Сразу же после революции произошло закрытие Троице-Сергиевой Лавры, выселение братии, вскрытие мощей преподобного Сергия и, наконец, сокрытие главы преподобного Сергия.
Немедленно после издания Декрета СНК о свободе совести, церковных и религиозных обществах (20 января 1918 г.) началась конфискация имущества Лавры в ведение Сергиевского исполкома В ночь с 17 на 18 августа 1918 года одновременно во всех подчиненных Лавре монастырях были произведены обыски.
Вот как проходил обыск в Гефсиманском скиту: «После отъезда солдат-красноармейцев выяснилось, с какой дерзостью производился обыск, в следующем: железные ворота и двери у Святых ворот взломаны, двери у келлии иеромонаха Филарета изрублены топором…» (из доклада игумена Израиля (Козлова) Духовному собору Лавры, 7 сентября 1918 г.).
В октябре 1918 года была создана комиссия по охране Троице-Сергиевой Лавры, главной задачей которой предусматривалась организация музея на территории монастыря. Проект музея был составлен членами комиссии профессорами П. А. Флоренским и П. Н. Каптеревым. Однако планомерная научно-музейная деятельность комиссии вскоре была прервана.
16 февраля 1919 года коллегия Народного комиссариата юстиции приняла постановление об организованном вскрытии мощей. Встал вопрос об освидетельствовании мощей преподобного Сергия.
В Лавре, в Трапезной церкви, состоялось большое собрание верующих. Там наместник Лавры архимандрит Кронид (Любимов) сказал краткую и сильную речь, в которой призывал народ и верующих защитить и оградить от поругания «не монахов, а священное место, где отпечатались стопы отца нашего, преподобного Сергия».
4 марта в докладной записке Председателю СНК наместник Троице-Сергиевой Лавры писал: «Власть поймет, власть должна понять, какую боль причинит народу насильственное прикосновение к мощам преподобного Сергия, память о котором распространена по всей России как о святом не только местном, но и всенародном».
22 марта за всенощной в неделю Крестопоклонную в Покровском храме МДА благочинный игумен Варфоломей (Ремов) произнес проповедь, в которой предупреждал верующих о возможном вскрытии мощей преподобного Сергия.
Вскрытие мощей преподобного Сергия было назначено на 11 апреля 1919 года, это была пятница перед Лазаревой субботой. Власти мобилизовали роту помещавшихся в Лавре курсантов. Выставили посты у колокольни и Духовного собора, у всех ворот и даже на стенах, так как опасались набатного звона. К пяти часам вечера в Сергиевский исполком были вызваны из Вифанского скита – иеромонах Порфирий, из Гефсиманского скита – иеромонах Ионафан. Цель вызова не была заранее объявлена. К шести часам вечера Святые и Успенские ворота были закрыты. Но едва пронеслась весть, что ворота в Лавре запирают, чтобы вскрывать мощи преподобного Сергия, как множество людей со всех концов города кинулись на площадь. Вся площадь скоро была запружена народом, многие стремились прорваться в Лавру. Люди кинулись на цепи красноармейцев. Произошла давка. Лошади, поднявшись на дыбы, ржали, кричали женщины, военные стреляли в воздух. Заслон смять не удалось.
В актовом зале академии был назначен сбор всех, кто должен был присутствовать на вскрытии мощей. Наместник Лавры отец Кронид сказал, что никто никогда не стремился свидетельствовать истинность мощей преподобного Сергия, потому что свидетельством их истинности с самого времени открытия были чудеса: «И я был свидетелем самых разнообразных чудес от гроба преподобного. Ровно восемь лет тому назад в эту самую Лазареву пятницу ко гробу приползла женщина, которая не могла ходить, отслужили молебен, и вдруг по всему храму прошел треск, как бы от ломающихся человеческих костей. Женщина встала и пошла из храма совершенно здоровая».
При вскрытии мощей присутствовали: президиум и все члены Сергиевского исполкома, делегат Наркомата юстиции Галкин М. В., председатель губернского исполкома Семенов М., представитель Наркомата здравоохранения Ловягин, представители коммунистов Сергиевского района.
