Авиация пограничных войск активно участвовала в боевых действиях в Демократической Республике Афганистан на протяжении всего времени военного конфликта. Уже 31 января 1980 года первые четыре экипажа вертолетов Ми-8 под командованием майора Фарида Шагалеева совершили первые боевые вылеты на территорию Афганистана.
В боевых действиях участвовал личный состав Среднеазиатского (Душанбинский и Марыйский авиаполки) и Восточного пограничных округов (Алма-Атинский авиаполк и Уч-Аральская отдельная авиаэскадрилья). Кроме того, в Афганистане довелось повоевать экипажам практически всех авиационных частей пограничных войск КГБ СССР, которые проходили здесь так называемую боевую стажировку.
В ходе афганской кампании авиационная составляющая Среднеазиатского и Восточного пограничных округов была существенно увеличена. С начала боевых действий, к 1984 году численность авиационной техники в двух авиачастях САПО увеличилась более чем в пять раз. При управлении войск Среднеазиатского пограничного округа был сформирован авиационный отдел.
За годы войны пограничная авиация потеряла 62 вертолета и 55 человек из числа личного состава. За проявленное мужество большое число летчиков-пограничников было награждено высокими правительственными наградами, в том числе — двое были удостоены звания Героя Советского Союза, 18 человек стали кавалерами ордена Ленина, более 100 человек ордена Красного Знамени и более 200 человек — ордена Красной звезды.
