся замков были заново распределены.

На должность великого комтура избрали Генриха Реффле фон Рихтенберга из Путцига (Луцк), где он, видимо, формально занимал должность фишмейстера. Ульриха фон Кинсберга — верховным маршалом. Комтура Бранденбурга Файта фон Гиха избрали верховным шпитлером (госпитальером). Комтур Бальги Зигфрид Флаг фон Шварцбург был назначен верховным трапиером. Были изданы ряд предписаний и рекомендаций относительно орденской дисциплины и жизни ордена вообще. Магистр обратил всю свою энергию на решение двух взаимосвязанных задач: поднять благосостояние и обеспечить экономическое развитие обедневшей и опустевшей страны, а также по мере возможности освободить орден от угнетающего давления долгов. Эти две цели были основополагающими, на них он делал упор, пока стоял во главе ордена.

На переговорах с губернатором Штибором фон Байзеном в Эльбинге в августе 1467 г. он требовал не только отмены ограничений свободной торговли, противоречащих мирному договору, но и полной свободы торговли на всех путях по суше и по воде. Также в согласии с губернатором были разработаны многие положения, которые имели своей целью как повышение благосостояния в городах (посредством развития торговли и ремесел), так и улучшение расстроенных финансовых отношений ордена посредством регулирования налогов и других сборов с домов и земель, а также оживление земледелия и возрождение сельскохозяйственных предприятий. Конечно, цель, к которой стремился правитель, была еще очень далека, многочисленные раны, нанесённые городам и всей стране беспощадной войной, залечивались очень тяжело и медленно.

Еще сложнее была задача найти средства, чтобы выплатить чрезвычайные государственные долги, и в первую очередь — находившимся ещё на территории страны наёмникам. Наместнику удалось удовлетворить некоторые их требования, одним — частичными выплатами из поступавших после заключения мира налогов, другим — признанием причитающихся им сумм или предоставлением залога, третьим — предложением земельных владений (город, деревня, имение). Мельхиору фон Дебену за причитающие ему 864 венгерских гульдена магистр в 1468 г. заложил в Хайлигенбайле мельницу, поместье Авайден и деревню Рёдерсдорф. Тогда-то и случилось, что большое количество имений, деревень и даже несколько городов в Пруссии перешло во владение отдельных частных лиц и возникло значительное количество новых дворянских имений.

Так как при глубоко укоренившемся недоверии к ордену далеко не все, кто имел долговые претензии, соглашались на долговые обязательства, предлагавшие ежегодные частичные выплаты, то в 1468–1470 гг. многие имения были выставлены на продажу, чтобы вырученными деньгами удовлетворить требования. Также некоторые имения и деревни, отданные в залог в счёт занятых денежных сумм, перешли в частное владение, так как ввиду затянувшейся бедности ордена не смогли быть выкуплены. Главы наёмников принимали от ордена в качестве возмещения долгов имения, деревни и даже города, и почти всегда с Магдебургским правом и одновременным обязательством дальнейшей военной службы как в наступательных походах, так и в обороне.

Как пример, Шлибены стали владельцами чрезвычайно больших земельных владений. Георг фон Шлибен с Хансом и Магнусом фон Шлибен ещё до битвы при Конице пришёл на помощь ордену с внушительным войском. С тех пор он многие годы играл значительную роль как на военной службе, так и в посольствах за границу, и как участник многих переговоров. Наместник передал ему в возмещение его военной службы и ущерба сначала замок и город Гердауэн. Затем город Норденбург, наряду с 14 деревнями и несколькими имениями с Магдебургским правом и с так называемыми дворянскими привилегиями. Эти владения впоследствии были увеличены за счёт дополнительных поместий и деревень, в результате Георг фон Шлибен стал, бесспорно, одним из богатейших дворян на всей орденской территории.

Будучи в основном занятым внутренними делами страны, Генрих Ройс фон Плауэн во внешнеполитических делах принимал лишь незначительное участие. Впрочем, они мало касались Пруссии. После смерти епископа Пауля фон Легендорфа (26 августа 1467 г.) эрмландский соборный капитул, испытывая недоверие к польскому королю из-за его корыстных планов, в большой спешке назначил эрмландского каноника Николауса фон Тюнгена, папского секретаря в Риме, его преемником. Король для утверждения своего влияния пытался продвигать своих протеже в Пруссию и желал отдать освободившийся епископский престол епископу Кульмскому Винцентию по прозвищу Кильбасса. Развернулся долгий ожесточённый спор, который летописцы окрестили "поповской войной".

Наместник, склонявшийся в интересах ордена к избранному епископу, не мог вмешаться в этот спор, так как недоверие польского короля к ордену могло обострить ситуацию. Папа вопреки всяческим попыткам польских посланников склонить его на сторону короля медлил не только с подтверждением Торнского мира, но и со снятием опалы с территорий, вошедших в состав Прусского союза. Вину за это в Польше возлагали на епископа Винцентия, который употреблял все средства для поддержания недоверия короля против ордена в соответствии с якобы тайной просьбой умершего верховного магистра и его правителей к папе. Наместник в интересах ордена старался рассеять недоверие короля, поэтому ко всему, в частности к эрмландскому спору, подходил с большой осторожностью, тем более что папа не намерен был удовлетворить желания короля видеть епископа Кульмского Винцентия епископом Эрмланда.

Более того, вскоре после выбора капитулом епископа утвердил его в должности, о чём сообщил сначала наместнику, а лишь затем королю. Таким образом, было ясно: римский престол полон решимости сохранить решение капитула и при любых обстоятельствах будет защищать нового епископа от неправомерных нападок короля. Даже при такой решимости папы король не оставил свой план отобрать епископское звание у нового епископа и предоставить его своему фавориту для утверждения своего влияния на Эрмландскую церковь.

