Святой Иоанн, первый архиепископ Великого Новгорода был сын именитых граждан и имел брата Гавриила, преемника его по Софийской кафедре. С детства он имел влечение к духовной жизни и едва достиг совершеннолетия, как был рукоположен в священники церкви святого мученика Власия на Софийской стороне. Жизнь его была примером благочестия, и в народе скоро прославилось имя его. Но, стремясь к безмолвию и уединенной молитве, он вместе с братом Гавриилом задумал из наследства, доставшегося им от родителей, устроить монастырь в честь Благовещения. Оба брата постриглись в устроенной ими обители, изменив свои имена: Иоанна на Илию и Гавриила на Григория. Они проводили жизнь в посте, молитвах и подвигах монашеских, все силы свои посвящая на служение Богу. В 1163 году умер епископ Аркадий и на его место возведен был Илия по общему выбору князя, народа и духовного собора. В том же году новгородцы послали в Киев просить митрополита Иоанна, чтобы их епископ был возведен в сан архиепископа. Просьба их была исполнена, и святой Илия был первым архиепископом Великого Новгорода.
Недолго наслаждался миром Великий Новгород в это тяжелое для всей России время междоусобных войн. Как только скончался святой Великий князь Ростислав, новгородцы, забыв данное ему обещание упрочить княжеский престол за сыном его Святославом, «указали ему путь от себя» и приняли князя Романа, сына Киевского князя Мстислава, чем восстановили против себя Андрея, князя Суздальского, который хотел управлять новгородцами по своей воле, как управлял более чем 72 удельными князьями; господин же Великий Новгород желал жить по своей пошлине, то есть по своим обычаям, как у них пошло исстари. Сильные ополчения собрал могущественный Андрей Боголюбский и сам стал во главе их, – по словам летописи, «с ним шла вся земля русская». По дороге к Новгороду суздальцы ничего не щадили – грабили, жгли и убивали. Новгородцы в ужасе заперлись в своих стенах, но о сдаче и слышать не хотели.
Два дня продолжалась кровавая сеча, новгородцы ослабевали, осаждавшие мысленно уже торжествовали победу, а святой архипастырь, не зная отдыха, бодрствовал с народом своим, подкрепляя его словом и благословением, а ночи стоял на молитве пред иконой Всемилостивейшего Спаса и с крепким воплем взывал о помиловании. На третью ночь он слышит голос: «Иди в храм Спаса, на Ильиной улице, возьми оттуда икону Богоматери, неси на стену города и узришь спасение». Святитель послал за иконой архидиакона с клирошанами, но посланные возвратились с вестью, что никакими силами не могли сдвинуть икону с места. С собором духовенства отправился сам архипастырь, простерся пред чудотворной иконой и со слезами, с пламенным усердием молился Пресвятой Владычице заступиться и пощадить людей своих. Поднявшись от земли, святой Иоанн начал совершать молебное пение, и когда клир возгласил: «Предстательство христиан непостыдное», внезапно, сама собой, двинулась икона; видя такое чудо, народ в благоговейном ужасе завопил: «Господи, помилуй». Архиепископ, приняв на руки святую икону, с молебным пением перенес ее на городскую стену и поставил на остроге лицом к осаждающим. Народ молился с воплем и слезами. Осаждавшие пустили тучу стрел на город и в молящихся. Икона отвернулась от них и обратилась к городу. Святитель увидел слезы, текшие из очей иконы, и принял их на фелонь свою. Внезапно напал страх на могущественное войско суздальцев, нашел на них мрак и они побежали, как слепые – в общем смятении поражали друг друга и потерпели страшное поражение. В память чудесного избавления святитель Илия установил праздник Знамения Божией Матери и основал Благовещенский монастырь при озере Мячине в трех верстах от Новгорода. 27 ноября русская церковь празднует Знамение Божией Матери, один из древнейших русских праздников. Событие, послужившее установлению его, произошло более 700 лет тому назад.
