Собравшийся 20 мая новый состав депутатов потребовал у Директории отчета за многочисленные военные поражения и унижение Законодательного корпуса. Историки до сих пор спорят, кто за этим стоял: неоякобинцы, Сийес, Баррас или генералы, которые стремились к большей самостоятельности и чьим рупором в Советах были Люсьен и Жозеф Бонапарты. Дальнейшие события заставляют предположить, что в то время в Законодательном корпусе сложился кратковременный тактический союз консервативных республиканцев, неоякобинцев и тех сторонников Республики, которые стремились к переменам. Все они сходились в том, что для начала необходимо восстановить баланс властей, заложенный в Конституции, и обеспечить доминирование законодательной власти над исполнительной.

17 прериаля (5 июня) Законодательный корпус принял обращение к французам, ставшее своеобразной программой нового блока. В нем депутаты призывали к единству перед лицом внешней агрессии и указывали на неуместность политических распрей в столь опасный момент. Речь, естественно, шла не об объединении с монархистами, а о прекращении преследований неоякобинцев. То, что выборы VII года не были кассированы, преподносилось в обращении как свидетельство уважения воли народа. Упомянув о коррупции и казнокрадстве чиновников, законодатели выражали уверенность, что правительство с ними разберется, и призывали сохранять четкое разделение властей. Это выглядело как недвусмысленная угроза в адрес Директории: фактически ее призывали впредь воздерживаться от одобрения или оспаривания результатов выборов. В тот же день Директории напомнили, что Законодательный корпус уже запрашивал у нее отчет о состоянии дел во внутренней и внешней политике.

На новое противостояние с Советами Директория не решилась, и депутаты этим воспользовались. Поскольку отчета Директории Советы так и не получили, 28 прериаля (16 июня) они объявили, что будут заседать непрерывно, пока не добьются своего. Однако, как только Директория ответила, что и она, в свою очередь, будет заседать, пока не подготовит отчет, в Совете пятисот заговорили о новом 18 фрюктидора и о необходимости провозгласить «Отечество в опасности».

В ночь на 17 июня Совет старейшин неожиданно объявил недействительными состоявшиеся год назад выборы Трейяра, поскольку, согласно статье 136 Конституции, начиная с V года члены Законодательного корпуса не могли быть избраны членами Директории в течение года после того, как перестали быть депутатами. Трейяру, чтобы соответствовать этой норме, не хватало четырех дней. Тогда на это не обратили внимания, поскольку еще в феврале 1798 года законодатели договорились, что важен не день, когда происходят выборы, а день, когда человек приступает к своим обязанностям. Теперь же депутаты, которые уже не раз закрывали глаза на эту норму Конституции, сделали вид, будто это непозволительное нарушение. Директория могла бы оказать сопротивление, но Баррас и Сийес выразили готовность подчиниться. Таким образом, Советы застраховали себя от возможного государственного переворота, поскольку среди Директоров остались лишь двое недовольных их политикой Законодательного корпуса.

29 прериаля Советы получили отчет Директории (впрочем, не слишком конкретный) и избрали на место Трейяра Луи-Жерома Гойе – бывшего якобинца, депутата Законодательного собрания и министра юстиции времен Конвента. Любопытно, что из десяти кандидатов, названных Советом пятисот, пятеро были генералами, включая Массена, а также Жана-Франсуа Мулена. Выходец из простонародья, Мулен служил с 16 лет, хотя в основном в инженерных войсках, выполняя, в частности, обязанности картографа. С началом Революции он записался в Национальную гвардию, сражался в Вандее, дослужился до дивизионного генерала. При диктатуре монтаньяров Мулен по инициативе Каррье был арестован и провел несколько месяцев в тюрьме.

30 прериаля вместо обсуждения отчета Директории, депутаты принялись обвинять Трейяра, Мерлена (из Дуэ) и Ларевельера-Лепо в поражениях на фронтах, «порабощении Советов» после 18 фрюктидора и подготовке нового государственного переворота. Баррас и Сийес дали понять Мерлену и Ларевельеру, что им было бы неплохо самим подать в отставку. К уговорам присоединились и представители Советов, убеждая, что это наилучший способ избежать кровопролития, поскольку и генерал Жубер, командующий войсками в Париже, настроен против Директоров. Первым сдался Мерлен, за ним последовал Ларевельер-Лепо. Оба заявили, что уходят не из страха, а ради блага Республики. Совет пятисот составил списки кандидатов, в которых доминировали именитые генералы (включая Массена), однако Совет старейшин предпочел им не имевших политических амбиций генерала Мулена и Пьера-Роже Дюко. Адвокат, член Конвента, Дюко сидел на скамьях Равнины, но голосовал за казнь Людовика XVI. При Директории он трижды избирался депутатом, однако ему не везло: по различным причинам два раза выборы были кассированы. Газеты сравнивали его с Цинциннатом, всегда готовым удалиться из политики. Баррас предложил его кандидатуру, полагая, что Дюко будет покорно следовать за ним, однако тот предпочел объединиться с Сийесом.

События 30 прериаля VII года Республики историки также нередко называют государственным переворотом, однако для этого нет оснований. Формально ни одна из противостоящих сторон не применяла силу, к тому же смещение и назначение Директоров по Конституции было прерогативой Законодательного корпуса. Однако парадоксальным образом больше всех от смены власти приобрел Сийес, избранный председателем Директории.

Были заменены и многие министры. Часть новых членов правительства составили креатуры Сийеса, но и неоякобинцы не чувствовали себя обделенными. Их явным успехом стало, в частности, назначение военным министром дивизионного генерала Жан-Батиста Бернадота, приступившего к исполнению обязанностей 14 мессидора (2 июля). Уроженец Беарна, отправившийся в армию простым солдатом, храбрец, отличившийся в битве при Флерюсе, талантливый военачальник, дерзкий, независимый и не лезущий за словом в карман, Бернадот в Итальянской армии сумел найти общий язык с Наполеоном, однако соперничество между двумя генералами ни для кого не было секретом. Ряд историков полагает, что летом 1799 года популярность Бернадота была выше популярности других генералов, включая Бонапарта. Для неоякобинцев Бернадот стал символом обновления правительства Директории, которое проходило под лозунгом: «Нужно, чтобы республикой управляли республиканцы».