Эти отношения заставляли наместника соблюдать в отношении ко роля все возможные предосторожности. Тем более что в изобилии ходили слухи о множестве мыслимых и немыслимых движений, якобы имевших место в Пруссии, и даже слух о том, что орден под давлением императора и короля Венгрии снова готовится к войне против Польши. Эти слухи вызвали в короле такую уверенность, что он сразу же послал епископов Кульма и Леслау на разведку в Пруссию.

Те обнаружили беспочвенность распространившегося слуха, но, выполняя поручение короля, вновь призвали к ускорению выборов верховного магистра, к чему король неоднократно призывал.

Генрих Ройс фон Плауэн понимал, что больше нельзя медлить с выборами магистра, не возбудив новых подозрений у короля. Вскоре он пригласил магистра (ландмейстера) Германии на Генеральный капитул.

Вместо немецкого магистра прибыли лишь несколько уполномоченных, в том числе тогдашний орденский прокуратор и папский референдар, Дитрих фон Куба. Когда выборный капитул законным порядком собрался в Кёнигсберге, он, как и ожидалось, 15 октября 1469 г. единогласно выбрал бывшего наместника на должность верховного магистра. Едва король получил известие об этом, то потребовал на ближайшем сейме принести ему присягу. Было очень рискованно и промедлить с этим, и исполнить. В случае исполнения римский папа, не желавший утверждать Торнский мир, мог выразить своё недовольство. А поддержка папы была необходима, чтобы на место некстати тяжело заболевшего епископа Николауса Замландского можно было посадить уже упомянутого орденского прокуратора Дитриха фон Куба.

Также возникала опасность, что после принесения присяги король привлечёт орден к участию в войне против Венгрии. Верховный магистр решил всё же ехать на сейм в Пётркув, где он и сопровождающие его лица были с почестями приняты королем. В имперском совете, где верховный магистр получил место непосредственно по левую руку от короля, сначала шла речь о косвенно затрагивающих Пруссию отношениях короля с Богемией. Затем верховный магистр принёс присягу.

Далее королевский канцлер выступил с обвинением: он, будучи посланным королём в Рим, просил папу о подтверждении вечного мира; тот отказался, объяснив, что орден тайно просил этот мир не подтверждать, что вызвало очень большое недоумение у короля. Глубоко возмущенный этим клеветническим обвинением, магистр встал и со всем достоинством отверг это обвинение. Король, поняв, что перегнул палку, сказал: "Мы знаем, что упомянутое случилось два года назад, когда вы еще не были верховным магистром, поэтому мы вас не обвиняем".

В последние дни 1469 г. старый магистр тяжело заболел, болезнь так измотала его, что он смог добраться только до Морунгена. Там с ним случился удар, после чего он перестал говорить. Вскоре после этого, 2 января 1470 г., он умер. Похоронен был в Кёнигсбергском соборе.

После смерти Генриха Ройса фон Плауэна великий комтур Генрих Реффле фон Рихтенберг был назначен наместником верховного магистра. Помимо неотложных финансовых проблем, его внимание заняли выборы нового епископа Замланда. После смерти епископа Николауса в январе 1470 г. соборный капитул выбрал в его преемники не орденского прокуратора Дитриха фон Куба, как того желал умерший фон Плауэн, а замландского каноника Михаэля Шёнвальда, которого поддерживал наместник. Дитрих фон Куба был доктором права и характеризовался как "весьма ловкий и остроумный человек, красивый, белый, изящной комплекции и не забывавший ничего божественного". Прокуратор, имевший хорошие связи при папском дворе, приложил все силы, чтобы заполучить место епископа. Ему удалось привлечь на свою сторону папу и обеспечить себе его утверждение. Дитрих сумел хитро завуалировать свои собственные действия, распространяя информацию о том, что папа предложил ему епископство и он без колебаний принял его. Он старался успокоить избранного соборным капитулом Михаэля Шёнвальда, назначив его своим генеральным представителем и викарием. Претендент прилагал усилия, чтобы добиться одобрения наместника, заверял его, что сможет привести богослужение в епископстве в порядок. Говорил он также и о том, что папой обещана ему "весомая скидка", оправдание тех, кто во время войны запятнал себя беззакониями. Эти и другие обстоятельства подвигли наместника к соглашению, соборный капитул тоже не рискнул отстаивать своё право выбора.

Проблемы с епископом Замланда. Дитрих при возвращении в Пруссию привёз с собой две папские буллы, в одной из которых папа разрешил жителям Кёнигсберга и Замланда, в том числе членам ордена, при пожертвованиях, способствующих развитию церкви, в дни поста есть масло и молочные продукты. Во второй булле епископу разрешалось отпускать даже те грехи, которые были во власти только Римского престола (самого папы). Буллы во многих отношениях были чрезвычайно важны, и магистр опасался, что это новое, столь легко полученное разрешение на отпущение грехов и раздачу индульгенций понизит его значение и авторитет, а орден потеряет ощутимую часть доходов. Рихтенберг попросил епископа воздержаться от оповещения населения о содержании булл хотя бы до ближайшего совета с правителями. Епископ обещал, заявив, что не желает ничего иного, как только оставаться в добром согласии с орденом, но добавил, что не желает слишком тесных отношений. Чтобы договориться с магистром, епископ вызвался уступить ему половину дохода от продажи индульгенций в обмен на заём в 1000 венгерских гульденов. Магистр, не вступая в торг, попросил до оглашения содержания булл позволить собрать в его области налог, чтобы удовлетворить в первую очередь яростные требования главы наёмников фон Свинау. Епископ отверг это предложение, и на встрече в Капорне на Замланде участники высказали друг другу много обвинений, что ещё больше обострило конфликт.

