Петр реформировал также и православную церковь. После кончины патриарха Адриана в 1701 году патриаршество было упразднено. Главой церкви Петр Первый провозгласил действующего монарха. Позднее, в 1721 году высшей административной и судебной инстанцией стал Святейший Синод, возглавляемый обер-прокурором. Синод действовал от имени Императора, распоряжения которого по церковным делам были окончательны и обязательны для Синода. Первым президентом Святейшего Синода стал Феофан Прокопович – талантливейший и хорошо образованный человек, сподвижник Петра Первого.