Как правило, китайская морская торговля была ориентирована преимущественно на юг, но династия Юань возобновила попытки установить торговые связи с Японией. Отказ Кореи от мореплавания в начале XI века привел к снижению товарообмена между Южной Кореей и Японией, и торговцам династии Сун пришлось возрождать международную торговлю с Японией. В конце XII века коренные преобразования в Японии привели к власти сословие воинов, которое доминировало в японском обществе вплоть до реставрации Мэйдзи в 1860-х годах. В течение всего века на территории страны периодически вспыхивали междоусобные конфликты, но решающие военные столкновения произошли в ходе войны Гэмпэй (1180–1185 гг.) — борьбы за престолонаследие, которую развязал клан Тайра («Хэйкэ»), владевший Центральным Хонсю, против клана Минамото («Гэндзи»), чья столица располагалась к востоку от города Камакура, рядом с современным Токио.

Конфликт завершился морским сражением в заливе Данноура, вблизи современного города Симоносеки, между Кюсю и Хонсю в западной части Внутреннего Японского моря. Согласно «Повести о доме Тайра» — сборнику сказаний о войне, созданном в начале XIII века, — у клана Гэндзи было больше трех тысяч судов, а у Хэйкэ лишь немногим больше тысячи, включая несколько больших кораблей китайского типа. Остальные — мелкие лодки, и утверждается, что местный представитель власти несколько раз переходил от одной стороны к другой; «он со всеми своими подчиненными — числом более двух тысяч — погрузился в две сотни лодок». Сражение закончилось тем, что воины Гэндзи «захватили суда Хэйкэ, перестреляли моряков и кормчих из луков или зарубили их мечами». По рассказам очевидцев, восьмилетнего императора утопила его бабушка. Она взяла мальчика на руки и, утешая его, сказала: «Там, под волнами, есть другая столица!» И с этими словами она бросилась в морскую пучину вместе с ребенком. Поражение клана Тайра было абсолютным, но есть предположение, что некоторым воинам, включая императора, удалось спастись и добраться до островов Рюкю. Эта теория подкрепляется наличием на островах большого количества фамилий клана Тайра, обилием идиом хэйанского двора в рюкюском языке и внезапным ростом морской торговли. Двумя главными экспортными товарами были лошади и сера для производства пороха.

После сражения в заливе Данноура власть перешла к клану Минамото. Хотя сегуны Минамото постепенно узурпировали бо́льшую часть императорских прерогатив и стали полноправными властителями страны, император и сегун оставались раздельными источниками влияния. Первый обитал в столице — Киото, второй — в Камакуре. Наличие нескольких центров власти способствовало развитию торговли как внутри самой Японии, так и между Японией, Кореей и Китаем. Объемы ее были так велики, что в местной китайской хронике 1259 года явно преувеличенно утверждалось, будто, «выстроившись друг за другом, нос к корме, японцы пересекли бурное море и привезли свои товары, чтобы продать их в Минчжоу». Отчасти это оживление торговли было вызвано возникновением денежной экономики, основанной на медных монетах, импортируемых из Китая. Японцы не чеканили своей монеты вплоть до 1500-х годов. Развитие финансовых инструментов способствовало движению средств среди торговцев, в то время как гильдии ремесленников — производители саке, ткачи, заимодавцы и прочие — признали за купцами и торговцами положение в обществе, в котором им раньше отказывали. Согласно различным оценкам, к концу XV века объем торговли во Внутреннем Японском море был приблизительно равен объему торговли на Балтике того же времени, хотя Балтийское море в сорок раз больше.

Монголы стремились получить у Японии признание своей гегемонии еще до полного подавления сопротивления династии Сун, но без особого успеха. В 1266 году Хубилай послал в Японию послов, чтобы добиться признания своей верховной власти, но получил категорический отказ. Очевидным плацдармом для карательной экспедиции был Корейский полуостров, который монголы покорили в результате шести военных кампаний между 1231 и 1270 годом. Не прислушавшись к советам корейцев, которые не были заинтересованы в войне с Японией, Хубилай повелел приступить к строительству флота. Корейцы, недовольные властью монголов, обратились за поддержкой к японцам, которые пребывали в смятении, и армия вторжения отплыла от берегов Кореи в ноябре 1274 года. Принято считать, что монгольская армия насчитывала от тридцати до сорока тысяч солдат и матросов; впрочем, согласно более осторожным оценкам, монгольское войско состояло всего лишь из двух или трех тысяч солдат, и его встретили вполне сопоставимые по численности японские отряды. Монголы высадились около города Хаката на острове Кюсю, но после нескольких сражений сочли за лучшее вернуться домой. Их отступление совпало по времени со штормом, однако китайские и монгольские источники по-разному оценивают его значение. Монголы подчеркивали силу тайфуна, перенося таким образом вину за поражение на вмешательство высших сил, но японские авторы упоминают шторм только мимоходом и без всякой связи с божественным вмешательством.

