После событий 1682 г. и последовавших за ним организационных и кадровых изменений московские стрельцы продолжали нести службу. В «антистрелецкой» линии историографии существует штамп, декларирующий низкую боеспособность московских стрельцов после восстания 1682 г. Термин «боеспособность» в конце XVII в. в России понимался так же, как и во время Тринадцатилетней войны. Боеспособность – это верность присяге, стойкость при любых обстоятельствах и меткая убойная стрельба. «Шатости» 1682 г. поставили под сомнение верность стрельцов присяге. Из Москвы были высланы полки – наиболее активные участники восстания: «…в тех полкех те… стрельцы быть негодны, потому что они пьяницы, и зернщики, и всякому злому делу пущие завотчики, и расколщики, и в смутное время были убойцы и грабители, и ныне от тех дел не унимаютца, и впредь от них опасно всякого дурна». Бунтовщиков перевели в Киев, Чернигов, Батурин, Переяславль, Брянск, Смоленск, Великие Луки, Астрахань, Царицын, Псков и Мензелинск. После этой высылки на прежнем месте службы осталось семь московских стрелецких полков. Московский стрелецкий корпус не прекратил своего существования, т. к. в столицу переводились на службу московские стрелецкие полки, не запятнавшие себя мятежом: «…ис Киева преж иных взять к Москве Сергеев полк Сергеева для того, что они в большой шатости не были». Всего в Москву было переведено три полка из Киева, по одному из Батурина и Переяславля. В дальнейшем власть продолжала практику вывода ненадежных московских стрельцов из столицы. Московские полки, «сведенные» в Псков и Мензелинск, были передислоцированы в Новгород и Казань и приписаны к местным стрельцам, но с сохранением статуса «московских». Таким образом, московские стрельцы еще больше сближались с солдатами и городовыми стрельцами. Необходимый синтез происходил отчасти вопреки реформе Голицына. Сами московские стрельцы – «сведенцы» сохраняли свой элитный статус и привилегии: «…и ходить им в те или в иные нарочитыя дни в цветных кафтанех против того же, как и на Москве». Из 12 полков, находившихся в Москве в 1683 г., четыре стали «стремянными»: «…сказать четырем полкам, что им всегда быть на Москве без съезду и на службы их не посылать… пожаловали стрельцов стремянных Иванова полку Цыклера, Семенова полку Воейкова, Дмитриева полку Жукова, Иванова полку Морева».
Московские стрельцы участвовали в Крымских походах В. В. Голицына и Азовских походах молодого царя Петра I. Московские стрелецкие полки включали в состав действующей армии, задействовали при штурме крепости и т. д., что указывает на признание за стрельцами статуса «боеспособных», т. е. стойких и способных быстро и убойно стрелять.
Походы князя В. В. Голицына на Крым были прямым следствием дипломатической победы князя. 6 мая 1686 г. был подписан «Вечный» мир с Речью Посполитой, окончательно закрепивший за Россией Левобережную Украину и Киев «с городками». По условиям этого договора Россия обязывалась вступить в войну с Турцией и атаковать Крымское ханство. П. Гордон разработал проект похода на Крым. В. В. Голицын принял этот проект в качестве основного руководства к действию. Князь не был хорошим полководцем, т. к. пренебрег разведкой местности, информацией о перекопских укреплениях, дорогах, реках, переправах, водопоях и т. д., которую в изобилии могли представить неоднократно ходившие в набеги на Крым запорожские и донские казаки. Голицын начал действовать, опираясь на такие суждения Гордона, как: «Да и путь туда не так труден, только двухдневный марш без воды, даже настолько удобный, что всю дорогу можно идти в боевом строю, кроме очень немногих мест, да и там нет лесов, холмов, переправ или болот…». В результате просчетов Гордона и ошибок Голицына русским воинам пришлось неоднократно переправляться через мелкие, но топкие речки Северной Таврии и идти по выжженной татарами степи, страдая от жажды и голода.
Московские стрельцы входили с состав армии В. В. Голицына, но ни в первом (1687 г.), ни во втором (1688 г.) Крымских походах ничем не отличились, как и остальные части. Больших сражений с татарами не было, а штурмовать Перекоп князь не решился. Полки возвратились в свои слободы.
