Наперекор мнению, будто во время Второй Пунической войны римлянам недоставало «морского мышления», морская стратегия Рима на деле точнейшим образом соответствовала характеру угрозы, исходящей от Карфагена. После Первой Пунической войны римляне не отказались от флота, однако у них были причины не тратить ресурсы на строительство дополнительных кораблей и комплектование их людьми. Пока армия Ганнибала разоряла Италию, комплектовать новые корабли было некем, к тому же в морских боях первой войны римляне теряли людей по большей части из-за штормов, прямой морской угрозы от Карфагена не исходило. Более того, римляне в это же время вели Первую Македонскую войну (215–197 гг. до н. э.), в которой флот играл главную роль как в Адриатике, так и в Эгейском море. В адриатические дела Рим вмешался в 229 году до н. э., в ответ на просьбы италийских торговцев, которых притесняли корабли из Иллирии, расположенной на Балканском побережье. Римляне послали туда флот из двухсот кораблей и взяли с иллирийцев обязательство не плавать южнее города Лисе (Лежа, северо-запад Албании) более чем на двух легковооруженных лембах — одноярусных или двухъярусных иллирийских галерах. (Лемб, идеально подходящий для коротких разведок и налетов, был позднее заимствован другими морскими державами.)

Война возобновилась незадолго до вторжения Ганнибала в Италию, когда Деметрий Фаросский (Фарос — нынешний остров Хвар в Хорватии) с флотом из лембов предпринял набег на Эгейское море. Побежденный римлянами, Деметрий бежал к Филиппу V Македонскому, которого он всячески укреплял в антиримских настроениях. Рим не тратил много средств на Адриатику, но много и не требовалось. В 216 году до н. э. римляне десятью кораблями отбили нападение сотни македонских лембов, после чего отрядили около пятидесяти кораблей к побережью между Тарентом и Брундизием. Они также вступили в альянс с Этолийским союзом; по условиям соглашения Рим предоставлял союзу свой флот и имел право на любое движимое имущество в захватываемых им местностях (таковы были обычные условия для морских действий), в то время как греческие города-государства, принадлежащие союзу, вели сухопутные сражения и брали себе захватываемые территории. Война закончилась в 205 году до н. э., однако пятью годами позже римляне возобновили военные действия из-за угрозы со стороны Филиппа по отношению к греческим союзникам Рима, включая Афины и Родос, и из-за опасения, что он вскоре может напасть на Италию. «Ганнибал за четыре месяца дошел до Италии от Сагунта, — заявил один из консулов. — Если дать волю Филиппу, он будет здесь на четвертый день после того, как отплывет из Коринфа». Тит Квинкций Фламинин увел свои легионы из Иллирии и в 197 году до н. э. разбил македонскую армию. Филипп, оставив себе лишь пять стандартных боевых кораблей и «шестнадцатерик», отступил от границ Греции. Фламинин величаво объявил греков свободным народом — этому утверждению еще предстояло стать предметом спора.

Тем временем Антиох Великий из рода Селевкидов пересек Гелеспонт с намерением предъявить свои династические права на Фракию, что перевешивало собой любые притязания, которые новоприбывшие римляне могли иметь в отношении Греции и Балкан. В 192 году до н. э. он высадился в Деметриаде (к северу от Эвбеи), жители которой полагали, что они «свободны лишь на словах, а в действительности все делалось по воле римлян». Римляне потрепали армию Антиоха при Фермопилах, но в итоге были вынуждены пересмотреть свой взгляд на эгейский мир и свое к нему отношение. Как сказал один из современных историков, «глубинное единство мира эгейского и мира греческого — азиатского и европейского — как геополитической системы было явлено с головокружительной ясностью». Такая запоздалая хвала Риму свидетельствует лишь о том, насколько далеко — как политически, так и культурно — они отстояли от эллинистического мира Восточного Средиземноморья.

