Одним из главных устремлений китайцев, помимо установления прочных торговых связей с заморскими странами, было возвращение земель, захваченных чжурчжэньской династией Цзинь и тангутским царством Си Ся. В 1196 году, стремясь заручиться поддержкой потенциальных союзников, двор присвоил монгольскому степному вождю по имени Тэмуджин титул «джаутхури» (военного комиссара). Спустя десять лет Тэмуджин сделался императором Монголии и стал именоваться Чингисханом. Сплотив под своей властью все обитавшие на Монгольском плато племена, он объявил войну чжурчжэньской империи Цзинь — традиционному врагу монголов. К 1217 году ему удалось захватить все принадлежавшие чжурчжэням земли к северу от реки Хуанхэ, но в провинции Хэнань позиции их войск были практически неуязвимы. Сын и преемник Чингисхана Угэдэй попросил у династии Сун разрешения проследовать через ее территорию, чтобы напасть на империю Цзинь с юга. Сун вынуждена была дать согласие, но когда империя Цзинь была полностью повержена, китайцы оккупировали земли, захваченные монголами, тем самым дав Угэдэю предлог напасть на области к югу от Янцзы. Монгольская армия была, вероятно, самой сильной в мире, однако Сун успешно противостояла им в течение полувека благодаря численному превосходству, а также тому, что обороняемая территория была испещрена сетью рек и каналов. Это было серьезным препятствием для конницы, составлявшей главную ударную силу монгольского войска.

Преимущество усиливалось наличием у династии Сун речного флота, с самыми передовыми для того времени кораблями и вооружением. Основным типом военного судна были колесные корабли, приводимые в движение мускульной силой. Самые крупные корабли могли нести до двадцати гребных колес и комплектовались командой от двухсот до трехсот человек. Однако со временем максимальное количество колес свелось к семи, при том что одно непарное колесо устанавливали на средней линии корпуса на носу или на корме. К середине XIII века китайцы научились делать взрывчатое вещество, которое использовали для изготовления «громоподобных бомб». Чтобы противостоять Сун на равных, монголы построили собственный флот колесных кораблей, с помощью которого прошли по реке Ханьшуй и далее по Янцзы до Линьаня, который силы Хубилая захватили в марте 1276 года. Хотя сам император попал в плен, верные ему люди сумели скрытно вывезти двух его малолетних сыновей сначала в Фучжоу, а потом в Гуанчжоу. Прибытие флота династии Юань по Жемчужной реке в 1279 году заставило последних приверженцев династии Сун снова выйти в море. Согласно преданию, чтобы избежать пленения наследника, опекун взял его на руки и бросился вместе с ним в морские волны.

Ожесточенное преследование последних остатков династии Сун объяснялось растущими морскими амбициями Хубилая. Хотя он родился в Центральной Азии и сделал своей столицей город Даду, чтобы быть ближе к Центральной Монголии, ни один другой китайский правитель не уделял столько внимания развитию мореплавания — строительству каналов, прибрежной торговле и четырем заморским экспедициям, — как внук Чингисхана и основатель Юаньской династии. Если для Южной Сун обращение к морю было необходимостью, то Хубилай, по-видимому, рассматривал океан как продолжение степи. Инициатива проведения масштабных экспедиций принадлежала монголам, но они стали возможны только благодаря накопленному династией Сун опыту судостроения, навигации и коммерческой деятельности. В распоряжении Юань оказалось огромное количество судов. В 1257 году только в префектурах Минчжоу, Вэньчжоу и Цюаньчжоу было зарегистрировано девятнадцать тысяч судов, причем пятую часть из них составляли суда шириною более трех метров. Когда Юань захватила Фуцзянь, вдоль побережья, согласно оценкам, курсировало около семи тысяч судов, и еще в два раза больше — по рекам. С поражением династии Сун высвободилось большое количество кораблей, которые можно было использовать для различных целей, но династия Юань начала свою собственную программу строительства флота и в 1273 году заказала судостроительным верфям по всей стране две тысячи кораблей. Десятилетие спустя повышенный спрос на древесину заставил буддистского монаха Дуань Хуна в отчаянии воскликнуть: «Десятки тысяч деревьев вырублено [на нужды кораблестроения], печаль исчертила зеленые горы». Хотя проблема исчезновения лесов возникла еще до династии Юань, в последующие восемь веков она только углублялась. К концу XIV века в Китае уже не хватало своей древесины для отечественного кораблестроения, и уже во времена династий Мин и Цин многие китайские купцы заключали договоры на постройку судов в Сиаме (Таиланде) или на Борнео, где строительство одного корабля могло обойтись на семьдесят процентов дешевле.

