Иоанн, сын новгородского посадника Иоанна Климентова, занимался торговлей. Однажды плыл он по Онежскому озеру в большой лодке, нагруженной солью, и застигнут был бурей. Находясь в крайней опасности, Иоанн дал обет Господу посвятить себя иноческой жизни, если дано ему будет время на покаяние. Молитва его была услышана: лодку выбросило на берег. Спасенный Иоанн со слезами благодарил Бога и услышал голос: «Иоанн, здесь устроишь обитель Святой Троицы». Он тут же увидел на можжевеловом кусте образ Святой Троицы. Пораженный чудным видением, он на том месте немедленно водрузил крест, который сохранился доныне.
Преподобный родился в Ростове, от славных и богатых родителей Крюковых, воспитывавших его в страхе Божием. Еще отроком переселился он с родителями в Москву, где под руководством дяди служил несколько времени при дворе у великой княгини Марии, супруги Великого князя Василия Васильевича Темного, впоследствии монахини Марфы.
Дядя его Лукиан, удаляясь от двора, взял с собой и Корнилия. Будучи двенадцатилетним отроком, Корнилий вступил в Кирилло-Белозерскую обитель и двадцати лет был уже пострижен в монашество. Ревностно прошел он все монастырские послушания, трудился в хлебнях, носил воду, рубил дрова, а в свободное время от послушания списывал Божественные книги. Желая большей пользы для своей души, Корнилий предался странничеству. Обойдя несколько монастырей, пришел он в Новгород, к архиепископу Геннадию, который полюбил его и уговорил принять священство, надеясь тем удержать его при себе; но ревностный подвижник отказался, считая себя недостойным этого сана. Он искал безмолвия и удалился в пустыню близ Новгорода. Но когда разнеслась молва о молодом подвижнике и начали приходить к нему для назидания, любитель безмолвия бежал в Савватиеву пустынь, неподалеку от Твери.
Но и тут не укрылся светильник под спудом; смущаемый многолюдством, смиренный инок удалился в Комельский лес, в сорока верстах от Вологды, где все еще были пустыни и непроходимые болотные дебри. Раз случилось Корнилию отправиться по делам в Москву. Митрополит Симон, много о нем слышавший, хотел удержать его у себя и потому рукоположил его в сан священника. Но испытанный пустынник умолял отпустить его и наконец в любимой пустыне поставил крест и одинокую хижину, где и поселился. Вначале он много пострадал от врагов видимых и невидимых, но все преодолел силой молитвы. После многотрудных испытаний стала пустыня населяться искателями душевного спасения. На двенадцатом году после прибытия в Комельскую пустыню и на шестидесятом году возраста он построил два храма: один во имя Введения Пресвятой Богородицы, а другой преподобного Антония Великого. Вместе с братией он расчищал лес и распахивал нивы, не пропуская церковной службы. Все постройки производили братия под его руководством: одни плотничали, другие писали иконы, третьи занимались резной работой или списывали книги, которые продавались тогда по высокой цене и потому бедным отшельникам были недоступны. Мужественно переносил он все труды и сподобился от Господа еще при жизни дара чудотворения. Слава о преподобном Корнилин дошла и до Великого князя Василия Иоанновича, который стал оказывать ему великое почитание за высокие добродетели, а угодник Божий, бегая славы человеческой, поручил управление обители двенадцати ученикам, а с собой взял одного ученика Геннадия и ушел в пустое место, называемое Сурское озеро, близ реки Костромы, в семидесяти верстах от его обители. На просьбу же братии возвратиться к ним преподобный отвечал решительным отказом.
В то время Великий князь Василий, отправляясь в обитель Белозерскую, зашел в монастырь Корнилия и, видя братию, скорбящую об удалении их отца и наставника, послал сказать ему, что желает его видеть по возвращении из Белозерской обители в Комельском монастыре. Преподобный исполнил желание князя, и когда Василий пришел в монастырь, то, помолившись Пресвятой Богородице, стал убеждать Корнилия не оставлять более своей братии. Преподобный, представляя князю старость свою и немощи плоти, говорил, что имеет нужду в безмолвии. Князь уступил его заветному желанию, и Корнилий опять удалился в любимое уединение, куда собралось к нему до шести человек братии. Желая построить им церковь, преподобный пошел в Москву к Великому князю с просьбой о сооружении храма в своем уединении; но Великий князь решительно отказал ему, думая тем склонить его на возвращение в свою прежнюю обитель. Преподобный, не желая начальствовать, удалился на безмолвие в Сергиев монастырь. Вскоре приехал туда на богомолье Великий князь Василий Иоаннович и, увидя преподобного Корнилия, стал убедительно просить его о возвращении в его прежнюю обитель.
Слезные моления братии и неотступные просьбы князя склонили, наконец, угодника Божия, и он согласился возвратиться в свою Комельскую обитель.
«Слышал я, отче, – говорил Великий князь преподобному, – что с тех пор, как построена твоя обитель, не имел ты при ней ни земли, ни сел; проси у меня, чего хочешь, я все тебе дам». Преподобный попросил только малого участка земли, находящегося близ обители, чтобы в поте возделывать его, питать братию и себя, но Великий князь пожертвовал монастырю всю окрестную землю с селами и угодьями, утвердив все это царской подписью.
Великий подвижник воспитал примером и наставлением многих великих пастырей Русской Церкви; сила Божия, действовавшая в нем, действовала через него и в других.
Возвратившись в обитель, преподобный пребывал в непрестанных трудах и подвигах, но, будучи уже стар и чувствуя приближение смерти, отказался от настоятельства, избрав игуменом ученика своего Лаврентия.
Затворившись в келье для совершенного безмолвия, начал приготовляться угодник Божий к переходу в вечность. Тело, удрученное летами и болезнью, видимо изнемогало; но дух, всегда бодрый, стремился ко Господу, которого он от юности возлюбил. Призвав игумена и братию, преподобный Корнилий преподал им последнее наставление, всех целовал с любовью и, приобщившись Святых Таин, тихо скончался 19 мая 1537 года, на восемьдесят третьем году от роду. Тело его похоронили в основанной им обители.
Святой Корнилий составил устав иноческой жизни, отличающийся простотой и духовной опытностью.