Постоянные сражения, происходившие в Эгейском море начиная со второй половины II века до н. э., вкупе с римской практикой оставлять потенциальных противников без флота привели к возрождению пиратства. До конца века официальный Рим не обращал на это особого внимания, да и после пытался решать проблему по большей части бессистемно. Череда рейдов против отдельных пиратских банд провалилась из-за увертливости противника и пиратской взаимовыручки. Хотя основным прибежищем пиратов была Киликия в Малой Азии, разбой нес угрозу морской торговле по всему Средиземноморью, пираты могли напасть на любой корабль в любом месте. В 66 году до н. э., после расправы с пиратством, римский оратор Цицерон в своей речи однажды напомнил публике о том, в какой крайности находился Рим прежде:

Стоит ли мне сокрушаться о том, как бывали захвачены по пути в Рим посланники других стран, если даже за римских послов уплачивался выкуп? Упоминать ли морские опасности для купцов, если двенадцать ликторов [официальных охранников] попали в руки пиратов? Говорить ли о захвате славных городов Книда, Колофона, Самоса и бесчисленных других, если вам отлично известно, что и ваши собственные гавани, и те, благодаря которым вы живете и дышите, побывали во власти морских разбойников?.. Пристало ли мне сетовать на неудачи в Остии, легшие постыдным пятном на наше государство, если почти на наших глазах флот, порученный командованию римского консула, был захвачен и уничтожен пиратами?

Из жертв морских разбойников самым знаменитым был молодой Юлий Цезарь, которого в 75 году до н. э., во время зимнего плавания на Родос, пираты захватили в плен и держали почти сорок дней. После выкупа в двенадцать тысяч золотых его отпустили; позже Цезарь вернулся, захватил своих бывших обидчиков и велел их распять. Шестью годами позже сенат уполномочил Помпея Великого на борьбу с пиратами. Несмотря на важность такой кампании, мы имеем лишь краткие ее описания, в основном касающиеся общей стратегии. Наделенный чрезвычайными полномочиями на три года, Помпей собрал 500 кораблей, 120 000 солдат и 5000 всадников. Разделив Средиземное море на тринадцать морских территорий, он велел военачальникам, командовавшим кораблями, уничтожать всех пиратов, каких найдут, но не выходить каждому за пределы своей территории. Неохраняемой оставалась лишь область у побережья Киликии, которая вскоре сделалась последним прибежищем для уцелевших разбойников. Римляне уничтожили пиратство в Средиземном море за сорок дней, и семью неделями позже Помпею сдались последние киликийские пираты. Источники сообщают, что во время кампании погибли десять тысяч пиратов, было захвачено от четырехсот до восьмисот кораблей. Удивительнее всего было милостивое отношение Помпея к пленникам, многих из которых он переселил в близлежащий порт Солы, переименованный в Помпейополь. Снисходительность Помпея вполне окупилась: во время Третьей Митридатовой войны переселенцы выступили на стороне римской армии, которой командовал Помпей.

Долгая борьба с пиратством глубоко отпечаталась в мировоззрении римлян. Для Цицерона, например, пираты были низкими вероломными варварами — полной противоположностью римлянам. Более четверти века Цицерон продолжал их упоминать в своих речах и писаниях. В знаменитом письме к сыну Цицерон заявляет, что клятва, данная пирату, ни к чему не обязывает: «…ибо морской разбойник принадлежит не к врагам государства, а к общим врагам всех людей». Эта мысль была дошлифована английским юристом сэром Эдвардом Коком: pirata est hostis humanis generis — «пират есть враг человечества», и эта фраза до сих пор употребляется применительно к адептам терроризма, пыток и геноцида.