Первый Азовский поход 1695 г. напомнил московским стрельцам неудачу В. В. Голицына. В походе участвовали семь московских стрелецких полков. Практически все исследователи признают, что первая Азовская кампания была плохо организована и не обеспечена всем необходимым. Осаждающие испытывали нужду в продуктах и боеприпасах. Попытки штурма крепости приводили к бессмысленным потерям: «Володимер Семенов правая рука выше локтя от раны суха и жилы свело… у осмотру сказал так рука розбита у него под Азовым на приступе… из фузеи и кости выпали…». Русская артиллерия не могла подавить крепостные батареи. В челобитных московские стрельцы винили во всем Ф. Лефорта – друга и советника молодого царя Петра: «Будучи под Азовым, умышлением еретика иноземца Францка Лефорта, чтоб благочестию великое препятие учинить, чин наш московских стрельцов подвед под стену безвременно и ставя в самых нужных х крови местех, побито множество. Ево ж умышлением сделан подкоп под наши шанцы, и тем подкопом он побил человек с триста и болыпи…». Жалоба на «подкоп» не является выдумкой. В 1705 г. во время осмотра в Разрядном приказе «Сергей Кружевников глазами болен и на левой руке выше кисти горб и по скаске его глазами болен 11 лет а учинилась ему та болезнь под Азовым кады взорвали подкоп…». Следует особенно отметить низкую мотивацию стрельцов в этом походе: «…на приступе под Азовым, что посулено было по десяти рублей рядовому, а кто послужит, тому повышение чином честь. И на том приступе… побито множество что ни лутчих…». Ранее, при обороне Могилева (1655 г.), Киева (1659 г.), Чигирина (1677 г.), при штурмах Динабурга и Кокенгаузена (1656 г.) и многих других сражениях московские стрельцы сражались, движимые долгом и верой. Денежные подачки безуспешно применял лишь П. Гордон во время 2-й Чигиринской кампании. Но низкий уровень мотивации, который командование пыталось преодолеть деньгами и чинами, никак не сказался на стойкости московских стрельцов, которые вели инженерные работы, ходили на штурм азовских бастионов и гибли от турецких ядер, болезней, ночных холодов и голода. Отступление через осеннюю степь было особенно тяжелым: «…идучи в той твоей государевой службе, ели мертвечину, и премножество в той степи нас пропало…».
Во втором Азовском походе 1696 г. участвовали тринадцать стрелецких полков. «23 апреля отправился в плаванье генерал Гордон с Бутырским и двумя стрелецкими полками. 25 апреля отбыл генерал Головин с Преображенским, Семеновским и тремя стрелецкими полками…». Следует отметить, что московские стрельцы упомянуты вместе с гвардией, что указывает на сохранение элитного статуса московских стрельцов. Второй Азовский поход прошел с учетом ошибок первой кампании. Генералиссимус А. С. Шеин сделал главный упор на осадные работы и артиллерию. За всю осаду не было произведено ни одного штурма.

Московские стрельцы на рисунках из эпиталамы Кариона Истомина «Книга любви знак в честен брак». Единственный изобразительный источник, позволяющий увидеть московских стрельцов конца 70-х – середины 80-х гг. XVII в. (Истомин Карион. Книга любви знак в честен брак. М, 1989. Листы 10, 11, 17.)
Блокада с моря, осуществленная молодым царем силами «воронежского» флота, успешная минная война, бомбардировки и насыпной вал, который стрельцы и солдаты подвели к самым стенам крепости, вынудили турецкий гарнизон к сдаче. После победы московские полки были задействованы для реконструкции азовских укреплений: «И в двести пятом году августа с шестаго числа место города Азова все росчистили, и по наряду новоземляной город и ров делали, и в совершенство учинили. А работали денно и нощно во весь год самою совершенною трудностью…».
В 1697 г. турецко-татарское войско попыталось отбить Азов, но 20 июля в полевом бою с войсками А. С. Шеина было разгромлено. В этом бою участвовали и шесть московских стрелецких полков. Шеин применил тот же тактический прием, что и А. Н. Трубецкой под Конотопом и Г. Г. Ромодановский при штурме Стрельниковой горы. Атаки татарской конницы наткнулись на усиленный рогатками осадный табор, из-за которого вели четкий убойный залповый огонь стрельцы, солдаты и пушкари. После поражения турки оставили попытки завладеть Азовом.
