Александр родился в Олонецкой губернии, близ озера Онеги, в селе Мандере. Он отдан был для обучения грамоте, но она не давалась ему, и отрок со слезами молился, чтобы сам Господь дал ему понятие и разум. Бог не презрел молитвы его; отрок услышал голос: «Встань, будет исполнено прошение твое». С тех пор Александр стал легко и быстро успевать в учении. Отличаясь благочестием в юности, он занимался молитвой и имел необыкновенное воздержание. Часто мать его, побуждаемая естественной любовью к сыну, уговаривала его не изнурять себя излишним постом, но избранник Божий отвечал ей: «Не обращай внимания на это: мне приятно воздержание».
Когда Александр стал приходить в возраст, родители желали, чтобы он вступил в законный брак, но блаженный под разными предлогами уклонялся, имея заветное желание быть иноком.
Однажды пришли валаамские монахи в то селение, где жил Александр, и рассказали ему о пустынной жизни и иноческих подвигах. Воспламенилось сердце благоговейного юноши, и он стал просить их взять его с собой на Валаам; но иноки отказывались, говоря, что не имеют благословения игумена брать детей без воли родителей. Несмотря на их убеждения, блаженный юноша оставался непоколебим; любовь к родителям побеждена была любовью Христовой, которой уязвилось его сердце, и Александр оставил родной кров, чтобы отправиться на Валаам. Достигнув давно желанной цели, он просил игумена оставить его в числе братства. Юный инок с особенным смирением стал проходить различные послушания, искушаясь как злато в горниле, и на 26 году от рождения сподобился принять ангельский образ. Душа его стремилась к уединению, но опытный наставник удерживал его: «Нет, чадо мое, не утвердясь ногами на ступени общежития послушанием, как на корне, нельзя касаться вершины молчанием и уединением. Не следует не вовремя предаваться своей воле: на все свое время». После тринадцатилетнего пребывания на Валааме преподобный искал более уединенного места для совершенного безмолвия и в 1486 году удалился на Рощинское озеро, где желал жить и прежде поступления на Валаам; в семи верстах от Свири построил себе хижину, а впоследствии и храм Спасителя. Здесь преподобный претерпевал всякого рода злострадания, недоступные плотскому уму.
Некто боярин Завалишин, живший близ того места, нечаянно нашел блаженного и подумал, что видит привидение. По неотступной просьбе боярина преподобный Александр открыл ему свою жизнь под условием молчания. «Семь лет, – говорил он, – я живу здесь один, не вижу никого, ни разу не ел хлеба, а только траву, а иногда сырую землю. Вначале было тяжело – желудком страдал. Бывало, валяюсь по земле, головы не могу поднять. Раз лежу от сильной боли, а сам совершаю пение свое. Вдруг передо мной предстал кто-то светлый. “Чем ты страдаешь?” – спросил он. “Желудком”, – отвечал я и указал на больное место. Он возложил на меня руку и сказал: “Се здрав еси, к тому не согрешай, работай Господу”. С той поры чувствую себя здоровым». Благочестивый боярин стал доставлять отшельнику все необходимое для существования. Кроме болезни телесной, чего не вынес преподобный и от духов лукавых! Они нападали на него с различными страхованиями, чтобы изгнать подвижника, но он силой Христовой побеждал все козни их.
Мало-помалу стали собираться к преподобному и другие ревнители благочестия и сначала жили отшельнически, отдельно один от другого, а впоследствии, по особому внушению, преподобный стал строить монастырь. В 1508 году святой Александр принял священство и игуменство над братией, и тогда же освящен был новый храм во имя Святой Троицы.
В сане игумена преподобный не изменил иноческим правилам и, увещевая братию подвизаться усердно, сам являлся первый на все послушания и больше всех трудился; следил за деятельностью каждого инока, умоляя всех приближаться к Богу смирением, трудами, молитвой и постом; одежда его была вся в заплатах, за что нередко подвергался насмешкам от приходящих.
Монастырь устраивался, число иноков умножалось, братия стали роптать на преподобного, говоря, что безрассудно распространять обитель, не имея средств к существованию, но блаженный спокойно отвечал на это: «Точно, мы сами собой ничего не можем сделать; но Господь не оставляет рабов своих».
К преподобному приходили отовсюду ближние и дальние, иные со своими скорбями и нуждами, другие, чтобы получить благословение святого. Он принимал всех с любовью и утешал словом Божиим и поучал состраданию к бедным вдовам и сиротам, кормить заключенных в темницах, веровать в Бога искренно и молиться Ему с сокрушением. По освящении Троицкого храма, после молебна, православные, подходя к кресту, клали, по возможности, каждый свою лепту; один поселянин Григорий хотел также положить что-то, но преподобный оттолкнул его руку и грозно сказал: «Твоя рука смердит, ты бил свою мать». Пораженный нечаянным обличением, поселянин в покаянии спрашивал, что ему делать. «Иди, – сказал преподобный, – проси прощения и никогда не оскорбляй свою родительницу».
Незадолго до смерти блаженный Александр построил еще церковь Пресвятой Богородицы с братской трапезой и был утешен явлением Богоматери, которая обещала не оставлять его обители и умножить число спасающихся.
Преподобный воспитал многих подвижников благочестия. В завещании своем писал: «Казны после меня не осталось; что давали боголюбцы, все пошло на постройку храмов и на содержание обители».
Возвратясь в Новгород, Иоанн прекратил торговлю и принял иночество с именем Ионы. Он отправился на место своего спасения, на остров Онежского озера в 65 верстах от Петрозаводска, и стал строить храм во имя Святой Троицы, а другой в честь святителя Николая; тут же устроил кельи для собиравшейся братии и все необходимое для обители. Митрополит Варлаам в 1509 и в 1525 годах благоволил дать антиминсы для новых храмов и желал посвятить Иону в сан игумена для созданной им обители; но смиренный инок отклонил от себя эту почесть и просил новгородского иеромонаха Тихона принять на себя настоятельство в его обители. Сам проходя строго-внимательную жизнь, преподобный Иона был примером для братии во всех трудах и подвигах и невозмутимо встретил час кончины, повергаясь в неизреченное милосердие Божие. Он предал дух свой Господу в 1534 году 6 июня.
По воле императрицы Елизаветы Петровны над нетленными мощами преподобного Ионы построен каменный храм во имя праведных Захария и Елизаветы. Преподобный Иона прозван Климецким или Климским по имени острова.