За год до своей кончины преподобный Александр Свирский собрал всю монастырскую братию и сказал им: «Се уже, братия, конец жития моего приближается, и отшествие ми света сего близ есть: вас же предаю в руце Бога жива и Пречистей Богоматери. Той да сохранит вас и утвердит в любви Его; Пречистая же Дева Мати Божия, изрядным Своим предстательством, избавит вас от всех навет видимых и невидимых врагов». [1, с. 122] Братия с сокрушением восприняла слова наставника о его скором отшествии. Но преподобный утешил и наставил братию, сказав, что отходя в вечность, он и там не оставит попечения об обители, молясь за всю братию Богу и Его Пречистой Матери. Братии же он заповедал взаимную любовь и заботу друг о друге; кроме того он просил их и после его кончины придерживаться строго подвижнической жизни.

Все время, остававшееся ему до кончины, он не переставал заботиться об обители и наставлять братию. Как раз в это время состоялось освящение новоустроенного Покровского храма, о котором так хлопотал преподобный.

Но более всего он пекся об устроении обители и духовном облике братии. Преподобный Александр даже составил духовную грамоту, адресованную одновременно новгородскому архиерею и братии. Незадолго до кончины преподобный Александр просил братию закопать его тело на болоте, но братия настаивала на погребении в Троицком соборе. Тогда преподобный благословил братии похоронить его близ Преображенского храма.

Преподобный Александр Свирский отошел ко Господу 30 августа 1533 года.