Конфедерация и Союз вели морскую войну по-разному. Несмотря на малочисленность флота США и переход 10 процентов офицеров на сторону южан, у Севера имелся судостроительный опыт, промышленные мощности и человеческие ресурсы, позволявшие с относительной легкостью наращивать объемы. У южан не было боевых кораблей и почти отсутствовали судостроительные мощности, потому что промышленные и экспортные товары Югу традиционно обеспечивали северные штаты. Асимметричный, как его бы назвали сейчас, характер грядущей морской войны обозначился с самого начала, когда президент Конфедерации Джефферсон Дэвис принялся раздавать каперские патенты всем, кто готов был захватывать северные гражданские суда. Президент Авраам Линкольн предупредил в ответ: «Тот, кто мнимой властью так называемых [Конфедеративных] Штатов… покусится на судно Соединенных Штатов, людей или груз на борту, будет осужден по закону Соединенных Штатов о борьбе с пиратством». Иными словами, казнен.

Британцы отреагировали немедленно и гневно. Один из депутатов парламента объявил, что «любой, кто в подобном случае предаст арестованного смерти как пирата… будет обвинен в убийстве», а другой требовал «не позволять [Северным штатам]… трактовать закон как заблагорассудится и карать смертью за каперство, именуя его пиратством». Пятью годами ранее Великобритания составляла проект Парижской декларации, призванной покончить с каперством и уточнить права воюющих и нейтральных сторон. Декларация содержала всего четыре четких и лаконичных пункта:

4) Блокада, чтоб быть обязательной, должна быть действительной, то есть поддержанной достаточной силой для действительного воспрепятствования доступа к неприятельскому берегу.

Прежде, опасаясь, что в войне против европейской державы правительству придется выдавать каперские патенты, чтобы усилить свой малочисленный флот, Соединенные Штаты отказывались подписывать соглашение. Теперь же правительство Линкольна, получившее превосходство над южанами, собралось подписать Парижскую декларацию, но британцы и французы отложили ратификацию до окончания конфликта. Испытанием для намерений Линкольна стал прецедент с капером конфедератов Уильямом Смитом, который был арестован, осужден за пиратство и приговорен к казни. Президент Дэвис заявил, что Смита нельзя судить как обычного преступника и что его правительство будет казнить по одному высокопоставленному военнопленному северян за каждого южанина, казненного по обвинению в пиратстве. Приговор суда пересмотрели, в дальнейшем со Смитом и остальными каперами-конфедератами обращались как с военнопленными.

В это же время Линкольн устроил блокаду, призванную помешать конфедератам подвозить хлопок для боеприпасов и других военных нужд. Остановить сообщение в южных портах необходимо было без привлечения иностранных держав. Указом о закрытии портов и аресте судов за нарушение государственного закона правительство Линкольна подтвердило бы, что Соединенные Штаты имеют дело не с чем иным, как с внутренним мятежом, и Конфедерация не может претендовать на суверенитет. Однако арест иностранных судов за контрабанду был чреват конфликтом с Британией и Францией, которые и без того подозревались в симпатиях к южанам. В качестве альтернативы рассматривалась блокада Юга — военное действие, обозначающее независимый статус Конфедерации и требующее привлечь огромное количество кораблей. Линкольн предпочел блокаду, и к июлю у большинства крупных портов, а также вдоль 2500-мильной береговой линии от Виргинии до Техаса были развернуты эскадры северян. Героические прорывы южан создавали впечатление, что блокада себя не оправдала, однако свыше двух третей из трехсот прорвавшихся были в итоге перехвачены или уничтожены. До войны самыми крупными портами вывоза после Нью-Йорка были Новый Орлеан, Мобил, Чарльстон и Саванна — из одного только Нового Орлеана с экспортными грузами выходили три тысячи судов. Блокада взвинтила цены на импорт, сократила доходы правительства от торговли и подорвала способность Юга платить за поставки военной техники и боеприпасов из-за границы.

Наступательный потенциал военно-морского флота Конфедерации обеспечивали девять крейсеров (в том числе пять построенных в Британии): в совокупности они захватили более 250 торговых судов. После войны Соединенные Штаты доказывали, что, продавая Конфедерации корабли с английских и шотландских верфей, Великобритания нарушила нейтралитет и должна понести ответственность за ущерб, нанесенный крейсерами британского производства. Алабамский вопрос (названный так из-за крейсера «Алабама», урон от которого составил пять миллионов долларов) был разрешен Вашингтонским договором (1871 год), по которому решение передавалось на рассмотрение международного суда. Тот постановил, что Британия проявила «небрежение», и присудил выплатить пострадавшей стороне 15,5 миллиона долларов. К непосредственному ущербу в виде потери торговых судов добавилось десятикратное увеличение страховых взносов за американские корабли и последующая передача более тысячи судов — тоннажем свыше восьмисот тысяч тонн — в иностранные регистры (преимущественно британский) ради защиты в виде нейтрального флага. Американский торговый флот так и не оправился от удара, нанесенного сочетанием протекционистских законов, препятствующих закупке судов иностранного производства и возвращению в американский регистр любого судна, проданного за рубеж; запретительных пошлин, препятствовавших развитию металлического кораблестроения, и перенаправлению государственных инвестиций в сухопутные отрасли.