Успехи Рима в восточных кампаниях и победа над пиратами способствовали разрушению республиканской системы, которая была не приспособлена обслуживать такие огромные и далеко отстоящие друг от друга провинции и колонии. Реформы, предложенные в 130-х годах до н. э., не были приняты сенатом, держащимся за свои привилегии, и по мере нарастания напряженности сенат все чаще прибегал к военному положению. Правители начали собирать крупные армии, обещая солдатам земельные наделы и долю в добыче. Помпей, которому успешная кампания против пиратов принесла дополнительную власть и богатство, в 60 году до н. э. создал тайный триумвират с Крассом и Цезарем, договорившись поддерживать друг друга «в противодействии любому закону, который неугоден кому-либо из троих». Через два года Цезарь начал завоевывать Галлию и за следующие девять лет присоединил Галлию к Риму, вторгся в Германию и дважды высаживался в Британии.

Победы Цезаря принесли ему признательность народа и возмущение закоренелых республиканцев, а также осложнили отношения с Помпеем, который в 52 году до н. э. впервые за всю историю республики получил должность единоличного консула. В 49 году до н. э. Цезарь с войском перешел через реку Рубикон на территорию Италии (что должно было караться смертью) и тем положил начало междоусобной войне. Спешно набранные Помпеем войска не годились в соперники Цезаревым ветеранам, и Помпей отправился за Адриатику собирать армию. Цезарь вошел в Рим и затем отплыл в Испанию, где одержал верх над местными сторонниками Помпея. Вернувшись в Грецию, он разбил Помпея в битве при Фарсале в Центральной Греции. Помпей бежал в Египет на торговом судне; он корил себя «за то, что дал вовлечь себя в битву сухопутных армий и не пустил в дело флот, обладавший неоспоримым перевесом… И вправду, — продолжает его биограф, — величайшей ошибкой Помпея и талантливейшей военной уловкой Цезаря было то, что битва случилась так далеко от моря». Ошибка оказалась непоправимой, и после высадки в Египте Помпей был убит по приказу царя Птолемея XIII. Цезарь, прибыв в Египет, казнил убийц Помпея и сделал царицей Египта Клеопатру — сестру и жену Птолемея.

В 44 году до н. э. сторонники прежней республики вступили в заговор и убили Цезаря, однако достигли этим лишь назначения нового триумвирата, в который входили восемнадцатилетний племянник Цезаря и его наследник Октавиан (будущий император Август), близкий к Цезарю полководец Марк Антоний и полководец Лепид. В битве при Филиппах в Греции в 42 году до н. э. Антоний и Октавиан одержали победу, однако сторонники республики сумели увести часть флота к Сицилии и соединиться там с мятежным Секстом Помпеем, которого годом раньше сенат назначил префектом флота и побережий (praefectus classis et orae maritimae), — сын Помпея Великого теперь мечтал сквитаться с наследниками Цезаря за смерть отца. Несмотря на численный перевес противника, он одолел Октавиана в Мессинском проливе, однако дальше этой победы дело не пошло. Два года спустя доверенный полководец Октавиана, Марк Випсаний Агриппа, принял морское командование и начал строить гавань для создания и тренировки флота — порт, названный Портус Юлиус, недалеко от города Путеолы в Неаполитанском заливе. В сентябре 36 года до н. э., после активных летних кампаний в окружающих Сицилию водах, Агриппа выиграл решающее сражение при Навлохе, после которой у Помпея из примерно двухсот кораблей осталось всего семнадцать. После бегства Помпея и ухода Лепида из триумвирата борьба за абсолютную власть теперь велась между Антонием и Октавианом.

Отношения между ними были осложнены тем, что Антоний, состоявший в браке с сестрой Октавиана, женился на Клеопатре. В 33 году до н. э. Антоний и Клеопатра — коронованная царица Египта, а не просто супруга римского полководца — собрали восемь флотилий по шестьдесят пять боевых кораблей (вплоть до девяти — и десятиярусных) и триста транспортных судов. К весне 31 года до н. э. большая часть флота была собрана на мысе Акций в Амбракийском заливе, к северу от Коринфского залива. Там флот застали Агриппа и Октавиан. Поскольку армию подтачивали голод и болезни, а ее боевой дух расшатывался все новыми случаями перехода командующих на сторону Октавиана, то Антонию оставалось пустить в дело флот. Утром 2 сентября он вышел против Агриппы с шестью флотилиями, корабли Клеопатры оставались позади. Вскоре после начала битвы три флотилии ушли, две сдались, корабли Клеопатры повернули на юг. Антоний с сорока судами к ней присоединился, и под парусами они вместе двинулись к Египту. (Паруса на время битвы обычно оставляли на берегу, и поскольку корабли Антония и Клеопатры были при парусах, то можно предположить, что отступление было заранее спланированным.) Октавиан годом позже настиг Антония, тот после слабой попытки сопротивления бросился на меч. Клеопатра, которой грозил позор стать пленницей Октавиана, предпочла самоубийство. Египет стал провинцией Римской империи, которой он оставался в течение последующих шести веков.