Блаженный Пахомий родился в Малороссии от благочестивых родителей и еще в молодых годах был взят в плен татарами, которые продали его турецкому кожевнику в городе Усаки. Хозяин научил пленника своему ремеслу и старался научить его также своей вере. Пахомий скоро сделался его лучшим и усердным помощником, но не скрывал своего отвращения от магометанства. Хозяин грозил ему и даже наказывал ударами и лишениями пищи, но Пахомий все претерпевал с мужеством и радостью ради Христа. В продолжение 27-летнего рабства он ревностно и честно служил своему господину, так что турок поневоле чувствовал к нему уважение и полную доверенность и даже пожелал иметь его зятем своим, с тем чтобы передать ему все богатство свое, лишь бы он отрекся от Христа. Но верный раб Христов вменял за ничто все блага земные и заботился только о том, чтобы сохранить в чистоте высшее сокровище – веру во Христа.
Турок, убедившись наконец в непоколебимости своего пленника и тронувшись его многолетней усердной службой, дал ему свободу и позволение идти, куда хочет. Во время приготовления к пути Пахомий сильно заболел и впал в безпамятство. В это время соседние турки, услыхав, что русский пленник получил свободу, не приняв магометанства, решили, что этому не должно быть и потому для удовлетворения своей совести, хотя и не обрезали умирающего, но одели его в турецкие одежды и при том распространили ложные свидетельства, будто он отрекся от Христа и сделался турком. Но верный раб Христов выздоровел и сильно огорченный таким насилием удалился в Смирну и там, сбросив с себя турецкие одежды, поспешил отплыть на Святую Гору.
В монастыре святого Павла нашел он строгого подвижника Иосифа, исповедал перед ним все тайны сердца своего и умолил постричь его в иночество. Подражая добрым подвигам своего старца, Пахомий провел под его руководством двенадцать лет в обители святого Павла, потом, услышав о подвижнической жизни преподобного Акакия Капеокаливита, переселился в суровую его пустынь и шесть лет провел с ним в таких трудах смирения, поста и молитвы, что сделался образцом монашеской жизни для великих отцов пустыни Капеокаливы. Особенно отличался он кротостью и добродушной приветливостью; беседа его была столь сладостна и на лице его было такое благодатное выражение, что всеми был он любим. Но за все время подвижнической жизни постоянно тревожило его сомнение, не произнес ли он во время болезни каких-либо речей против христианства, когда турки облекли его в свои одежды; не посрамил ли он во время своего безпамятства каким-нибудь словом имени христианина? Тревожимый сомнениями и побуждаемый любовью ко Христу, он желал подвига исповеднического и не раз открывал свои сомнения и желания духовному отцу. Полагая, что эти помыслы происходят от духовной гордости, старец строго укорял его и в течение года возлагал на него различные епитимии. Смиренно покорялся блаженный Пахомий всем испытаниям, но оставался непоколебим в своем желании исповедничества. Святой старец Иосиф, видя его готовность на все мучения ради имени Христова, стал вместе с ним постом и молитвой просить Бога, чтобы открыл им волю Свою. Затем они просили наставления великих подвижников пустыни. Все одобрили такую мысль Пахомия, и с их молитвами и благословениями он оставил Святую Гору, сопутствуемый духовником своим Иосифом.
Когда они прибыли в город Усаки, Иосиф остался в гостинице, а Пахомий прямо отправился в дом своего прежнего господина, а оттуда на базар, для того чтобы все его узнали. Турки схватили его и повели к судье, обличая его, что этот тот самый раб, который во время болезни отрекся от Христа и облекся в зеленые одежды, а теперь носит одежду христианского монаха. На вопрос судьи, справедливо ли обвинение, Пахомий с радостным лицом отвечал, что никогда не отрекался от Христа, ни мыслью, ни делом, что исповедует Христа как истинного Бога и совершенного человека и готов претерпеть за исповедание своей веры все муки и самую смерть. Судья осыпал бранью и угрозами мужественного исповедника и говорил, что раз отрекшись от Христа, он не может более носить одежды христианские и должен выбрать одно из двух: или совершенно отречься от Христа, или претерпеть жестокую смерть. Мужественный исповедник сказал на то в ответ: «Да не будет того, Христос и Царь мой, чтобы я и тайной мыслью отрекся от святого имени Твоего! Из любви к Тебе я готов в огонь и на всякую смерть». Судья разъярился и приказал бросить его в смрадную темницу. Но с верой во Христа и темница без утешения человеческого показалась Пахомию раем.
На третий день он был осужден на смерть. Услышав эту весть, он обрадовался и прославил Бога. Всю ночь провел он на молитве, а на рассвете привели его опять на судилище и судья сказал ему: «Ты осужден на смерть за свое упорство; смотри, чтобы тебе позже не каяться», но Пахомий отвечал: «Тысячи ужаснейших смертей я готов перенести за Христа моего; спеши только исполнить свой приговор». Связанного мученика потащили за город на то место, где режут овец. Там много собралось христиан и турок. Турки оскорбляли Пахомия; одни осыпали его бранью, другие убеждали отречься от Христа. Углубленный в молитву мученик не обращал ни на что внимания и, приближаясь к желанному подвигу, он преклонил колена на месте казни. Даже палач медлил отсечь ему голову и с тревогой души шептал ему на ухо, чтобы он отрекся от Христа; но мужественный исповедник ободрял своего палача в сей страшный час, говоря: «Исполняй, что тебе приказано, не теряй напрасно времени». Тогда отсекли ему честную главу и принял он желанный венец мученичества. После трех дней христиане взяли его священные останки и погребли. Исполнитель казни помешался в уме и, оглашая город страшными воплями, умер в мучениях. Духовник Пахомия, услышав о дивном подвиге своего ученика, прославил Бога и немедленно пошел на то место, где лежало еще тело мученика, приветствовал его слезами: «Ты получил давно желаемое, о Пахомий, добрый сын мой! Моли же Господа о мне и о всех призывающих имя твое!» Исполнилось его прошение: вскоре на старца Иосифа напал страх малодушия, но ему явился в сонном видении мученик Пахомий и сказал: «Не бойся, старец, не потерпишь муки». И с этими словами исчез всякий страх из души старца Иосифа.
Во время казни блаженного Пахомия одна благочестивая христианка, страдавшая с молодых лет жестокими головными болями, призвала на помощь святого мученика Пахомия и помазала свою больную голову каплями его крови и мгновенно исцелилась от многолетней болезни; в память же своего чудесного исцеления приказала написать лик мученика и послала эту икону на Святую Гору для старцев Афонских. Блаженный Пахомий пострадал в дни Вознесения в 1730 году, и священные мощи его хранятся на острове Патмосе в обители святого Иоанна Богослова. Память его совершается 7 мая.