Доходы от продаж этих индульгенций были столь обильны, что безденежный магистр не мог согласиться на это. Поскольку из доходов епископства орден получал крайне малую часть сверх уплаты положенных налогов, Рихтенберг потребовал проконтролировать особый налог, разрешённый сословиями в пользу ордена. Оказалось, что этот налог епископ тоже оставлял себе. Дитрих, занимая при папском дворе должность орденского прокуратора, прекрасно разбирался в ситуации, в которой находился орден. Он заявил, что является таким же независимым государем, как и магистр, и формально был прав. Попытки договориться ни к чему не привели. Дитрих знал слабость ордена и магистра и отказался идти на уступки. К тому же он надеялся на поддержку комтуров и представителей сословий. Его ближайший союзник — комтур Холланда Конрад фон Лихтенхайм — оказывал ему всяческое содействие. Это уже грозило распадом остатков орденского государства. Достаточно было последовать в этом направлении другим комтурам и епископу Помезании, и страна раздробилась бы на множество карликовых владений. В переписке с Генрихом фон Рихтенбергом ливонский магистр посоветовал использовать все средства, которые позволили бы ему добиться отзыва булл. Вскоре прошли слухи, что епископ собирается тайно покинуть страну, захватив с собой большие суммы. Магистр вынужден был вопреки юридическому праву принять меры, на которые до него никто из магистров не решался. В июне 1473 г. он приказал взять епископа под стражу. Это произошло столь неожиданно, что никто не смог выступить в защиту Дитриха фон Кубы, и его сподвижник комтур Конрад фон Лихтенхайм бежал в Польшу.

Епископ был заточён в подвалах замка Тапиау, где вскоре скончался при невыясненных обстоятельствах.

В отличие от предшественника, Рихтенберг не стал затягивать выборы верховного магистра, и в сентябре состоялся Генеральный капитул. На выборы были приглашены ландмейстеры (магистры) из Германии и Ливонии. Магистр в Германии вновь прислал нескольких уполномоченных, видимо, полагая, что выборы нового верховного магистра не стоят путешествия в Пруссию. Выборный капитул в день Св. Михаила (20 сентября 1470 г.) отдал предпочтение наместнику Генриху Реффле фон Рихтенбергу. Должность великого комтура была передана комтуру Найденбурга Вильгельму фон Шпингену. Верховным маршалом, шпитлером и трапиером остались прежние чиновники, а должность треслера из-за хронического отсутствия денег была практически упразднена с 1455 г. На каком основании этот жребий пал на Генриха Реффле фон Рихтенберга, сказать трудно. Из простого орденского брата с формальной должностью фишмейстера он через пять лет, уже в преклонном возрасте, стал верховным магистром. Через несколько недель король Польши потребовал от него присяги. В отличие от Плауэна, многие годы остававшегося наместником верховного магистра, дабы избежать процедуры принесения клятвы польскому королю, Рихтенберг уже 20 ноября присягнул архиепископу Гнезненскому, тем самым дав понять, что признаёт результаты войны и отказывается от политики реванша. Не вступая в дальнейшие переговоры касательно Пруссии, он вернулся в Кёнигсберг. Рихтенберг понимал, что главной задачей ордена являются его военные долги. Её он решал, как и его предшественник, двумя способами: за счёт налогов с сословий и за счёт строжайшей экономии в орденской среде.

Был созван общий ландтаг сословий и одновременно орденский капитул, на них обсудили целесообразные меры по устранению большого долгового бремени. Пока всё, что достигалось государственными усилиями, уходило на выплату долгов, было невозможно надеяться на улучшение финансового состояния ордена и рост благосостояния народа. На ландтаге были назначены сельский и городской акцизы, доходы с которых предназначались для выплаты долгов наёмникам, но через год их предполагалось отменить. На капитуле обсуждались вопросы экономии и порядка в управлении финансами, строгой подотчётности и точности при сдаче счетов со стороны глав комтурств и амтов. Говорилось об ограничении количества слуг, челяди и вообще всех расходов в орденских замках (это касалось и магистерского двора и стола), насколько это возможно совместить с честью и авторитетом верховного магистра. Соблюдение приличий и чести ордена, восстановление некоторых похвальных обычаев, строжайшее исполнение предписанных богослужений, постов и многое другое тоже не осталось без внимания.

Внутреннее состояние ордена. Но эти решения уже не могли остановить деградацию ордена. Во-первых, сама идея борьбы с язычниками при нахождении в окружении христианских государств потеряла свою актуальность. Во-вторых, создание экспедиционных отрядов для борьбы на юге с турками было невыполнимо по причине отсутствия средств, что сильно сократило количество орденских рыцарей. Внутри ордена также произошли большие изменения. Теперь верховный магистр зависел не только от сельской знати и городов, должностные лица ордена выступали против верховного магистра, как представители привилегированного сословия против территориального князя. Комтуры, фогты и пфлегеры (попечители) ордена превратились из назначаемых на срок должностных лиц в людей, наживающихся на своих должностях.

В конце XV в. случалось, что должности покупались. Соответственно, должностные лица ордена обращались с верховным магистром не так, как их предшественники многие годы назад, доходы которых передавались верхушке ордена или его государству в целом. Теперь они помогали кредитами, получали залоги от верховного магистра, облагавшего их земельным налогом как сельскую светскую знать. Комтуры чувствовали себя не доверенными лицами магистра, а скорее господами на территориях своих комтурств. В связи с этим положение верховного магистра не было прочным. Возвратить былое положение вещей не удавалось.

Сокращение территории государства ордена в Пруссии и его зависимость от польского короля породили ещё большее отчуждение ордена от Германской империи. Попытка верховного магистра, как прежде, привлечь владения ордена в империи для покрытия прусского дефицита не удалась. Экономическое положение баллеев было столь плачевным, что добиться от них субсидирования ордена в Пруссии было невозможно.

Второй Торнский мир 1466 г., серьёзно подорвавший орденское государство в Пруссии, не коснулся основ существования ордена в Ливонии. Началась новая фаза отношений между прусской и ливонской ветвями ордена. Две территориальные силы всё больше действовали в духе своих собственных политических интересов. Ослабленное орденское государство в Пруссии уже не могло оказать поддержку Ливонии, которая чувствовала угрозу со стороны великого княжества Московского, захватившего в 1477–1478 гг. Новгород и подбиравшегося к Пскову. Для Ливонии Литва была готовым союзником против Москвы, а Пруссия пыталась спастись от полного подчинения Польско-Литовскому государству, и для неё перспективным союзником являлось Московское государство. На этом пути дороги Пруссии и Ливонии разошлись.