Московский стрелецкий полк Василия Елчанинова отличился при успешной обороне Тавани от крымских татар в том же 1697 г., пытавшихся отрезать русских от устья Днепра.
По результатам азовских кампаний можно утверждать, что восстание 1682 г. практически не сказалось на боеспособности московских стрельцов.
По данным М. Рабиновича, «к лету 1698 г. в Русском государстве было 49 стрелецких полков, в том числе 20 полков московских стрельцов. Московские стрелецкие полки дислоцировались следующим образом: в районе Великих Лук – четыре полка (Федора Колзакова, Афанасия Чубарова, Ивана Черного, Тихона Гундетмарта), в Азове – шесть полков (Ивана Канищева, Ивана Озерова, Дмитрия Воронцова, Мартимьяна Сухарева, Венедикта Батурина, Михаила Воронцова), в Киеве – четыре полка (Ивана Ушакова, Ивана Нечаева, Ивана Скрипицына, Михаила Сухарева), в Белгороде – три полка (Василия Елчанинова, Михаила Кривцова, Ильи Дурова) и «зборный полк» Петра Головина в городах Белгородского разряда. В Севске – один полк (Степана Стрекалова), в Астрахани – один полк (Ивана Спешнева)».
Если учесть, что в Новгороде, Курске и некоторых других городах московские полки были приписаны к местным и в документах фигурировали как «новгородские», «курские» и т. д., то московских стрельцов в реальности было больше, чем по официальным спискам. Из всех этих частей четыре полка, дислоцированных в Великих Луках, подняли восстание.
В. И. Буганов считал причинами восстания четырех стрелецких полков Ф. Колзакова, И. Черного, Т. Гундертмарка и А. Чубарова такие факторы, как «крайние тяготы службы во время азовских походов, последующей гарнизонной службы в Азове, перехода к Великим Лукам, голода и самого настоящего нищенства (голодные стрельцы просили подаяние у местного населения), притеснения властей и начальства». Цели восставших стрельцов исследователь определял, как «возвращение к семьям в Москву, получение жалованья, расправа с боярами и иноземцами…, отстранение от власти «плохих» правителей… и вручение ее «хорошим» правителям», которые, по их мысли, облегчат их положение…». Буганов критиковал точку зрения, согласно которой восстание 1698 г. «неверно квалифицировалось как реакционный бунт стрельцов, инспирированный консервативным боярством и духовенством и направленный против петровских преобразований». С утверждением Буганова невозможно не согласиться. Считать восстание 1698 г. «реакционным бунтом» и т. п. – безусловная ошибка. Но перечень причин восстания, предложенный В.И. Бугановым, может быть скорректирован. М.Д. Рабинович приводил свидетельство крайне тяжелого положения московских стрельцов, участвовавших в Азовских походах и задействованных после победы для реконструкции крепости и гарнизонной службы: «Объясняя причины волнений, стрелец стремянного полка Нестор Бугаев показал: «Нам, стрельцам, ни в Москве, ни в Азове жития нет. На Москве от бояр, что они у них хлеб отняли без указу (лишили хлебного жалованья. – М.Р.), а в Азове – от немец, что они на городовой работе их бьют и заставливают их работать безвременно». Он же, Нестор, говаривал: «На Москве бояря, в Азове немцы, в воде черти, в земле черви…». После азовской службы четыре полка московских стрельцов были переведены в Великие Луки, куда они прошли, не заходя к семьям в Москву.