Монгольское вторжение, каким бы настораживающим оно ни было, не слишком испугало японцев, которые одновременно начали планировать экспедицию возмездия в Корею и сооружение береговой стены, чтобы предотвратить подобные высадки в будущем. Они отказались от идеи вторжения в Корею, но стена оказалась очень полезна, когда монголы высадились во второй раз в 1281 году. И вновь предание повествует о стотысячной армаде, хотя, по всей видимости, ее численность не превышала десяти тысяч человек. Прибывшее из Кореи войско империи Юань быстро захватило острова Цусиму и Ики, но не могло найти подходящего для высадки места рядом с Хакатой из-за сооруженной японцами стены. Спустя примерно два месяца после прибытия передовых отрядов подошли основные силы из Китая, но захватчики были ограничены в своих передвижениях, и японцы постоянно наносили им чувствительные удары, атакуя их суда и расположенные на островах войска. Согласно как японским, так и монгольским источникам, монгольский флот понес значительные потери от тайфуна, который разыгрался в тот момент, когда завоеватели готовились к отплытию. Однако термин «камикадзе», то есть «божественный ветер», встречается лишь в отчетах японских придворных и не упоминается в текстах непосредственных участников событий.

Японские суда, вероятно, были меньше китайских и сыграли соизмеримо малую роль в отражении флота империи Юань. Принято считать, что в сражении в заливе Данноура во время войны Гэмпэй у Хэйкэ было несколько «больших кораблей китайского типа», но никаких пояснений этому термину не дается, а большинство их кораблей, по-видимому, было всего лишь маленькими лодками с экипажем не более десяти человек. На иллюстрациях к «Сказанию о монгольском нашествии» — документальном отчете о событиях, заказанном их непосредственным участником, японским самураем Такэдзаки Суэнага, — можно увидеть существенные различия между китайскими и японскими судами, а также между корейскими гребцами и монгольскими воинами. Иностранные суда имеют палубу, под которой располагались отверстия для весел. Японские лодки были открытыми, и гребцы гребли стоя. Ни на японских, ни на китайских кораблях не видно мачт или парусов, нос и корма тупые, и все оснащены расположенными в диаметральной плоскости рулями. По изображениям на свитке Такэдзаки нельзя судить о размерах судов, но представляется маловероятным, что японские суда обладали водоизмещением более тридцати тонн (около пятнадцати метров в длину) до середины XIV века. Согласно записям порта Хего, на шестнадцать сотен судов, заходивших туда спустя век, приходилось лишь шесть водоизмещением больше ста тысяч тонн, что, по-видимому, в три раза меньше вместимости китайских торговых судов XIII века.

Хубилай не оставил попыток покорить Японию, но вскоре его внимание было отвлечено Юго-Восточной Азией, местом самого дерзкого морского предприятия империи Юань: вторжения на остров Яву, расположенный в двадцати пяти сотнях миль от Китая. Как и в случае с Японией, Дайвьетом и другими континентальными соседями, основной целью Хубилая было признание его владычества. Желание подчинить своей власти остров Яву обусловливалось тем, что она стала основным местом торговли специями на востоке Индонезийского архипелага и при желании могла угрожать судоходству в Малаккском проливе. В 1222 году местный раджа Кен Ангрок узурпировал трон Яванского царства Кедири и основал в Восточной Яве царство Сингасари. Его честолюбивые последователи смогли воспользоваться консолидацией власти и начали проводить агрессивную политику зарубежной экспансии, которая достигла своего апогея в эпоху царства Маджапахит (1293–1528).

Из всех островов Юго-Восточной Азии Ява обладала идеальным расположением для доминирования в международной торговле. Большие излишки риса давали ей ценный ресурс для торговли с островами Пряностей, которые оказались изолированы от международной торговли вследствие блокады яванского флота, торговой политики и муссонного климата. Ява не осуществляла эффективный контроль над Малаккским проливом, предоставив, таким образом, полную свободу действий пиратам всего региона между Паганским царством и Кхмерской империей. Тем не менее правящая верхушка династии Юань полагала, что честолюбивый махараджа Кертанагара, правитель государства Сингасари, представляет главную угрозу для транзита через пролив. Уверенность китайцев, что Ява сосредоточила в своих руках управление всей торговлей в Юго-Восточной Азии, родилась из описания Марко Поло, основанного скорее на слухах, чем на собственных наблюдениях. «Богатства здесь столько, что никому на свете ни счесть, ни описать его. Большие богатства вывезли отсюда купцы Зайтона [Цюаньчжоу] и Манги [Южный Китай] и все еще вывозят до сих пор; здесь источник большинства специй, которые расходятся отсюда по рынкам всего мира». Кертанагара, по-видимому, не стремился подчинить себе соседнюю Суматру, но, скорее всего, он, как и китайцы, старался любыми средствами предотвратить появление конкурентов.

