Ситуация в Белоруссии отличалась от украинской несколькими важными аспектами. В Западной Белоруссии было сильнее влияние католицизма; и поскольку белорусский национализм был слаб, в республике господствовала Русская православная церковь. Оба этих фактора не нравились Розенбергу и Кубе; было принято решение сформировать новое белорусское движение за автокефалию, чтобы нивелировать католическое и «московское» влияние. Церковь намечалось использовать в качестве инструмента продвижения политических целей Германии; считалось, что она не сможет стать автономной и антинемецкой благодаря поддержке местного населения. Вместо того чтобы создавать небольшие конкурирующие друг с другом церковные организации, Кубе принял решение о создании Белорусской автокефальной православной национальной церкви, как ему и советовали коллаборационисты-националисты.
«Автокефальное» движение было слабо укоренено на национальной почве Белоруссии, и поэтому во главе ее требовалось поставить человека далекого от национальной идеи. Митрополит Пантелеймон (Рожновский), рожденный в 1867 г., был епископом Двинским и Полоцким перед началом Первой мировой войны. Он находился на польской территории и в 1939 г., когда вернулись советские войска, был сделан экзархом Западной Белоруссии. Его выбрали возглавить автокефальную церковь из-за уважения к нему и высокого положения в церкви, хотя белорусские националисты резко возражали против этого. Митрополит Варшавский Дионисий послал в Минск архимандрита (впоследствии епископа) Филофея (Нарко), а тем временем некоторые последовательные сепаратисты, действовавшие в Минске, начали интриговать против владыки Пантелеймона, который стремился затянуть официальное провозглашение автокефалии как по каноническим, так и политическим причинам.
После активных интриг в марте 1942 г. в Минске состоялся собор, который образовал пять епископий, чьи границы совпадали с немецким административным делением. Как правило, церковный отдел администрации Кубе диктовал необходимые решения церковному совету. Наконец, когда митрополит Пантелеймон отказался назначить на смоленскую кафедру вновь избранного епископа (который находился в юрисдикции минских церковных властей), немецкая администрация 1 июня 1942 г. сместила митрополита и выслала в отдаленный монастырь за границами генерального комиссариата. По сути это означало триумф националистов. Епископ Филофей, ставший новым администратором Белорусской автокефальной церкви, был по своим взглядам ближе к сепаратистам, но все же он был человеком церкви и не мог нарушить каноны в угоду политикам. Не имея права провозгласить автокефалию, он сопротивлялся оказываемому на него давлению со стороны сепаратистов и немцев. Когда оставшиеся епископы с Филофеем во главе созвали в августе 1942 г. новый собор, генеральный комиссариат «категорически» запретил его проведение без предварительного немецкого согласия, значительно ограничивавшего власть церкви как в территориальном отношении, так и в повседневном управлении, и воспрепятствовал приезду митрополита Пантелеймона (которого пригласили епископы), чтобы принять участие в заседаниях.
С течением времени возмущение немецким вмешательством росло, и не только среди рядового священства, но даже в автокефальной иерархии. Только в середине 1943 г., когда отношения с церковью зашли в тупик, политика администрации Кубе несколько смягчилась. Митрополиту Пантелеймону было позволено вернуться в Минск. Началась последовательная реорганизация церковных структур. Все же автокефалия не была провозглашена официально, даже если церковь и называли автокефальной. Кроме того, многие священники на местах, хотя и признавали иерархию, никогда не поддерживали ее «реформы». Не пользовалось поддержкой и движение за автокефалию. Что характерно, те же самые чиновники в подчинении Кубе, которые постоянно вмешивались в деятельность Минской митрополии, также не имели желания публично высказаться в поддержку автокефальной церкви. В 1944 г., накануне оставления немцами Минска, официальный представитель министерства Розенберга охарактеризовал ситуацию следующим образом: «Является фактом, что подавляющее большинство белорусских православных священников русские по духу. Процесс создания белорусской иерархии, обладающей национальным самосознанием, встречается с большими трудностями. Успех его возможен только в том случае, если Германия проявит инициативу в религиозной области. В настоящее время это противоречит политическим директивам момента…»
Представляется более чем сомнительным, что активные действия могли что-либо изменить. Дилемма была порождена противоречивым характером немецкой церковной политики на оккупированных восточных территориях. В Белоруссии эксперимент с установлением автокефалии провалился, что стало еще одним негативным фактором в цепи тяжелых событий, что изменили отношение к немцам.
