Не располагая средствами для строительства флота, способного тягаться мощью с северным, министр ВМС Конфедерации Стивен Мэллори решил брать не количеством, а качеством. «Я считаю наличие брони на кораблях вопросом первой необходимости, — писал он в мае 1861 года. — Численный перевес можно компенсировать неуязвимостью; а значит, не только экономия, но и опыт морских побед велит выставить против дерева металл». Юг принялся переоборудовать имеющиеся суда в броненосцы, способные беспрепятственно противостоять деревянным кораблям. Первый был выстроен на базе винтового фрегата «Мерримак», захваченного вместе с Госпортской верфью в Норфолке, Виргиния. В результате появился фрегат «Виргиния» с центральной батареей — надстроенным на палубе сорокатрехметровым казематом с дубово-сосновыми стенами толщиной шестьдесят один сантиметр, в панцире из прокатной стали десятисантиметровой толщины, оснащенный двенадцатью орудиями.

В противовес «Виргинии» Военно-морской флот США заказал прототипы бронированных пароходов другой конструкции — два броненосца с батарейными палубами и один с вращающейся орудийной башней — «Монитор» Джона Эриксона. Предельно революционный «Монитор» был первым действующим военным кораблем, не имевшим рангоута и весел. Корпус корабля состоял из основания размером тринадцать на пятьдесят пять метров, на котором покоился более широкий и длинный «плот», функция которого заключалась в том, чтобы защитить корпус от пробоин и добавить кораблю остойчивости при волнении. Приводимый в движение одним-единственным гребным винтом, «Монитор» развивал скорость до шести узлов. Главной визуальной и технической особенностью «Монитора» была вращающаяся башня. Шесть метров в диаметре и почти три метра высотой, установленная на паровой турели, она вмещала два семитонных гладкоствольных орудия Дальгрена, стреляющих разрывными снарядами. Из-за своеобразной конструкции броненосец называли «сырницей на плоту».

«Виргиния» с легкостью потопила два деревянных паровых фрегата и повредила третий на норфолкском рейде, а затем 8 марта 1862 года сошлась в схватке с «Монитором». Несколько часов корабли сражались в ближнем бою, но решительного урона друг другу нанести не могли. Потери были малочисленны: один раненый на «Мониторе», двое убитых и девятнадцать раненых на «Виргинии». (Для сравнения, в 1812 году в пятнадцатиминутном единоборстве деревянных фрегатов «Чесапик» и «Шэннон» погибло 78 человек и ранено было больше 150.) В мае 1862 года конфедератам пришлось уничтожить «Виргинию» при отступлении из Норфолка, а «Монитор» затонул в конце того же года при буксировке в Уилмингтон, Северная Каролина. Несмотря на недолговечность и на бессилие металлических кораблей в схватке друг против друга, было ясно, что погребальный колокол по деревянным боевым кораблям уже звонит.

Особенно наглядно это показала речная война — краеугольный камень стратегии генерала северян Уинфилда Скотта, призванной затянуть петлю на шее конфедератов и названной планом «Анаконда». Скотт считал, что победы над Конфедеративными штатами можно добиться быстрее и с меньшими затратами, «оцепив их (почти) одновременно кордоном вдоль Миссисипи от слияния с Огайо до устья и блокируя военные корабли в прибрежной полосе», а также на притоках Миссисипи и Огайо. «Перевозка войск и снаряжения по воде обойдется примерно в пять раз дешевле, чем по суше, и это не считая огромной экономии времени», — добавлял генерал. План Скотта был воплощен частично, однако положенная в его основу идея проявилась в том, что практически все армии северян получили названия в честь рек. Южане предпочитали называть свои армии по штатам и военным округам. Важнейшая из речных кампаний велась за контроль над Миссисипи. В апреле 1862 года адмирал Дэвид Фаррагут, поднявшись по ней, взял Новый Орлеан, Батон-Руж и Натчез, а канонерки тем временем помогли северянам закрепиться на реках Теннесси и Камберленд. Виксбург, Миссисипи, держался благодаря своим шестидесятиметровым утесам до 4 июля 1863 года, но в конце концов был взят, а вслед за ним и форт Хадсон, Луизиана. Сердце Конфедерации было оцеплено.