Поступивших денег от введённого налога не хватило, чтобы покрыть самые необходимые обязательства по счетам. Насколько это было важно, показали военные события 1472 г.

Герцог Ганс фон Заган, оскорблённый резким ответом верховного магистра на его требование немедленного исполнения долговых обязательств на сумму 40 000 гульденов, вместе с другими командирами наёмников сообщил королю Польши о назревающей войне. В связи с тем, что король как вышестоящий над подданным ему орденом не настаивает на выплате долгов, находящиеся в стране наёмники намерены добиться исполнения их требований силой оружия, поставив во главе войск Мусигка фон Свинау (Musigk von Swynau). Город Зольдау, которым они овладели, стал опорным пунктом готовившихся походов. Попытка маршала Ульриха фон Кинсберга выбить Мусигка из города закончилась неудачно. Отряд комтура Холланда Конрада фон Лихтенхайма атаковал Зольдау. После контратаки большая часть отряда обратилась в бегство, а оставшиеся, в том числе и орденские должностные лица с рыцарями, были взяты в плен. Поражение, помимо потерь, нанесло ордену ощутимый моральный урон, показав его неспособность разогнать даже отдельный отряд наёмников. Магистр был вынужден пойти с ними на переговоры, к которым привлёк прусские сословия. Георга фон Шлибена и Руле фон Пласдорфа. На съезде в Эльбинге глава наёмников обозначил все требования, при которых он сохранит спокойствие до выплаты всей суммы. Так как орден противился их принимать, то он заявил, что сохранит Зольдау в своем владении, кто бы ни пытался его взять, пусть даже сам король. Аналогичные требования выдвинул брат Бернхарда фон Цинненберга, имевший в залоговом владении Кульм, Штрасбург и крепость Альтхауз. Король также требовал от верховного магистра освободить эти города. Путём переговоров конфликт был погашен, и к 1476 г. Рихтенбергу удалось решить проблему долга.

Однако борьба за пост епископа Эрмландского вынудила магистра занять позицию соборного капитула и папы, подтвердившего избрание Николауса фон Тюнгена. Упорствующий король написал обращение к папе Николаю V, в котором утверждал, что это необходимо, "поскольку епископы обладают первым местом и голосом в королевском совете и по их совету принимаются решения по тайным и важным делам королевства. Вследствие чего епископом может стать лишь тот, кто любезен королю и отечеству, полезен церкви и Речи Посполитой". Казимир Ягеллончик со своей стороны предлагал кандидатом сначала епископа Кульмского Винцентия (Кильбасса), но понимая, что шансов у того мало, в 1471 г. назначил архидьякона и каноника из Плоцка Анжея Опоровского и получил от нового папы Сикста IV подтверждение сего. Теперь было два утверждённых епископа Эрмланда, так как, несмотря на новое назначение, избранный предыдущим папой епископ Николаус фон Тюнген, полагаясь на законность его избрания и на помощь короля Венгрии, курфюрста Бранденбургского и, может быть, самого ордена, твёрдо решил даже силой сохранить епископский престол за собой. Он в 1472 г. пришёл с большим отрядом наёмников в Пруссию, добыл денег и заручился обещаниями поддержки у значительного числа сподвижников. Взял без сопротивления Браунсберг, Фрауэнбург, Гутштадт, Рёссель, а затем и Хайльсберг с Зеебургом, легко изгнав отовсюду польские гарнизоны. Поляки объяснили успех епископа тайной помощью ордена. Сам король начал проявлять недоверие. Хотя магистр и его чиновники неоднократно опровергали обвинения в поддержке епископа, польские уполномоченные направляли магистру требования не только отозвать примкнувший к епископу народ из Пруссии, но и в соответствии с долгом выступить на борьбу с епископом для изгнания его из страны. Генрих фон Рихтенберг не позволил втянуть себя в военные действия. Он знал, что и король не желает войны, а потому предложил себя в качестве посредника на переговорах. Магистр добился заключения перемирия и склонил сословия королевской Пруссии занять сторону фон Тюнгена, а разрешение спора отдали на усмотрение папы. Замки Хайльсберг и Зеебург были переданы королю, чтобы после решения папы дальше передать их утверждённому епископу Эрмланда. Таким образом, "поповская война" приняла затяжной характер.

Генрих фон Рихтенберг отошёл от переговоров и активного участия в эрмландском епископском споре, затянувшемся до 1477 г. Отчасти чтобы не показать королю заинтересованность в епископе фон Тюнгене, которого он охотнее видел бы своим соседом, чем поляка Опоровского, отчасти из-за надвигающегося конфликта с епископом Замланда Дитрихом фон Куба, который вскоре занял всё его внимание.

Перемирие между конфликтующими сторонами, заключённое в 1472 г., из-за упрямства польского короля, не желающего идти на компромисс, привело к обострению ситуации в 1476 г. и заставило магистра заключить с Николаусом фон Тюнгеном оборонительный союз. Но Рихтенберг не был уверен в союзнической политике Тюнгена и, опасаясь польского вторжения, внимательно отслеживал его действия. Епископ, воспользовавшись венгро-польским конфликтом, вступил в союз с Венгрией. Для сдерживания Польши орден также 13 февраля 1477 г. заключил предварительный договор о оборонительном союзе с венгерским королём Матьяшем Хуньяди (1458–1490). Этот договор Генрих Реффле фон Рихтенберг не успел ратифицировать, так как через неделю (20 февраля 1477 г.) скончался. Союз с Венгрией окончательно был утверждён 12 марта 1477 г.