РПЦ с новой силой продолжила свою проповедь на оккупированных территориях. Поскольку ее иерархия не была признана на Украине, а в Белоруссии со Смоленском существовала своя Белорусская автокефальная церковь, юрисдикция РПЦ распространялась на северные области России.
В отношении вождей Германии к церкви была своя логика. На Украине, где местная церковь могла бы обрести силу, ее искусственно поддерживали в состоянии разделения. В Белоруссии, где сепаратистские настроения были слабы, была учреждена одна антирусская церковь, которая вносила в общество элемент разобщенности и не представляла собой политической угрозы. В странах Прибалтики деятельность РПЦ была разрешена, так как большинство населения было неправославным и нерусским. Следует заметить, что к стороннику русского православия относились с нетерпимостью и в Великороссии (где он мог бы стать символом политического движения), и в Украине и Белоруссии (где он мог сорвать немецкие усилия по внедрению «антимосковского» сепаратизма). Однако в Прибалтике он был политически не опасен, у него практически был статус эмигранта, и он играл роль своего рода противовеса контролируемой Советами Русской православной церкви и отчасти национальному лютеранскому движению в Эстонии и Латвии.
Отдельные епископы православной церкви в Прибалтике приветствовали наступавших немцев. Среди них был митрополит Сергий (Воскресенский), выдающийся деятель русской церкви, который в 1940 г. был послан из Москвы в Ригу возглавить православных в Прибалтийских республиках. Уже 11 июля 1941 г., как утверждает немецкая сторона, он был готов обратиться с призывом ко всем верующим России принять участие в борьбе с коммунизмом. При немецкой поддержке митрополит Сергий в течение следующего года смог упрочить свое положение.
В августе 1942 г. в Риге состоялось совещание православных епископов, которое направило приветственное послание Гитлеру. В сентябре Москва осудила это сборище и призвала его участников объяснить, верно ли полученное сообщение о том, что они возносили молитвы «к Всемогущему Господу даровать быструю и окончательную победу германскому оружию». В следующем месяце продолжился обмен посланиями через линию фронта, на этот раз митрополит Сергий отвечал из Риги митрополиту Московскому. Воздавая хвалу немцам за проявленную ими религиозную терпимость на оккупированных территориях (и сделав при этом некоторые антисемитские замечания), он занял твердую позицию по этому вопросу.
На словах, казалось, митрополит Сергий поддерживал дело немцев. Когда они вернули ему новгородские церковно-служебные книги и иконы, он выразил свою глубокую благодарность и еще раз помолился за победу легионов Гитлера. Но такая внешняя покорность могла быть обманчивой, и немцы знали об этом. Ведь он был прежде всего заинтересован в укреплении своей церкви и своего положения. В то же самое время начиная с конца 1942 г. в его проповедях все чаще стали появляться слова о «страдающей русской душе» и русских «национальных ценностях», что резко противоречило понятию «унтерменш» и антирусской направленности немецкой политики. Пугающая развязка была почти неизбежна. 29 апреля 1944 г. митрополит Сергий был убит. В официальном церковном сообщении в Риге почему-то не был назван виновник этого злодеяния, но говорилось, что митрополит «пал жертвой своей преданности церкви и безграничной любви к Родине». Один русский журналист, который хорошо знал Сергия, утверждал, что на него донес немцам его персональный враг и что митрополит был убит патрулем СД, когда ехал в машине близ Вильнюса.