На религиозный вопрос повлияло общее изменение в «восточной политике» нацистов к концу войны. Был сделан упор на ведение психологической войны, использование «туземного» персонала. Отдел по церковным делам министерства оккупированных восточных территорий в 1943–1944 гг. выступал в поддержку церквей (при условии их «сотрудничества») по чисто политическим причинам. На эти действия подвигли отчасти поиск новых подходов и решений в момент кризиса в рейхе и отчасти советская церковная политика. В попытке мобилизовать патриотические чувства и духовные силы народов СССР Москва еще в самом начале войны прекратила любую антирелигиозную пропаганду. Митрополиты выступили в поддержку Сталина как «богоданного вождя» в борьбе против немцев; вновь открывшиеся церкви стали центрами советской патриотической пропаганды. Наконец 4 сентября 1943 г. Сталин принял архиереев Русской православной церкви. Был восстановлен синод и избран новый патриарх. Москва широко оповестила об этом событии, противопоставив ему сообщения о тех жестокостях, что совершали немцы в отношении верующих, и осквернении церквей на оккупированной территории. Советские священнослужители торжественно заявили, что «каждый, повинный в предательстве общецерковного дела и дезертирстве, то есть переходе на сторону фашизма, будучи врагом Божьего распятия, будет лишен причастия; и если это будет епископ или священник, то он будет извержен из сана. Аминь».
Подобные заявления требовали реакции от немцев и сотрудничавших с ними священников. И Берлин и Москва старались представить себя защитниками веры (так же как обе стороны выставляли себя защитниками крестьянства и национальных меньшинств). Своими действиями Советы способствовали победе тех представителей нацизма, которые выступали за использование церкви в политике, над теми, кто предпочитал не обращать внимания на церковь до тех пор, пока она стояла вне политики. В ответ на Московский собор в октябре 1943 г. в Вене состоялась встреча восьми русских православных епископов, включая митрополита Берлинского Серафима. Неделю спустя после ее завершения, когда немецкая пресса коротко сообщила о принятой ею резолюции, митрополит Рижский Сергий весьма определенно выразил свое неудовольствие. Он рассматривал митрополита Серафима и карловацкую церковь как известных реакционеров, которые потеряли всякую связь с тем, что происходит в Советском Союзе, и могут только безвольно следовать политике антисоветизма. В наибольшей степени он возражал против тесного и открытого союза между монархистами-эмигрантами и нацистами. Он писал, что «большевики изобразят это так, как будто епископы в эмиграции являются всего лишь инструментами германской политики». Владыка Сергий считал пропагандистским маневром возведение митрополита Московского в патриархи, что только показывало слабость Советов: «Это был знак банкротства большевизма, отступая, он вынужден был даже принять существование Бога и церковь». Признание немцами в тактических целях православной церкви также было знаком слабости и поражения.
Подобная венской встрече русских епископов, по инициативе Готтберга в Минске весной 1944 г. состоялась встреча священства Белорусской автокефальной церкви в ответ на обращение Московского патриархата. Во время отступления с территории Восточной Украины немецких войск украинская автокефальная церковь нашла прибежище в Генерал-губернаторстве Польша; ее губернатор Ганс Франк разрешил церкви провести съезд в Варшаве и даже передал через своих помощников приветственный адрес вождям УАПЦ.
Все эти действия говорили о решительном повороте в немецкой политике при участии руководства СС и СД, которые из тактических соображений скрывали теперь свои антирелигиозные взгляды. В июне 1944 г. Бергер писал Розенбергу: «Мы должны установить тесные отношения с церковью, чтобы использовать ее в наших целях. Поскольку православие чуждо Германии, можно не опасаться нежелательных последствий здесь в стране [такие опасения были ранее в 1942 г. у Бормана и Розенберга]. Мы должны поощрять объединение украинских церквей, так как это будет вести к деполитизации религии, в то время как теперь конфликтующие группы используют религиозный конфликт в качестве прикрытия. Религия per se (сама по себе) умиротворяющий фактор».
С согласия Бергера СД и министерство Розенберга начали вести переговоры с оставшимися ведущими православными деятелями. Владыка Пантелеймон, который был основным препятствием на пути заключения союза с сепаратистами, был переведен из Киева в Ригу на место убитого митрополита Сергия. Тем самым стало возможным созвать единый Украинский православный синод. За немцами оставалось право вето, на что согласились иерархи Иларион (Огиенко) и Мстислав (Скрипник). По словам немецкого репортера, «нерелигиозное прошлое Илариона и Мстислава (один был политиком, а другой лингвистом) объясняли отсутствие у них религиозного фанатизма и желание учитывать политические факторы». Церковь должна была стать пропагандистским инструментом рейха.
В политике нацистов по отношению к церкви можно обнаружить больше логики, чем в других направлениях «восточной политики». Согласно ее основному принципу «разделяй и властвуй» возможные разделения между местными верующими нужно было еще больше поощрять и углублять; там, где их не существовало, необходимо было вносить некий элемент раздора. Патриарха Московского и всея Руси Сергия (Страгородского) признавали и вне пределов Великороссии; и потому немцы одобрили программу объединения двух украинских национальных церквей только после того, как они покинули свою родину. Всему причиной был страх, что церковь станет точкой сбора народных сил в борьбе против немецкого хозяина.
Парадокс немецкой церковной политики заключался в том, что она уделяла внимание возрождению религиозной жизни на местном уровне, не замечая конфликты и противоречия, существовавшие в церковной верхушке. Как писал один аналитик, исследовавший религиозные устремления народа, «контролируя церковную жизнь, немцы не препятствовали развитию народного движения в низах, но игнорировали все происходившее в верхах». Перемещенные лица, которые жили в условиях немецкой оккупации, в большинстве своем свидетельствовали о том, что единственное улучшение в их жизни в сравнении с довоенным советским периодом произошло в религиозной области. Это было следствием не распоряжений сверху, но политики терпимости, которой придерживались немцы (особенно в районах с военной администрацией) на местах.
Возрождение церкви произошло не только благодаря глубокой религиозной вере народа, но вследствие ее уникального статуса единственного выжившего общественного института, сохранявшего нейтралитет при советской власти и пользовавшегося частичной автономией при немцах. В напряженных, часто недостаточно аргументированных поисках третьего, не советского и не немецкого пути церковь, вне зависимости от деноминации, была обречена стать точкой сбора лояльных власти масс. Несмотря на длительные и ожесточенные ее преследования советским режимом, она сохранила свое влияние, хотя, конечно, в первую очередь среди старшего поколения и сельских жителей.
Так же как немцы не нашли общего языка с интеллигенцией и рабочими в городах, в равной степени они не смогли извлечь для себя пользу из религиозного чувства крестьянства. В то время как на местах люди были искренне благодарны за проявленную религиозную терпимость, непоследовательность политики нацистов и общие негативные впечатления от их деятельности перечеркнули всё то положительное впечатление, что было достигнуто открытием церквей. Берлин, в отличие от Москвы, еще раз упустил представившуюся ему «естественную» возможность. Вместо этого он колебался между решением забить или оседлать «религиозную лошадь», как выразился один нацистский функционер, на которую он хотел, но не осмелился, сделать ставку.