После смерти магистра оказалось, что должность великого комтура свободна с 15 октября 1476 г. и наместником верховного магистра назначить некого. В апреле на Малом капитуле великим комтуром был избран мемельский комтур Иоганн фон Тифен, который взялся исполнять должность наместника. По его заданию комтур Остероде Мартин Трухзесс фон Вецхаузен 1 июня встретился с сословиями, которым разъяснил сложившуюся политическую ситуацию и рассказал о причинах заключении договора с Венгрией. Недовольные условиями второго Торнского мира сословия поддержали Мартина фон Вецхаузена. На август были назначены выборы верховного магистра. От немецкого магистра на Генеральный капитул вновь прибыли только два представителя. Выборы состоялись, и выборщики избрали Мартина Трухзесса фон Вецхаузена верховным магистром. Новый магистр приложил много усилий, пытаясь подтолкнуть сословия королевской Пруссии к восстанию против Польши, но всё было напрасно. Казимир Ягеллончик предусмотрительно наделил их дополнительными привилегиями.

В декабре 1477 г. Мартин фон Вецхаузен на случай начала боевых действий собрал орденские войска и провёл смотр. В начале 1478 г. верховному магистру пришло требование предстать перед Казимиром IV на королевском совете в Пётркуве и принести ему присягу; Вецхаузен, даже не извинившись, проигнорировал это требование. Вероятно, к этому его подтолкнуло известие от папского нунция из Бреслау о том, что король Польши подвергнут опале из-за его поддержки еретиков и врагов веры, выступающих против короля Венгрии. К тому же Казимир не внял папскому предостережению от вступления в войну против этого короля. Но ещё более важным было сообщение папского нунция, в котором верховный магистр и весь орден в Пруссии, а также все подданные и жители Западной Пруссии освобождались от власти польского короля и всех обязательств перед ним. Таким образом, верховный магистр избавлялся от обязанности приносить ему присягу. Одновременно всем жителям орденского государства (королевской Пруссии), отвернувшимся от ордена, под угрозой опалы и интердикта было приказано вернуться к подчинению ордену и признать его своим сувереном.

Вскоре после этого верховный магистр отклонил второе требование явиться к присяге на королевский совет в Бжещч в Куявии. Там Казимир дал королевское слово сословиям, что он ни при каких условиях не откажется от владения Пруссией.

В связи с этим обе стороны ускорили процесс подготовки к военным действиям. В особенности это касалось Эрмланда, так как епископ знал, что ненависть короля его затронет в первую очередь. В этот период Мартину фон Вецхаузену удалось рассчитаться с частью ротмистров отрядов наемников, и они передали ему замки с городами Штрасбург, Кульм и Альтхауз.

Магистр срочно занял их своими войсками, укрепил и использовал как опорные пункты. При этом долгое время польские военачальники не предпринимали попыток изгнать из Кульмской земли орденские гарнизоны. Вецхаузен уже пребывал в надежде, что, получив поддержку извне, сможет овладеть замками Штум и Мариенбург, после чего зачистит все тамошние города и крепости от польских гарнизонов и вернёт Западную Пруссию. Он обратился за помощью к маркграфу Йохану и курфюрсту Альбрехту фон Бранденбургу, а также к другим немецким князьям (фюрстам), но никакой помощи от них не получил. Более того, они не хотели даже разрешить проезд через Ноймарк (Новая марка) немецких отрядов, завербованных орденом в Германии. В этой ситуации орден и епископ оказались ограничены только своими собственными силами.

В день Св. Варфоломея (24 августа) из района Эльбинга началось польское вторжение в Эрмланд, командовал польской армией Ян Бяло. Традиционно вторжение сопровождалось убийствами, грабежами и пожарами. Взяв Фрауэнбург, поляки подошли к городу Браунсбергу (Бранёво). Они сожгли пригород (Новый город) и правобережную часть вплоть до большой мельницы в излучине реки Пассарге. Дальнейшее наступление шло вдоль границы с орденской Пруссией, часто пересекая её, поляки захватили и выжгли 20 деревень. Был взят и сожжён епископский город Мельзак. Магистр со своими войсками выступил против врага, но до боя дело не дошло. Поляки свернули на юг к Вормдитту. Чтобы избежать судьбы Мельзака, город и замок сдались Яну Бяло. Великий комтур Иоганн фон Тифен, выполнявший функции дипломата по особым поручениям, понимал безнадёжность войны с Польшей и энергично пытался убедить магистра заключить с королём мир и принести ему присягу, как того требовали условия второго Торнского мира. Вероятно, поэтому Вецхаузен перевёл его 6 июля 1480 г. комтуром Бранденбурга на должность верховного шпитлера. На его место поставили Штефана фон Штрайтберга, остававшигося на этой должности до 1495 г.

Разграбив Эрмландское епископство, поляки вторглись в епископство Помезанское, бывшее в орденском подчинении. Подойдя к Мариенвердеру, они взяли его штурмом и почти полностью сожгли. Остановить эти действия не смогло и перемирие, которого добился король Венгрии Матьяш Хуньяди. Регулярно начинавшиеся переговоры не имели успеха, так как Польша решительно требовала изгнания епископа Эрмландского и принесения присяги верховным магистром.

К началу 1479 г. почти все епископские города были во владении Польши, и даже Браунсберг предательским путём попал в этот список. У епископа остался только Хайльсберг, со всех сторон окружённый польскими войсками. На обещанную помощь короля Венгрии уже нечего было надеяться, ибо того отвлекали турецкие набеги и занимали иные политические интересы. Он лишь пытался воздействовать на короля Польши угрозами, а епископа и магистра успокаивал обещаниями. Вецхаузен всё лучше понимал, что дальнейшее сопротивление королю бессмысленно и не может продолжаться долго. Без поддержки извне рассчитывать на свои небольшие силы не приходилось. Продолжение войны могло означать лишь вторжение в орденские земли с грабежом и огнем. Сословия это прекрасно понимали и требовали мира.

Конфликт между Венгрией и Польшей закончился разделом Богемии. Потеряв сильного союзника, Мартин фон Вецхаузен и епископ Николаус фон Тюнген были вынуждены пойти на переговоры. Магистр, освободив из Хайльсберга епископа, встретился с ним и обсудил положение, в котором они оказались. Они решили, что отправятся к королю и, по возможности, попытаются договориться с ним, но ни при каких условиях не соглашаться на присягу ему. Встреча с Казимиром произошла в Пётркуве. Эрмландский епископ 23 мая начал предварительные переговоры, на которых присутствовали его друзья и покровители.

