Сами выборы, состоявшиеся в апреле 1799 года, проходили в неблагоприятной для властей обстановке. Страх перед иностранным нашествием и опасения реставрации монархии привели к тому, что среди избранных депутатов правительственные кандидаты составили лишь около трети. Многие выборщики вновь отдали голоса «левым». К примерно 80 неоякобинцам, уже заседавшим в Советах, добавились 55–70 вновь избранных. Это не обеспечивало им большинства, но позволяло еще более ощутимо влиять на политику Законодательного корпуса. Неоякобинцы поддерживали сохранение Конституции III года, однако стремились к демократизации режима. Они выступали за свободу печати, свободу собраний (под ней понималось право на создание народных обществ для обсуждения политических вопросов) и суверенитет народа (невмешательство правительства в выборы).

27 флореаля (17 мая) место Ребеля в Директории занял Эмманюэль-Жозеф Сийес. Участник Революции с первых ее дней, он на протяжении всего десятилетия делил свое время между разработкой политических теорий (которые современники зачастую плохо понимали) и практической деятельностью: он неоднократно избирался депутатом, не без успеха пробовал себя на дипломатическом поприще. Сийес имел репутацию оригинального, хотя и несколько заумного философа и либерала, участвовал в обсуждении всех революционных конституций (кроме Конституции 1793 года). Он считал себя авторитетным мыслителем и искуснейшим политиком, однако после 1789 года современники редко воздавали ему должное в той мере, в какой он об этом мечтал. Впрочем, это не мешало Сийесу пользоваться немалым влиянием, несмотря на то что многие подозревали его в тайных симпатиях к роялистам.

Как показали дальнейшие события, избрание Сийеса оказалось поворотным моментом в истории Директории. Было известно, что Сийес презирает Конституцию III года – не в последнюю очередь из-за того, что при ее обсуждении к его идеям не прислушались. Таким образом, у власти оказывался не просто влиятельный политик, не скрывающий, что мечтает покончить с существующим режимом, – поданные за него голоса означали, что занятая им позиция имеет немалую поддержку в Законодательном корпусе, особенно в Совете старейшин. Неудивительно, что в Париже сразу же пошли слухи о близящемся государственном перевороте. Из всей Директории сотрудничать с Сийесом был готов лишь Баррас, который и сам подумывал о переменах.