Вооруженный этим новым пониманием, Сципион Африканский и его брат приняли на себя миссию установления римского господства в Эгейском море. Чтобы не сталкиваться с флотом Антиоха, представлявшим грозную опасность, вместо пересечения Эгейского моря армии шли посуху к северу до Геллеспонта. Римским флотом командовал Марк Ливий, который людей на корабли набирал из «морских колоний», хотя прежде колонии были освобождены от воинской повинности. При всей немногочисленности кораблей и нежелании моряков нести службу ценность римского флота была засвидетельствована самим Ганнибалом, который сообщал Артиоху, что «римское оружие на море не менее мощно, чем на суше». Как бы в доказательство этого суждения римляне и их родосские союзники одерживали над селевкидскими флотами победу за победой, в одной из битв победив самого Ганнибала. Такие неудачи потрясли Антиоха: как поясняет римский историк Тит Ливий, «из-за потери власти на море он сомневался в своей способности защитить дальние владения». Он увел армию от Геллеспонта, и легионы Сципиона без помех переправились в Азию. После финальной битвы на суше римляне продиктовали условия мирного договора, по которому Антиох потерял контроль над Ионией. Теперь Рим установил свое владычество над всем Эгейским морем, и после столетий неподчинения восточному деспотизму греки склонились перед западной властью.

Для поддержания своего влияния римляне начали кампанию под девизом «разделяй и властвуй». Одной из первых жертв пал их верный союзник Родос, чьи силы Рим постоянно истощал. После Третьей Македонской войны (172–167 гг. до н. э.) Рим передал остров Делос Афинам с условием превращения Делоса в беспошлинный порт, что обошлось Родосу ежегодной потерей примерно 140 талантов (около 3500 килограммов серебра) на одной только портовой пошлине. Следующий удар был получен при завершении Третьей Пунической войны (149–146 гг. до н. э.) и разрушении Карфагена — важного торгового партнера для Родоса. Еще до этой войны Рим отказал карфагенянам в праве обороняться от нападений соседней Нумидии, вынудил сложить оружие перед римской властью и настоял на том, чтобы город был разрушен, а его жители отошли на восемьдесят стадиев в глубь территории прочь от берега, — по совпадению именно такое расстояние некогда рекомендовал Платон для сохранения города от развращающего влияния морской торговли. Эти оскорбительные требования карфагеняне отклонили, но полстолетия подчинения Риму во всех международных и морских делах привели к тому, что их военный флот был плохо снаряжен, ему не хватало людей и выучки. Однако даже при ощутимом преимуществе в умениях, оружии и опыте Риму для победы в последней Пунической войне понадобилось три года. Когда город в итоге пал перед натиском армии Сципиона Эмилиана, исполнился боевой девиз Катона — римского сенатора, с неуклонным постоянством призывавшего сограждан к войне и заканчивавшего все речи словами «Карфаген должен быть разрушен». Теперь Карфаген был наконец разрушен — а с ним и морское владычество, процветавшее более семи столетий.

У Рима с падением Карфагена и оттеснением Родоса почти не осталось к II веку до н. э. внешних врагов, способных угрожать средиземноморской торговле, коммерческим центром которой служил вольный порт Делос. Благосостояние острова пошатнулось в 88 году до н. э., когда Митридат IV Понтийский велел убить сотню тысяч римлян и италийцев в Малой Азии и на Делосе. Такое завершение многолетних трений и периодических стычек по поводу римского господства в Греции и Малой Азии стало толчком к началу первой из трех Митридатовых войн (88–63 гг. до н. э.). Войны велись с широким использованием морских кампаний, и вполне вероятно, что они не получили более раннего завершения потому, что римский полководец Сулла вошел в Грецию без поддержки флота. В результате при осаде Суллой Афин и Пирея Митридат мог подвозить подкрепление морем — точно так же, как афиняне во время Пелопоннесской войны. Когда в 86 году до н. э. порт был взят, «Сулла сжег Пирей, доставивший ему больше неприятностей, чем Афины, и не пощадил ни арсенала, ни верфи, ни других знаменитых сооружений», которыми порт славился четыре столетия. Подробных рассказов о морских кампаниях до нас не дошло, лишь отдельные фрагменты позволяют составить представление о размахе событий. В рассказе об этих войнах Аппиан отмечает: «…многократно [Митридат] имел более 400 собственных кораблей» — это численное преимущество позволило ему двинуть армию в Грецию, но было недостаточным для захвата Родоса, который еще оставался союзником Рима. Митридат получал поддержку не только от своих земель и ближайших соседей, но и от римского полководца Сертория, который поднял против Суллы восстание в Испании и посылал морем войска в помощь Митридату. Прославленный полководец Лициний Лукулл научился на ошибках Суллы — от которых он сам же Суллу спас — и, хотя во время второй войны он ощутимое время провел на марше, продвигаясь в глубь Малой Азии, его успех настолько зависел от черноморских портов Синоп и Амасия, что во время триумфа в Риме его процессия включала в себя «сто десять кораблей с бронзовыми носами».