Они очень быстро склонили его к разумной гибкости, и 15 июля 1479 г. с соблюдением формальностей он присягнул на верность королю Казимиру, вследствие чего получил Эрмландское епископство. Верховный магистр ещё долго избегал принесения присяги верности польскому королю, все ещё надеясь, что король Венгрии, который в июле (1479) вёл мирные переговоры с королём Польши, окажет благоприятное посредничество. Действительно, вскоре появились венгерские посланники, приложившие все усилия, чтобы привести короля и магистра к заключению соглашения. Но переговоры были безуспешными, так как магистр не желал приносить присягу. Только когда пришло известие, что польское войско вторглось во владения ордена, Мартин фон Вецхаузен, не имея возможности сопротивляться и под сильным давлением сословий, 12 октября принёс присягу епископу Краковскому в городе Корчине (недалеко от Кракова).

В итоговом документе было установлено: король должен заплатить магистру за уступку ему замков Штрасбург, Кульм и Альтхауз 8000 венгерских гульденов. После того как орденские гарнизоны покинут их, король вернёт захваченные им территории, замки и города епископства Помезания. Прелаты и каноники этой церкви будут освобождены от принесения королю присяги, но обязуются к соблюдению вечного мира. Прочие ещё существующие спорные вопросы должны были остаться для последующих обсуждений.

Попытка реформирования ордена. Дальнейшая судьба ордена в Пруссии заключалась в поисках финансов для выплаты наёмникам и содержания орденских господ (рыцарей). Должностным лицам на местах это удавалось в лучшей степени, но для исполнения функций самого магистра регулярных и чрезвычайных налогов было в обрез.

Мартин фон Вецхаузен всё в большей степени ставил важнейшей задачей восстановление сильно пошатнувшейся в последние десятилетия дисциплины в ордене путём строгого соблюдения — старых порядков и законов и разработки новых целесообразных предписаний. Мартин Трухзесс в своё время довольно глубоко осознал, что орден с его столетними, зачастую полностью отмершими, духовно и рационально бессмысленными формами не соответствует новому духу времени и не сможет долгое время держаться при закоснелости его обычаев и законов. Ему казалось, что для того, чтобы приблизить орден с его правилами и законами к духу современности, необходима реформация в ордене. На ландкапитуле он велел разработать соответствующие этому предложения, которые затем послал магистрам в Германии и Ливонии на рассмотрение, чтобы на общем орденском капитуле ввести их в орденские статуты. Но он не нашел понимания ни у одного из магистров. Полагают, что это произошло из-за крайнего недовольства ордена в Германии присягой магистра королю Польши. Тогда он счёл целесообразным ввести определенные установки для орденских конвентов в Пруссии, которые должны были устранить существенные злоупотребления и в какой-то степени восстановить порядок. Прежде всего, было необходимо ввести в неукоснительное исполнение старый важный закон, гласящий, что ни один орденский чиновник и ни один орденский брат не должен приобретать какое-либо имущество для себя лично и владеть им. Отсюда исходили и установки, разработанные на состоявшемся в марте 1480 г. ландкапитуле в Кёнигсберге. Другие статуты касались заботы о больных в фирмариях, обращения правителей с братьями в конвентах, строгого исполнения богослужений, поддержания внутреннего порядка в замках, ношения одежды, запрещения азартных игр и так далее. Всё было нацелено на то, чтобы ввести порядок и дисциплину как в орденское управление, так и в жизнь рыцарских конвентов.

Принятые решения, по сути, никак не послужили укреплению ордена — слишком сильны были личные экономические интересы орденских рыцарей.

Что касается орденских подданных, то с помощью целесообразных законов и хорошо организованного управления произошёл подъём благосостояния страны, Обновлённые законы касались расселения новых поселенцев, очищения страны от всякого рода сброда, защиты ремесленной деятельности городов от внешней конкуренции, устранения споров в торговле между городами ордена и королевскими землями. При этом верховный магистр, несмотря на все заверения короля в его честном, искреннем мирном отношении к нему, сталкивался в его действиях с недоверием. Польский король требовал от ордена активного участия в войнах с Турцией. Необходимости в этом не было, но сам факт формально говорил о подчинении ордена Польше.

Мартин Трухзесс фон Вецхаузен скончался в Кёнигсбергском замке 3 января 1489 г. За время своего магистерства он потратил много усилий, пытаясь добиться усиления значимости ордена. Но в том состоянии, в котором находились орденские структуры, все попытки его реформирования ни к чему не привели.

Спустя два дня после кончины Мартина Трухзесса его наместником назначили шпитлера Иоганна фон Тифена. В конце августа был собран Генеральный капитул, на котором 1 сентября Тифена избрали новым верховным магистром.

Во внешней политике Иоганн фон Тифен избрал мирное сосуществование с Польшей и уже в начале ноября направился в Радом, где 18 ноября 1489 г. присягнул на верность королю Казимиру IV Ягеллончику. Вскоре после смерти Казимира 7 июня 1492 г. ему пришлось присягнуть его сыну Яну I Ольбрахту.

Внутренняя политика нового магистра была направлена, прежде всего, на укрепление ордена и государства. Для проведения внутренних реформ он сделал попытку созыва всех представителей ордена на Генеральный капитул. Но интересы ордена в Пруссии и магистров Ливонии и Германии были столь различны, что собрать их вместе не было возможности. Было приведено множество причин, мешавших им прибыть в Пруссию для участия в Генеральном капитуле. Как и его предшественнику, верховному магистру удалось собрать только прусский капитул. На ландкапитуле выяснилось, что в ордене существуют два разных мнения. Верховный магистр желал восстановить старые обычаи духовно-рыцарского ордена, в основе которых были обеты бедности, послушания и смирения. Ему противостояли должностные лица ордена, формально разделявшие его намерения. Бесспорно, что доходы отдельных комтуров, пфлегеров, фогтов и обладателей других небольших должностей доставались конкретно им. При этом в отчётах они утверждали, что за годы исполнения своих обязанностей доплачивали из собственных средств.