Исследователь отмечал, что в конце 90-х гг. XVII в. государство было всячески заинтересовано в переходе стрельцов в солдаты. Процесс перехода был безболезненным и даже желанным для стрельцов. Солдатское жалованье в это время было выше стрелецкого, т. к. стрельцам разрешалось заниматься промыслами и ремеслами, солдаты получили единообразную цветную суконную униформу, что раньше было положено одним московским стрельцам и Выборным солдатам. Вместе с тем правительство приняло и ряд негативных мер по принуждению к переходу стрельцов в новое звание. Так, стрельцам подолгу задерживали жалованье, направляли на тяжелые работы, не разрешали возвращаться в свои московские слободы и т. д. В своих челобитных и на допросах мятежные стрельцы жаловались на невыносимые условия службы в Великих Луках: «…и мы на полских – на Себежском и на Невльском рубежах были, голод и холод, и всякую нужду терпели. А только давано было на полки для постою дворов малое число – стояли на дворе человек по сту и по полтораста. А хлеб купили дорогою ценою… которые наши братья ходили кормиться именем Христовым, и те от нас многие батоги биты перед Розрядом…». Эти жалобы нашли отражение в народном фольклоре – исторической песне «Стрелецкий бунт»: «За двенадцать лет им, стрельчикам, им провианту нет, на добрых ихних-то на коней фуражу нейдет…». Книги выдачи жалованья московских стрельцам полков А. Чубарова, Ф. Колзакова, Т. Гундертмарка и И. Черного за январь, март, апрель и май 1698 г., а также книги выдачи денежного жалованья и добавочных кормовых денег стрельцам полка князя М. Г. Ромодановского в Великих Луках позволяют поставить под сомнение правдивость стрелецких жалоб. В этих книгах содержатся перечни фамилий с подписями или крестиками напротив. Стрельцы взбунтовавшихся полков получали жалованье регулярно и лично в руки. Условия их службы были тяжелыми, но не невыносимыми. Логично считать, что финансовые проблемы не были значимой причиной восстания.
Среди личного состава мятежных приказов выделялась группа наиболее активных «заводчиков», которые сумели частично увлечь, частично запугать своих товарищей и призвали освободить царевну Софью из заточения и вручить ей Москву и трон. Подобный призыв реабилитировал стрельцов в собственных глазах, т. к. они становились не «ворами», а освободителями «природной государыни». Материалы следственного дела зафиксировали большую роль стрелецких пятидесятников в организации бунта: «…а в Федорове полку Колзакова во управление были у них пятидесятники ж Тимошка Давыдов, Афонка Прасолов с товарыщи двенадцать человек самовольно ж без выбору…». Во время восстания московских стрельцов в Кольском остроге в 1699 г. зачинщиками бунта также выступили стрелецкие пятидесятники: «Если основная масса стрельцов ничего не теряла от перевода в солдаты и даже могла рассчитывать на прибавку денежного жалованья, то пятидесятники от этого только проигрывали, так как их переводили в солдатскую службу не в офицерские чины (стрелецкие пятидесятники могли претендовать на офицерские чины прапорщиков и поручиков), а в урядники, т. е. в унтер-офицеры, что существенно ущемляло их в материально-правовом отношении». Очевидно, пятидесятники, опираясь на своих родственников и сторонников, захватили власть в приказах. В этой ситуации попытка воеводы М. Г. Ромодановского разоружить стрелецкие полки еще больше накалила обстановку. Стрельцы не без участия своих пятидесятников были свято уверены, что было принято решение их уничтожить: «…а нас велел, ис города вывесть по полку на розные дороги, и велел у нас обрать ружье, и всякую полковую казну, и знамена, и велел нас конным рубить, обступя в круг. И мы, убояся того, в указные места не пошли…». Стрельцы решились на бунт, т. е. на явное нарушение присяги. Политическая интрига, точнее, авантюра, сложившаяся вокруг письма царевны Софьи, закончилась 18 июня 1698 г., когда мятежные полки подошли к р. Истра у Воскресенского (Новоиерусалимского) монастыря. А. С. Шеин встретил восставших на берегу реки во главе «большого полка», в который входили Преображенский, Семеновский, Бутырский и Лефортовский пехотные полки. Подобное соотношение сил может служить лишним доказательством признания за стрельцами высокого уровня боеспособности. Воевода А. С. Шеин знал, на что способны московские стрельцы, и считал четыре измученных трудной службой и лишениями полка серьезной боевой силой. Попытки уговорить мятежников одуматься оказались безрезультатными: «и они во всем том отказали и говорили невежливые и свирепые слова, и стали в упорстве, чтобы итить им к Москве; и обоз свой укрепили, и знамена распустили, и с пушки и с ружьем против большого полку ратных людей ополчились…». Повстанцы начали кричать «ясак» (боевой клич – пароль) «Сергиев!», призывая себе на помощь св. Сергия Радонежского, как в 1677 г. в осажденном Чигирине. Воевода Шеин приказал «для страху ис пушек… выстрелить. И они, воры и противники, из обозу своего ис пушек и из мелкого ружья большого полку по ратным людем стреляли ж и на вылоску ходили, и ясаками кричали, и знамены укрывались; и ранили бонбондира-иноземца… да дву человек подьячих, да салдата…».
