Главнокомандующий покидает армию
Со временем Бонапарт осознал, что Египетский поход, который должен был стать важнейшим этапом его карьеры, не принесет ему славы. Летом до него стали доходить сведения о поражениях французских войск в Италии. Пребывание в Египте превратилось в пустую трату времени, и командующий принял решение бросить армию и вернуться во Францию с горсткой приближенных офицеров, передав руководство войсками генералу Клеберу. 22 августа Бонапарт, попросив, чтобы несколько дней его отъезд сохраняли в тайне, сел на корабль. Ряд командиров, включая Клебера, который узнал о своем назначении лишь из письма Бонапарта, были в шоке, обнаружив, что командующий фактически дезертировал. Один из генералов несколько месяцев спустя писал Баррасу о том, в каком состоянии осталась брошенная полководцем армия:
Признаюсь, гражданин Директор, я не мог поверить, что Бонапарт покинул нас в том положении, в котором мы находимся: без денег, без пороха, без ядер, а часть солдат и без оружия. Александрия – это большой укрепленный лагерь, в котором нет и половины необходимых для его защиты орудий; [форт] Лесбе, возле Дамьетты, едва прикрыт оградой; часть стен Эль-Ариша того и гляди сама рухнет, а долги огромны. Более трети солдат армии вышли из строя в результате чумы, офтальмии и военных действий. Оставшиеся почти раздеты, выданная в прошлом году одежда из хлопка в лохмотьях…
Дальнейшая судьба этой армии была печальна. Клебер смог навести порядок, отразить наступление турок, наладить снабжение, подавить восстания местного населения и договориться с англичанами о том, что оставшиеся в живых будут эвакуированы во Францию, но пал от руки мусульманского фанатика. Многие современники полагали, что это убийство было инспирировано Бонапартом, не желавшим скорого возвращения в страну свидетелей его провала. Тем не менее в августе 1801 года армии все же пришлось капитулировать перед объединенным натиском английских и турецких войск, после чего оставшиеся в живых солдаты и офицеры отправились на английских кораблях во Францию.