Проверки данных отчётов показывали обратный результат. К этому времени братья-рыцари считали орден организацией, которая обеспечивает их материально.

Таким образом, очередная попытка реформирования (возрождения) хотя бы только прусской части ордена окончательно провалилась.

Магистр в сотрудничестве с сословиями учреждал в Пруссии порядки, помогавшие преодолеть экономические трудности, заселял пустующие земли, направлял молодёжь в иностранные университеты. Его заботу о стране приветствовали светские подданные, которые поддерживали его и всей душой сочувствовали "магистру Гансу". Когда эрмландский епископ Лукас Ватценроде втянул орден в длительную распрю относительно привилегий и положения ордена в Пруссии, при этом развивая мысль переместить орден в Подолию для борьбы с турками, а орденскую Пруссию передать под власть польского короля, сословия выступили на стороне ордена, что было особенно неожиданно, если учесть враждебное отношения к нему прусской знати во время Тринадцатилетней войны.

Размышляя над судьбой ордена, видя всю бесперспективность дальнейшего сопротивления Польской империи, Иоганн фон Тифен в 1496 г. для укрепления положения ордена в Пруссии и ослабления польского влияния дал распоряжение орденскому капитулу избрать своим преемником представителя герцогской династии Фридриха Саксонского.

Поход в Молдавию. Верховный магистр в 1497 г. получил от короля Яна I Ольбрахта распоряжение участвовать в крестовом походе против турок. Как пишет в своём дневнике оберсекретарь верховного магистра Либориус Накер, Ян I Ольбрахт собрал большое войско не против турок, а чтобы изгнать Штефана III, господаря Молдавии (1457–1504). Молдавский князь являлся вассалом польского короля, и когда подвергся турецкому вторжению, обратился за помощью к королю Казимиру.

Однако поддержки от него не получил и вынужден был покориться Турции. Турки обложили его данью. Чтобы её платить, он совершал грабительские набеги на Подолию и Русь. Таким образом, Штефан настолько опустошил эти богатые края, что многие паны, имевшие богатое состояние, были совершенно разорены. После смерти Казимира Ян I в течение пяти лет откладывал начало войны, и только призванный архиепископом Львовским Анджеем Борышевским и другими русскими панами собрал большое войско и направился на юг. Связанный присягой Иоганн фон Тифен был вынужден принять участие в этом фатальном для себя походе. Летом он возглавил небольшое войско в 400 с лишним орденских братьев и прусского рыцарства с пехотой. Магистр двинулся в Молдову на соединение с польским королём. Подходя к Днестру, Иоганн тяжело заболел и по прибытии во Львов скончался 25 августа во францисканском монастыре.

Польский король собрал по тем временам большое войско. Однако, понадеявшись на численность, не подготовился к походу должным образом — не была проведена ни дипломатическая, ни военная разведка. Поляки плохо ориентировались в чужом краю, в отличие от соперника, использовавшего все преимущества рельефа. Молдавский господарь Штефан Великий подготовился к вторжению и нанёс королю сокрушительное поражение 17 октября 1497 г. в Козьминском лесу. Ян I с большим трудом с маленьким отрядом пробился в Польшу. Как пишет Либориус Накер, большая часть орденского отряда была перебита или попала в плен, 10 орденских рыцарей пали в сражении. Обоз со всем имуществом был захвачен войсками молдавского господаря.

Никогда ранее в ордене дело не доходило до выбора верховного магистра, не прошедшего основные стадии орденской иерархии. Верховные магистры — хохмейстеры до 1498 г., как правило, были лицами заслуженными, получившими образцовое орденское воспитание. Большей частью они являлись хорошими государственными деятелями и способными организаторами. Выборы магистра — это была славная страница в истории Тевтонского ордена.

Внимание уделялось не происхождению, а проявленным практическим способностям. Семеро магистров занимали прежде должности великих комтуров, пятеро — маршалов, по двое поднялись к высшей должности из треслеров и шпитлеров, пятеро были прежде ландмейстерами, пятеро — обычными комтурами.

До 1498 г. орден неукоснительно придерживался старинных предписаний по выборам верховного магистра — хохмейстера. Затем стали избирать детей князей, которые вследствие семейных связей гарантировали бы возрождение ордена в Пруссии. Дело дошло до избрания молодого, прежде не состоявшего в ордене герцогского сына Фридриха Саксонского (Friedrich von Sachsen). Фридрих стал, пожалуй, достойным магистром, но не личностью, достигшей того, чтобы быть избранным за свои достижения.

В мае 1498 г. в городе Ульме Фридрих стал орденским братом, а в сентябре отправился в Пруссию в качестве кандидата на пост верховного магистра. Польский король Ян I Ольбрахт не возражал против этой кандидатуры, так как брат Фридриха Георг был женат на Барбаре из рода Ягеллонов. В Кёнигсберге 29 сентября 1498 г. молодой 25-летний герцог Фридрих был избран верховным магистром Немецкого (Тевтонского) ордена. Его, помимо орденских правителей, окружали преимущественно светские советники, прибывшие с ним из Саксонии. Его правой рукой был канцлер Пауль Ватт (до 1503 г.), а затем Дитрих фон Вертерн. В совет были приглашены и знатные представители сословий. В орденском Кёнигсбергском замке в нарушение статутов появился светский двор с соответственным этикетом. Молодой магистр всем своим поведением олицетворял светского князя.