В 1289 году послы, которых империя Юань послала на Яву с предложением признать их владычество, вернулись обратно с изуродованными лицами, покрытыми татуировками. В отместку Хубилай выслал на остров карательную экспедицию численностью двадцать тысяч человек. Предвидя такие последствия, Кертанагара выслал свой флот навстречу монголам, но перехватить их корабли по дороге не удалось. Лишившись значительной части своей армии, Кертанагара был убит главой не покорившегося ему государства Кедири. Зять и преемник Раден Виджая пообещал монголам стать вассалом Хубилая, если они помогут ему отомстить за смерть Кертанагары. После того как объединенные силы монголов и яванцев разгромили Кедири, Виджая обратил свои войска против недавних союзников и вынудил их покинуть остров. Виджая основал империю Маджапахит со столицей в городе Тровулан на реке Брантас примерно в пятидесяти пяти километрах на юго-восток от современной Сурабаи. В последующие два с половиной столетия Маджапахит оставалась ведущей морской торговой державой в индонезийских водах и осуществляла контроль практически над всем архипелагом. Согласно «Хронике султанов Пасая», написанной в Северной Суматре, «люди в огромных количествах съезжались в Маджапахит… Народ постоянно перемещался между территориями, которые подчинялись султану. С востока они приезжали с островов Банда и Серама, привозя на продажу воск, древесину сандалового дерева, масло дерева массойя, корицу, гвоздику и мускатный орех в больших количествах». Поскольку империя Маджапахит обладала практически эксклюзивным доступом к островам Пряностей, растущий спрос на специи в Юго-Восточной Азии, на Ближнем Востоке и в Европе обеспечивал ей устойчивое процветание.

Хотя империя Юань и проиграла войну, но в результате двадцать тысяч китайцев — значительное число которых осталось в Юго-Восточной Азии как пленники или дезертиры — ввели в яванскую экономику медные монеты. Яванцы чеканили золотые и серебряные монеты с VIII века, однако в годы, последовавшие за неудачной юаньской военной кампанией, мелкие медные монеты распространились по всему архипелагу вплоть до Филиппин. Китай оказывал значительное влияние на политическую ситуацию и коммерческую деятельность в остальной части Юго-Восточной Азии. Вторжение войск империи Юань в северные области Мьянмы и Вьетнама ослабило Паганское царство, Ангкор и Дайвьет, что облегчило рост тайских государств. Они, в свою очередь, привлекли внимание китайских торговцев, ставших инструментом образования государства Аюттхая (1351–1767) в долине реки Чаупхрая, севернее современного Бангкока. Процветание Аюттхаи основывалось на нескольких факторах: тайской военной мощи, освоении бюрократических методов управления Ангкорской империи, контроле над обширными сельскохозяйственными ресурсами северных областей и коммерческом преимуществе, которое обеспечивалось легким доступом к морской торговле.

Военные походы Юань осуществлялись с большим размахом; если отдельно затрагивать морские экспедиции, то стоит отметить прекрасную организацию снаряжения и отправки такого большого количества людей и кораблей на огромные расстояния, хотя результаты кампаний могли оказаться плачевными. Однако эти масштабные операции — не единственное свидетельство морских амбиций Юань. Самым известным во многих отношениях было решение Хубилая послать в 1292 году монгольскую царевну, предназначенную в жены ильхану Персии, к жениху морским путем. В качестве эскорта ее сопровождало четырнадцать кораблей, включая корабль венецианца Марко Поло, возвращавшегося домой вместе с отцом и дядей после почти четверти века в Китае. Тот факт, что Хубилай доверил судьбу важного матримониального союза своему флоту, прекрасно иллюстрирует благополучие и процветание муссонных морей в конце XIII века. Это также находит подтверждение в рассказе Марко Поло о возвращении домой, которое заняло двадцать один месяц. Главы, посвященные пути на родину, составляют примерно четверть его «Путешествий». Это была одна из самых популярных книг в Европе в XIV и XV веках, а поскольку в ней детально описаны порты Индийского океана и китайских морей, она могла послужить наиболее подробным руководством для первопроходцев эпохи великих географических открытий.