Шеин отдал приказ о бомбардировке мятежников. После первых же залпов правительственных батарей сражение закончилось: «Противники… видя большого полку ратных людей крепкое ополчение, а своей братьи многих раненых и побитых, знамена приклонили, и ружье покинули, и били челом великому государю виною своею…». От огня артиллеристов Шеина было «побито 15, раненых 37, всего 52 человека». Потери повстанцев являются бесспорным свидетельством, что среди мятежников всем заправляла группа «заводчиков», подчинившая себе остальных стрельцов. Очевидно, что практически никто из восставших сражения не хотел.
«После мятежа 1698 г. в четырех стрелецких полках, расквартированных в районе Великих Лук, начался розыск, в ходе которого с 30 сентября по 21 октября 1698 г. было казнено 799 «пущих заводчиков», оставлено для дальнейшего следствия 29 человек, освобождено по малолетству 193 человека. Остальные 2671 участник восстания были включены в состав «зборного» полка стольника и подполковника, позднее полковника Семена Шеншина и были сосланы в Новобогородицк на Самаре на «вечное житье». Жертвами массовых казней, столь излишне красочно описанных И. Корбом, секретарем австрийского посольства, стали не более чем 1000 человек в общей сложности, число, вполне сравнимое с потерями трех приказов московских стрельцов в битве под Полонкой. Жестокость казней не превышала уровень жестокости казней участников Медного бунта 1662 г. и полностью соответствовала нормам «Соборного Уложения» 1649 г. Дневник И. Корба был переработан и издан после Нарвского поражения 1700 г. как иллюстрация «варварства московитов», поэтому к содержащимся в нем данным следует относиться крайне осторожно.
Историческая песня «Стрелецкий бунт» не обвиняет стрельцов, но подчеркивает, что за их провинность, мятеж против царя, может быть только одно наказание – смерть: «Мы за эту же тебе за проступочку, мы возьмем три города столичныих. Без фуражу твоего возьмем, без жалованья, без свинца твоего, без пороху. – Мне не надо твоих три города столичныих, прикажи ты своим стрельцам, добрым молодцам, чтобы с топорами шли, все со плахами».
1 мая 1716 г. в театре царевны Натальи была показана трагедия «Стрельцы». Текст трагедии, написанный самой царевной, не сохранился. Тем не менее Ю. К. Бегунов на основании косвенных источников предполагал, что в трагедии говорилось именно о восстании 1698 г. «Физические расправы (страшные массовые казни стрельцов) вряд ли нашли отражение в пьесе. Вероятно, «оратор», т. е. ведущий, лишь прочитал зрителям в конце мораль о вреде бездумных выступлений против власти, и тем дело и кончилось». Как и в исторической песне, критике подвергалось само выступление против власти, нарушение присяги, но не стрельцы как таковые. Звание «стрелец» не было синонимом слова «изменник», хотя некоторые современники, например А. А. Матвеев, не жалели яда в своих записках, называя стрельцов «злым и Богу противным родом и чином». Московские стрельцы и после 1698 г. продолжали служить. Вопреки указу об уничтожении стрелецкого войска московские стрельцы никуда не исчезли. Как справедливо замечал Рабинович, подобное представление было результатом ошибки Н. Г. Устрялова: «Ошибка Устрялова коренится в том, что он отождествлял указы правительства Петра I об уничтожении стрелецкого войска с реальной действительностью, которая не позволила претворить эти указы в жизнь. Последующие историки безоговорочно брали на веру утверждения Н. Г. Устрялова, и созданная им легенда о ликвидации стрелецкого войска почти столетие бытует в нашей исторической науке».