Вена в XVII веке была одним из главных перекрестков торговых путей между Востоком и Западом. Поскольку в городе всегда было много приезжих, то время от времени они приносили какую-нибудь болезнь. А вспышки чумы случались достаточно регулярно начиная со времен «Черной смерти».
Город был переполнен и плотно застроен, при этом в нем не было общественных коллекторов или дренажных систем, так что кучи бытового мусора лежали прямо на улицах. Кроме того, на торговых складах в течение длительного времени хранились товары, которые поедали крысы. Условия в городе считались настолько нездоровыми уже в то время, что чуму в других частях Европы часто называли «венской смертью».
Эпидемия 1679 года была лишь частью гораздо более масштабной чумной вспышки в Германии, Австрии, Богемии и ряде соседних регионов. В эти годы вспышки чумы были и в Западной Европе, и в Османской империи, перемещаясь по торговым путям. В 1666 году в Кельне и в поселениях на Рейне бушевала эпидемия, которая продолжалась до 1670 года. В Нидерландах чума распространилась в 1667–1669 годах. В 1668 году последняя эпидемия чумы имела место и во Франции.
В 1675–1684 годах в Османской империи возникла новая волна чумы, захватившая современную Турцию и Балканы. Болезнь переместилась в Северную Африку, Богемию, Польшу, Венгрию, Австрию и Саксонию, продвигаясь на север. В 1675 году остров Мальта потерял из-за эпидемии 11 000 человек.
Венская чума 1679 года была крайне тяжелой, в городе погибло не менее 76 000 человек; другие города в этой части Европы потеряли не меньше. Например, в Праге в 1681 году умерли 83 000 человек. Дрезден пострадал в 1680 году, а Магдебург и Галле – в 1682 году. В Галле была зарегистрирована смерть 4397 человек из примерно 10-тысячного населения. В эти же годы пострадали многие города Северной Германии.
Венский религиозный орден – братство Святой Троицы – создал во время эпидемии 1679 года специальные больницы для детей и взрослых. Там предлагали уход, а также определенное лечение с помощью рвотных средств, кровопусканий и применения мазей. Трупы жертв чумы вывозились на дальние окраины города, где сбрасывались в большие открытые ямы для сжигания: тем не менее эти ямы (и тела в них) оставались на открытом воздухе в течение нескольких дней (до заполнения), что позволяло местным крысам продолжать заражать население.
В ознаменование освобождения Вены от Великой чумы и более поздних волн болезни жители города воздвигли ряд памятников: например, знаменитую барочную церковь Карлскирхе с ее многометровыми чумными колоннами, известными также как Песахские столбы.
Впервые достоверно клинику этой болезни описал в 1648 году во время эпидемии на мексиканском полуострове Юкатан испанский монах Лопес де Когольюдо. Ее знали не только в эндемичных (там, где она существовала всегда) тропических регионах Африки и Америки, но и в занесенных с рабами странах Северной Америки и Европы.
На острове Барбадос английские врачи предложили название болезни «желтая лихорадка». Испанцы употребляли название «черная рвота». Среди английских моряков и солдат, больше всего болевших ею, в обращении было название «Желтый Джек», потому что о наличии на корабле больного желтой лихорадкой капитан должен был известить при входе в порт. Тогда он вместо английского флага «Юнион Джек» вывешивал желтый карантинный флаг «Желтый Джек» (желтый флаг с черепом и костями).
Желтая лихорадка сначала проникла на Карибские острова, оттуда попала Соединенные Штаты в 1693 году. Век спустя, в 1793 году, в Филадельфии случилась большая эпидемия, и тогда больных изолировали на карантинной станции в 10 милях южнее города.
В 1808 году департамент здравоохранения Бостона принял решение, что суда, которые прибывают в порт, должны находиться 3 дня на карантине, если в плавании они побывали на Карибских островах или других тропических портах более 25 дней. Это действовало полтора десятка лет, но в 1822 году в городе все же вспыхнула эпидемия.
В XIX веке основные вспышки желтой лихорадки были связаны с заносом инфекции в бассейн реки Миссисипи. Одна из ранних эпидемий унесла 13 000 жизней и надолго парализовала любую деловую активность в районах вокруг реки. Новый Орлеан, Мобил, Саванна и Чарлстон больше всего пострадали от нее. В Новом Орлеане в 1853 году заболели 7849 жителей города, более 1000 умерли, но об этой эпидемии долго не сообщали, чтобы не породить панику в торговле.
В 1855 году судно с больными желтой лихорадкой на борту причалило к побережью Юго-Восточной Вирджинии. В результате возникла эпидемия, которая привела к смерти более 3000 жителей Портсмута и Норфолка. В 1878 году пострадал Мемфис, жертвами стали 20 тысяч людей в городе и его окрестностях, а заболели тогда более 120 000 человек.
