Арест и заточение в тюрьму артиллерийского офицера произведены были по плану антисемитски настроенных членов генерального штаба и «обоснованы» ничем не подтвержденной гипотезой Альфонса Бертильона, уже прославившегося изобретателя антропометрического метода. Гипотеза эта заключалась в том, что некий документ из 700 слов, не имеющий ни подписи, ни адреса, был написан рукой Дрейфуса. Этот документ, впоследствии получивший широкую известность под наименованием «бордеро», был своего рода донесением Иуды, в котором перечислялись пять документов важного стратегического значения, которые автор письма предлагал продать за определенную сумму.

Дрейфус сидел в одиночке до 5 декабря, когда ему наконец разрешили пригласить к себе защитника и написать жене. Офицеры генерального штаба предупредили ее и других членов семьи Дрейфуса, что они лучше всего послужат интересам арестованного, если не будут предпринимать ничего и согласятся хранить полное молчание. Они в точности последовали этому совету, хотя им не сообщили даже, в чем обвиняют капитана Дрейфуса.

Дрейфус подвергался новым допросам снова и снова. В его доме произвели тщательный обыск, но число весьма ненадежных улик отнюдь не возросло. Он был настолько поражен и ошеломлен всем происходящим, что почти не защищался. Он только отрицал свою вину, не переставая утверждать, что никогда и в мыслях не имел строить заговоры и торговать военными секретами Франции, добавляя, что у него не имелось для этого мотива, поскольку в деньгах он не нуждался. Обеспеченность Дрейфуса, вероятно, вызывала зависть среди его сослуживцев, которым приходилось бороться за свое армейское жалованье. Это обстоятельство, несомненно, вызвало самые дикие фантазии среди его наиболее злобных клеветников.

Будучи младшим из трех братьев и трех сестер, Дрейфус родился 9 октября 1859 года в Мюлузе, Верхнем Эльзасе, где его отец был преуспевающим мануфактурщиком. В 1872 году новая Германская империя Бисмарка, в соответствии с условиями Франкфуртского договора (1871), позволила жителям Эльзас-Лотарингии самим выбрать национальность. Семья Дрейфуса предпочла остаться французами и переехать во Францию, кроме старшего брата, Жака, предпочетшего быть подданным кайзера, чтобы продолжать в Мюлузе семейное дело. Два младших брата, Матье и Альфред, поселились в Париже.

Когда Альфреду исполнилось девятнадцать лет, он поступил в Военную, а потом и в Высшую политехническую школу. В 1882 году он получил звание лейтенанта и был направлен служить в артиллерию, дослужился до капитана и в 1893 году был причислен к генеральному штабу, став, таким образом, первым офицером-евреем, удостоенным подобной чести. Двумя годами ранее, в 1890 году, он женился на дочери парижского ювелира, Люси Адамар. Дрейфус отличался трудолюбием, исполнительностью, большой ревностью к службе, строгостью к себе и другим, но вместе с тем сухим и сдержанным характером и потому не пользовался симпатией товарищей.

Все доводы, говорившие в пользу обвиняемого, старательно игнорировали; с точки зрения инициаторов всего дела это было просто необходимо, поскольку никаких улик, действительно заслуживающих внимания справедливого суда, приведено не было. Согласно германской версии этого печальной памяти судебного фарса, способ, каким злополучное «бордеро» попало в руки французов, в течение последовавших дипломатических переговоров описывался двояко. В одном случае указывали, что документ был получен обычным путем — извлечен из корзинки для мусора германского военного атташе во Франции полковника Макса фон Шварцкоппена. Это объяснение было ложью. Хотя уборщицу атташе подкупили и заставили регулярно передавать французскому секретному агенту содержимое корзины, она не могла получить таким способом «бордеро» хотя бы уже потому, что этот документ никогда не находился в руках Шварцкоппена. Истине соответствовало, очевидно, другое объяснение: документ сначала украли и лишь потом подкинули атташе.

Следуя свойственному французской контрразведке стилю, за германским атташе следил эльзасский агент, Брукер. Он столь усердно занимался этим делом, что ухитрился завязать интрижку с женой консьержа того дома, где жил полковник Шварцкоппен. В результате слежки и адюльтера всю переписку полковника тщательно просматривали.

Однажды Брукер натолкнулся на роковое «бордеро» и сразу сообразил, чего стоит такая находка. Захватив ее, он немедля направился к майору Анри и потребовал крупного вознаграждения. Анри, вероятно, предпочел бы вовсе избавиться от столь взрывоопасного документа, но Брукер в этом случае почувствовал бы себя обманутым. Кроме того, Анри не решился уничтожить «бордеро», поскольку Брукеру было известно его содержание. Таково первое звено той цепи, которой впоследствии с такой невероятной злобой был опутан невинный человек.