По малом входе священник, став перед престолом Божиим, тайно молится, чтобы Господь принял милостиво от верующих Трисвятую песнь и свою тайную молитву заключает возгласом вслух всей церкви: «Яко свят ecu, Боже наш, и тебе славу возсылаем Отцу и Сыну и Святому Духу, ныне и присно…» В это время диакон берет благословение от священника и, вышедши пред Царские врата, возглашает: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны». Потом он становится в Царских вратах лицом к народу и, поводя орарем в знак певцам о времени пения Трисвятого, доканчивает прерванный возглас священника, произнося: «…и во веки веков». Верующие, духовно созерцая в лежащем на престоле Евангелии явившегося во плоти Господа, по примеру небесных сил, поют Ему как Богу: «Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Безсмертный, помилуй нас».
О происхождении этой песни существует следующее предание. Во время одного сильного землетрясения, бывшего в Константинополе при императоре Феодосие II, христиане вместе с архиепископом своим Проклом вышли за город и совершали молебствие. В это время один отрок объявил, что он слышал, как Ангелы в небесах пели: «Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Безсмертный». Народ, узнав об этом откровении, тотчас же воспел эту песнь с прибавлением слов: «помилуй нас», — и землетрясение прекратилось. С того времени эта песнь вошла в употребление и во всей Христианской Церкви.
В праздники Рождества Христова, Крещения Господня, Пасхи, Пятидесятницы и в субботы Лазареву и Великую вместо Трисвятого поется стих: «Елицы во Христа крестистеся, во Христа облекостеся. Аллилуия». В праздник же Воздвижения Креста Господня и в неделю Крестопоклонную поют: «Кресту Твоему покланяемся, Владыко, и святое воскресение Твое славим».