Бичленд около Виксбурга стал заброшенным городом-призраком из-за эпидемии. К концу 1878 года 3227 его граждан умерли от этой болезни. Журналисты тогда дали еще одно название болезни – «Бронзовый Джон». В 1905 году в Новом Орлеане желтая лихорадка поразила 5000 человек и 1000 из них умерли.
В Филадельфии с конца XVII до начала ХХ века было зарегистрировано 20 эпидемий «Желтого Джека», в Нью-Йорке – 15, в Бостоне – 8, в Балтиморе – 7. В Техасе с 1833 года, времени первого появления «Желтого Джека», до последней эпидемии 1907 было зафиксировано 19 эпидемий.
Во время военной экспедиции наполеоновских войск на Гаити в 1802 году от желтой лихорадки умерли 50 270 военных из 58 845, которые составляли корпус шурина Наполеона, генерала Шарля Леклерка, и он сам тоже погиб от желтой лихорадки.
В Европу эта болезнь была завезена в 1723 году. Сначала она появилась в столице Португалии Лиссабоне, затем в Испании и портовых городах Англии. В 1821 году началась эпидемия в Барселоне среди матросов, прибывших с Кубы. Первые случаи заболевания возникли в доках, потом болезнь перебралась в районы бедняков, а затем захватила и центр столицы Каталонии. Болели 20 000 жителей города, шестая часть всех его жителей. В Лиссабоне в 1857 году погибли 6000 граждан.
На Кубе во время испано-американской войны в конце XIX века желтая лихорадка быстрее уничтожала американскую армию, чем пули и снаряды испанцев. За короткое время инфекция погубила 1/3 офицеров штаба американского экспедиционного корпуса.
14 августа 1881 года на открытом заседании Гаванской Академии наук кубинский врач французско-шотландского происхождения Карлос Хуан Финлай изложил свою гипотезу о том, что жёлтая лихорадка передаётся определенным видом комаров.
Два десятилетия спустя, борясь с эпидемией жёлтой лихорадки в Гаване в 1900 году, с этим предположением согласился председатель комиссии по борьбе с желтой лихорадкой военный врач Уолтер Рид. Он же выяснил, что сиделки, ухаживающие за больными желтой лихорадкой, ею не болеют.
В 1900 году младший хирург Джеймс Кэрролл и солдат Уильям Дин провели на себе эксперимент по заражению. Они дали себя покусать инфицированным комарам, заболели и выздоровели. А доктор Джесс Лезир поплатился за подобный опыт жизнью.
Для проверки эксперимента еще одного американского добровольца, рядового Киссенджера, специально сначала продержали на карантине и только потом дали покусать комарам. Он переболел через некоторое время и частично выздоровел, у него остались парализованы ноги. Эксперимент с заражением был повторен на пяти вновь прибывших на остров испанских иммигрантах, которые получили за риск каждый по 200 долларов.
И в том же году врач Кук и два американских солдата, Фок и Джернеган, доказали невозможность какой-то другой передачи этой инфекции. Они некоторое время жили в изолированном от комаров доме, где до этого содержались больные, вытряхивали их одеяла и дышали этой пылью, пользовались предметами быта, спали на простынях и подушках умерших. Они не заболели. А добровольца, гражданского клерка Морана, поместили в чистый дом, в который запустили зараженных комаров. Они покусали Морана, и тот перенес тяжелую желтую лихорадку, едва выжил. После этого открытия возглавляемый Вильямом Кроуфордом Горгасом отряд методично уничтожил все очаги размножения комаров – и через девяносто дней в Гаване не было ни одного случая желтой лихорадки – впервые за двести лет.
В 1915 году Фонд Рокфеллера начал акцию по искоренению желтой лихорадки в Западном полушарии, в результате чего городские очаги желтой лихорадки были практически ликвидированы и в Северной, и в Южной Америке.
В 1927 году английский профессор патологии Адриан Стокес впервые выделил вирус из крови 27-летнего больного Азиби (так стали именовать в дальнейшем классический штамм вируса) в Африке, при этом сам заразился через укус комара и умер от желтой лихорадки.
В 1928 году в Рио-де-Жанейро снова вспыхнула тяжелая эпидемия, за нею последовали эпидемии в других городах центральной части Южной Америки. Расследование истоков этих эпидемий привело к открытию лесных очагов и пониманию того, что желтая лихорадка существовала в Америке еще и до Колумба.
В 1937 году американский вирусолог Макс Тейлер создал вакцину против жёлтой лихорадки, за которую был награждён Нобелевской премией по физиологии и медицине в 1951 году.