Суздальская война оставила печальные следы в Новгородской области, и архипастырю много было забот о безпомощных и безпокровных семьях, разоренных войной и терпевших голод. Через год Новгород, понуждаемый убеждениями своего владыки и всеми ужасами голода, смирился пред могущественным Андреем Боголюбским и сам святитель Илия ездил во Владимир ходатайствовать за них и успокоить оскорбленного князя.
Благотворительность архипастыря, щедрой рукой раздававшего милостыню несчастным, без различия звания, пола и лет, навлекла на него клеветы и гонения. Новгородцы, никогда не отличавшиеся осмотрительностью и тихостью нравов, взволновались при толках о нецеломудрии своего благодетеля – архипастыря, и не задумавшись, на основании клеветы злобных врагов всякого добра, повлекли святителя к Великому мосту и спустили на Волхов, предоставив быстрине волн безвесельный плот, но плот внезапно пошел против течения реки, наперекор неудержимой быстрыне, кипевшей под Волховским мостом, и приплыл к Юрьеву монастырю, за три поприща от Великого Новгорода. Ужаснулись новгородцы, с воплем бросились бежать вдоль по берегу и со слезами раскаяния взывали о прощении к святителю, которого они без суда осудили как недостойного, а правда Божия вступилась за него. Святитель, плывя по водам, все время со слезами молил Господа о своей пастве, да не поставит ей во грех осуждение его. Каменный столп, поставленный у Юрьева монастыря, свидетельствует об этом чудесном событии, а в современной летописи Новгородской под годом 1176 записано: «В Новгороде иде Волхов на возводие до пяти дней». Волхов после этого шел против течения еще пять дней.
Святитель и последние годы жизни своей проводил в подвигах поста и молитвы и неусыпной заботе о своей вечно мятежной пастве. Он любил беседовать с иноками о душевном спасении и при каждом случае учил людей своей паствы не забывать вечности и рассказывал им жития великих угодников. Правило, преподанное святителем для иноков, дышит благодатию: «Раз последовавшие за Христом иноки, крестные делатели духовной жизни, должны жить в местах уединенных, удаленных от мирских людей: пусть не обкрадывают себя, ни всего посвященного Богу. Не должны они входить в мирские дела, ни в пиршества и угощения мясные; пусть под видом духовного празднества, не празднуют плотски и мирски, но празднуют с духовными духовно. Для любви к Богу, оставив все житейское, держась твердо при Господе, инок должен быть иноком во всякое время и на всяком месте, и во сне и в бодрствовании сохранять память о смерти и в плоти быть безплотным… От разговоров с мирскими слепнет ум, а по удалении их является туга. Необходимо из опасения вреда для души удаляться от бесед с ними. Жизнь иноческая и мирская несовместны, как не запрягают вместе верблюда и коня. Инок подложил шею свою под ярмо Создателя и должен таскать соху в долине смирения, чтоб умножать пшеницу под теплотой Животворящего Духа и сиять каплями разума Божия».
Незадолго до кончины святой Илия отказался от кафедры, назначив себе в преемника брата Гавриила, принял схиму с именем Иоанна и скончался 7 сентября 1185 года. Посреди плача народного он положен был в притворе Софийском.
После кончины святителя Иоанна прошло 700 лет, а святительская мантия его еще цела и хранится в Софийской ризнице – она василькового цвета и похожа на рытый бархат.
В 1439 году усердием святителя Евфимия совершались починки в Софийском соборе; в притворе придела храма святого Иоанна Предтечи вдруг оторвался камень и сильно ударил в крышу стоявшей тут гробницы, так что крыша расселась. Святитель Евфимий велел поднять пробитую камнем доску, и храм исполнился благоухания, и увидели в гробу нетленные мощи святителя, но никто не мог сказать, кто сей святитель. Возвратясь в свою келью, Евфимий стал усердно молить Бога открыть ему, кто сей угодник, и ночью ясно явился пред ним муж, облеченный в одежды святительские, и сказал, что он архиепископ Иоанн, удостоившийся послужить чуду Пресвятой Богородицы, честному Ее Знамению. «Возвещаю тебе волю Божию, – продолжал святитель, – совершать память о лежащих здесь архиепископах и князьях 4 октября, я же буду молиться Христу за всех христиан».