В связи с необходимостью обеспечить двор верховного магистра часть комтурств была ликвидирована, а их доходы перечислялись в кассу магистра. Взамен городских, земельных и епископских судов учредили придворный и высший апелляционный суд, собиравшийся раз в три месяца. На период военных действий независимость епископов при решении военных вопросов полностью устранялась. Но основной задачей Фридриха являлся вопрос урегулирования отношений с Польской короной. В этом особо помогло его хорошее юридическое образование. После изучения статей второго Торнского мира было обнаружено большое количество юридических нестыковок. Для пересмотра некоторых положений он применил всю свою политику и дипломатию. Основной упор делался на правовую аргументацию и надежду на помощь римского папы, императора и брата Георга. Став магистром, Фридрих категорически отказался приносить присягу королю Яну I Ольбрахту. Временное ослабление Польши и поддержка епископа Эрмландского Ватценроде позволили ему в течение нескольких лет затягивать этот вопрос. К его глубокому сожалению, помощи со стороны Германской империи не последовало.

Римский король Максимилиан I и архиепископ Хеннебергский Бертольд предложили Фридриху стать ленником империи. Это противоречило правовому статусу орденского государства, которое формально являлось наследством Святого Петра (или римского папы).

После выхода Польши из кризиса Ян I Ольбрахт весной 1501 г. потребовал от магистра немедленного принесения присяги, в ином случае обещал войну. Послы герцога Саксонского и ордена пытались добиться присяги магистра в качестве советника польского короля, но Ян I Ольбрахт на это не соглашался. Только скоропостижная смерть короля 17 июля 1501 г. отодвинула на время проблему присяги.

Новым королём Польши стал младший брат Яна, литовский князь Александр Ягеллончик. Получивший образование в Краковском университете, он имел вкус к наукам и изящным искусствам, но в политике был недостаточно энергичным и неоправданно медлительным. Начавшаяся ещё в 1500 г. война Литвы с великим княжеством Московским отвлекла Александра от Пруссии и отодвинула проблему присяги орденского магистра. Более того, король в борьбе с Москвой нуждался в союзе с Ливонией и надеялся с помощью верховного магистра его укрепить. Воспользовавшись этим, Фридрих предложил Александру новый план урегулирования разногласий.

По этому проекту Польша возвращала ордену в лен земли на правом берегу Вислы с Мариенбургом, а также Восточное Поморье. Король отклонил этот проект, который фактически перечёркивал Торнский мир, и в 1505 г. пытался заставить магистра принести присягу. С помощью дипломатических ходов Фридрих смог уклониться, а 19 августа 1506 г. тяжелобольной Александр умер.

Королевский трон достался его младшему брату Сигизмунду (Зыгмунду) I Старому, избранному поляками 8 декабря 1506 г. Сигизмунд был человеком энергичным, неплохо разбирался в экономике, умел прибегать к необходимым мерам. Уже весной 1507 г. великий князь Московский Василий III начал войну против Литвы. Сигизмунду в этой ситуации было не до Пруссии, русские войска атаковали Смоленск, а северное крыло нанесло удар по Полоцку. Укрепившись в Польше, король всё внимание переключил на войну Литвы и России. Фридрих и его советники уже давно начали интересоваться Москвой как союзником в борьбе против Польши и Литвы, поэтому он смог убедить ливонского ландмейстера Вальтера фон Плеттенберга при благоприятной обстановке также начать военные действия на стороне великого князя Московского.

Фридрих в конце мая 1507 г. покинул Пруссию и направился на родину, в Саксонию. Своими заместителями он оставил четырёх регентов, епископов Помезанского и Замландского, великого комтура Симона фон Драхе и маршала Вильгельма цу Айзенберга. Возглавлял регентский совет епископ Помезанский Хиоб фон Добенек (Добенецкий). Магистр пытался из Саксонии организовать международное разбирательство по проблеме орденской Пруссии. Судебное слушание намечалось провести в Бреслау (Вроцлав) в 1508 г. с императорскими представителями, а также королей Венгрии и Польши. Но поскольку королевские посланцы от Венгрии и Польши на суд не прибыли, слушания не состоялись. Попытка магистра перевести дело в судебную плоскость напомнила о проблеме, и Сигизмунд, занятый войной с Россией, потребовал от него принесения присяги. Глава ордена отказался и обратился за помощью к немецким князьям, а сам направился на рейхстаг в Вормс. Все его призывы ни к чему не привели, в лучшем случае сословия государственного собрания пообещали посредничество в переговорах с Польшей. Обращение к римскому папе также ничего не дало. Дальнейшие попытки юридического спора относительно Торнского мира тоже оказались безуспешными. В этом споре могла победить только сила, а её у ордена не было. Для обсуждения этого вопроса Фридрих планировал весной 1511 г. собрать Генеральный капитул ордена. Но болезнь подкосила его здоровье, и 14 декабря 1510 г. он умер в своей саксонской резиденции в Рохлице. Надежды, возложенные орденом на Фридриха Саксонского, не оправдались,

После смерти Фридриха начались переговоры саксонских советников покойного магистра и его семьи с представителями рода южнонемецкой династии Гогенцоллернов, занимавших скромную территорию во Франконии в качестве бургграфов, ставших в 1415 г. маркграфами Бранденбургскими. Вскоре сошлись, вернее, сторговались на 20-летнем Альбрехте. Он был третьим сыном многодетной семьи маркграфа Фридриха Гогенцоллерна и польской княжны Софии. Альбрехт из тех младших княжеских сыновей, которых с детства предназначали церкви. В 15 лет он стал клириком в Кёльне, но быстрой карьеры на этом поприще ждать не приходилось. Надеясь обрести право на наследство, он два года (1508–1510) провёл в военных походах, один раз с отцом, другой с братом в Венгрии. При осаде Падуи Альбрехт познакомился с Георгом фон Поленцем, выходцем из знатного майсенского рода. Поленц был человеком образованным, обучался в Лейпциге, в 1498 г. стал бакалавром, затем продолжил обучение в высших школах Италии. Некоторое время находился при дворе папы Юлия II, затем поступил на военную службу к императору Максимилиану I. Со временем они стали близкими друзьями.

В феврале 1511 г. Альбрехт был посвящён в орденские рыцари, что гарантировало ему место верховного магистра. Вместе с ним в орден вступил и Георг фон Поленц.