Со смертью последнего Патриарха Адриана в 1700 году, который был противником петровских новшеств, Петр не назначил выборов преемника ему. Боясь встретить в лице патриаршей власти сильного защитника старины, Петр поручил заведывание делами Церкви Рязанскому архиепископу Стефану (Яворскому), с титулом Блюстителя Патриаршего Престола, а в 1721 году положил начало коллегиальному управлению Церковью в лице учрежденного им Святейшего Правительствующего Синода. Название «Святейший» было символом патриаршего достоинства Синода, а посему Восточные Патриархи признали за Синодом ту же высшую власть и те же права, какие имеют Патриархи. Кроме духовных лиц в Синоде присутствует обер-прокурор (очи Государя), назначенный Государем из светских лиц. В основу управления Синодом был положен духовный Регламент, совокупность законов и инструкций, составленный по поручению Петра архиепископом Феофаном (Прокоповичем). Как литературный памятник регламент разбирается в отделе литературы Петровской эпохи.

Увлекаясь светскими реформами, Петр высоко ценил религиозное воспитание граждан России. Он возобновил указ своего отца, чтобы православные люди ходили по праздникам в церковь и однажды в году исповедывались и причащались. Иностранцам разрешалось свободно отправлять богослужение по-своему. Раскольникам, число которых увеличилось при Петре, разрешалось свободно совершать церковные службы по-своему, но только при условии, что они не будут уклоняться от воинской и государственной службы и не будут распространять свое учение.