В 20 часов 50 минут приступили к вскрытию. Всё осматривают доктора. Доктор Попов поднимает черную коробку, вынимает из нее завернутые в провощенную бумагу желтого цвета волосы русо-рыжеватого оттенка, без седины.
Доктор Гвоздинский говорит, что от предплечий остались отдельные истлевшие части. По заявлению доктора Попова, череп соответствует по своей древности костям.
Под останками костей лежит слой истлевшей ткани.
Из донесения Духовного собора Троице-Сергиевой Лавры патриарху Тихону от 30 марта 1919 года: «Были сняты с святых мощей покровы, схима и мантия; по снятии последней оказались святые мощи, сохранившиеся в следующем виде: череп с нижней челюстью и зубами и все кости преподобного за исключением ступней, волосы и немного волос, завернутых в бумагу».
В то время, когда в Троицком соборе происходило вскрытие мощей, на площади перед Лаврой служили преподобному Сергию молебен с акафистом. Пение академического женского хора подхватил народ. Затем подошли еще священники, и так на протяжении всего времени вскрытия мощей перед Святыми вратами Лавры непрерывно шла служба преподобному Сергию.
По свидетельству очевидцев, прибывших в Троицкий собор уже после того, как было произведено вскрытие, от раки преподобного исходило сильное благоухание.
При вскрытии мощей в гробнице действительно оказались останки преподобного Сергия – череп, кости и волосы.
16 апреля 1919 года в 4 часа 20 минут комиссия в составе представителей из духовенства наместника Лавры архимандрита Кронида, казначея Лавры архимандрита Досифея и игумена Ионы и представителей президиума Сергиево-Посадского совета произвели закрытие стеклянной крышкой и опечатание останков преподобного Сергия Радонежского.
Святейший Патриарх Тихон после вскрытия мощей преподобного Сергия впервые молился в Троице-Сергиевой Лавре 5 июня (23 мая) – 9 июня (27 мая) 1919 года. Малую вечерню, всенощное бдение (8 июня в субботу) и литургию (9 июня в неделю Троицы) патриарх служил в Троицком соборе, а литургию в День Святого Духа – в храме Сошествия Святого Духа (9 июня).
В декабре 1919 года патриарх Тихон был взят под домашний арест на Троицком Сухаревском подворье Лавры. Из протокола допроса патриарха Тихона от 13 сентября 1920 года: «Я нахожусь под домашним арестом с декабря 1919 года, и все приходящие ко мне должны расписываться. За этим следит ВЧК, куда каждый день представляется [книга] посетителей».
8 августа 1919 года Наркомат юстиции направил в Сергиевский исполком инструктивное письмо № 958, в котором указывал на необходимость «ликвидации Лавры как монастыря».
12 сентября был запрещен ночлег богомольцев в Лавре.
4 октября состоялась передача прихожанам лаврских церквей: Троицкого собора, церкви преподобного Никона, церкви Сошествия Святого Духа, Филаретовской церкви и церкви Смоленской иконы Божией Матери; остальные церкви были закрыты и опечатаны.
В ночь с 2 на 3 ноября 1919 года братия была выселена из Лавры. Выселение было произведено без предупреждения, внезапно.
Наместнику Лавры было объявлено, что по всем лаврским помещениям должен быть произведен обыск, и на время обыска вся братия должна быть отправлена в Гефсиманский скит, где и может разместиться частью в скиту, а частью в гостинице при Черниговских пещерах.
Уже после фактического выселения братии, 10 ноября 1919 года, президиум Сергиевского исполкома постановил: «…Лавру как монастырь ликвидировать, общежитие монахов закрыть, выселив последних в Черниговский монастырь и Гефсиманский скит…»
К этому времени монахи уже были выселены из Лавры, а лаврские храмы закрыты.
В монастыре были размещены: больница для заразных больных, общежитие для Народного педагогического института, общежитие курсантов Военной электротехнической академии.
Так как в результате национализации Лавра оказалась лишенной земли, то Духовный собор просил Сергиевский исполком наделить ее землей. В ответе, полученном 14 марта 1919 года, говорилось: «…земельный отдел постановил отпустить монашествующим лицам нужное количество лаврской земли… в том случае, если они организуют единую трудовую артель».
Была создана трудовая артель Лавры в составе 224 человек. Но уже 30 октября 1919 года был издан циркуляр Наркомзема и Наркомюста земельным отделам исполкомов, согласно которому религиозные организации не имели право на наделение инвентарем и землей. Священники и монахи не могли быть членами коммун, трудовых артелей и товариществ как лишенные избирательных прав. Лаврская трудовая артель была упразднена, а земля изымалась обратно.
В январе 1920 года была образована межведомственная комиссия по разрешению вопросов, связанных с закрытием Лавры как монастыря. Она провела четыре заседания с 25 по 28 января 1920 года. Была принята резолюция о ликвидации всех храмов в Лавре, о передаче мощей преподобного Сергия в Москву, о приостановке деятельности комиссии по охране Лавры.
На заседании комиссии 25 января 1920 года было оглашено предписание Н. И. Троцкой об удалении бывшего игумена Кронида из Лавры. Н. И. Троцкая предлагала основать в Лавре дом для выздоравливающих красноармейцев.
В феврале – марте 1920 года Наркоматом юстиции были предприняты попытки вывезти из Троице-Сергиевой Лавры мощи преподобного Сергия.
26 марта 1920 года президиум Московского губисполкома постановил «Лавру закрыть и приостановить богослужение немедленно. Мощи перевезти в московский музей».
30 марта 1920 года состоялось первое заседание комиссии по распределению имущества и помещений Лавры.
Увидев, что в споре о судьбе Троице-Сергиевой Лавры чаша весов склоняется в сторону Отдела по делам музеев, Сергиевский исполком принял резолюции, обвинявшие Лавру в контрреволюционной деятельности, а комиссию по охране Лавры – в бездействии.
Наконец, на заседании 13 апреля 1920 года «Сергиевский районный исполнительный комитет постановил: Лавру как монастырь закрыть» (из резолюции).
20 апреля 1920 года В. И. Лениным был подписан Декрет об обращении в музей историко-художественных ценностей Троице-Сергиевой Лавры. Отметим, что Отдел по делам музеев возглавляла Н. И. Троцкая, жена страшного палача Л. Д. Троцкого.
20 апреля 1920 года Троице-Сергиева Лавра была закрыта.
29–31 мая архимандрит Кронид с оставшейся братией Лавры совершили последнее богослужение в Троицком соборе. В последний раз звонили лаврские колокола.
В академической Покровской церкви разметили городской театр.
23 февраля 1922 года ВЦИК принял решение о принудительном изъятии церковных ценностей.
Из Лавры вывезли более девяноста пудов драгоценных металлов.
В январе 1930 года со звонницы монастыря сбросили колокола. Всего было снято девятнадцать лаврских колоколов весом 8165 пудов.
Царь-колокол весил 4025 пудов, звон его был слышен за двадцать пять километров. При снятии колокол упал, разбил паперть колокольни и ушел в землю. Его извлекали по частям (резали автогеном). «Годунов» (1850 пудов) и «Корноухий» (1275 пудов), пожертвованные Борисом Годуновым, тоже сняли на металл. Из тридцати пяти колоколов на звоннице уцелела треть.
В 1930 году сам город лишился исторического имени. Его хотели переименовать в город Первограмотный, а потом передумали, дошли до абсурда: назвали Загорском – даже не по фамилии (Лубоцкий), а по псевдониму большевика, который в Сергиевом городе никогда не бывал.
7 апреля 1931 года Загорский райисполком принял решение об организации районного Дома культуры в здании лаврской трапезной. А 11 апреля был запрещен колокольный звон в пасхальные дни.
В октябре 1937 года наместник лавры архимандрит Кронид и большая группа его сподвижников были арестованы. В декабре того же года их расстреляли на Бутовском полигоне под Москвой.
Без ухода и ремонта здания монастыря ветшали. Особую опасность и тревогу вызывал фундамент колокольни, высота которой восемьдесят восемь метров. Администрация музея-заповедника решила снять с могил вокруг Трапезной и Успенского собора все надгробия, их обтесали в плиты и латали осыпающийся фундамент. Так были уничтожены монастырское и академическое кладбища. Так исчез веками создававшийся некрополь.