Чиновники династии Юань продолжили усилия Сун по дальнейшему развитию водного транспорта: строительство каналов, складов, доков и якорных стоянок, сооружение маяков, установку бакенов и разработку безопасных водных маршрутов. Разделение Китая между чжурчжэньской династией Цзинь и Южной Сун сопровождалось ростом контрабанды зерна вдоль побережья, между дельтой Янцзы и Шаньдунским полуостровом. С приходом новой династии контрабандисты, многие из которых с самого начала поддерживали династию Юань, начали работать на государство, перевозя зерно вокруг Шаньдунского полуострова, через Бохайский пролив к порту Тяньцзин, откуда его доставляли в Даду. Освященная веками привычка держаться близко к коварным берегам, изобилующим песчаными отмелями, приводила к потерям кораблей, времени, жизней и денег. Так продолжалось вплоть до 1293 года, когда бывшие пираты Чжу Цзин и Чжан Сюань первыми проложили глубоководный маршрут, пройдя на достаточно большом расстоянии от полуострова. Они также отправились в свое путешествие немного раньше традиционного начала сезона. В результате их открытия путешествие, на которое раньше требовалось больше месяца и которое сопровождалось чудовищными потерями, теперь занимало около десяти дней, а общие потери сократились до вполне терпимого одного процента. В период расцвета, в начале XIV века, морским путем перевозилось больше двух миллионов пикулей риса в год. В 1329 году, последнем, за который сохранились данные, было перевезено рекордное количество грузов — три с половиной миллиона пикулей.

Необходимость развития этого маршрута обусловливалась тем, что Хубилай сделал своей столицей город Даду, до которого в то время нельзя было добраться по Великому каналу. В 1194 году Хуанхэ, изменив течение к западу от Кайфына, блокировала устье реки Хуайхэ, вынудив ее вместо моря течь к Янцзы. Вследствие этого основное русло Хуанхэ не имело выхода к морю севернее Шаньдунского полуострова на протяжении еще шести с половиной веков, до 1855 года. Изменение направления течения рек задержало завершение строительства северного конца Великого канала. Последний участок открылся в 1320-х годах, но морской путь оставался предпочтительным для перевозки зерна вплоть до 1417 года, когда канал был расширен, что позволило доставлять все зерно, предназначавшееся для северной столицы, по внутреннему маршруту.

Быстрое развитие международной торговли способствовало совершенствованию навигационного искусства, включая появление примитивной формы компаса. Свойства намагниченной иглы были известны китайцам задолго до этого, но использование «указателя юга» веками ограничивалось геомантией и фэн-шуем. Первые сведения об использовании компаса на судах встречается в работе Чжу Юя, написанной в 1117 году. Чжу Юй был сыном портового чиновника и губернатором Гуанчжоу и вследствие этих обстоятельств был знаком с морским делом. Описывая заморское путешествие, Чжу кратко касается навигационных методов: «Лоцманы на судне хорошо знали эти берега, по ночам они ориентировались по звездам, а в дневное время — по солнцу». Подобно морякам, плававшим в мелких водах Северо-Западной Европы, китайцы использовали ручной лот, который бросали аналогичным образом: «Они также применяли линь с крюком на конце, с помощью которого брали пробы грунта с морского дна, и по их виду и запаху определяли свое положение». Кроме того, Чжу отмечает, что «в пасмурную погоду они смотрели на иглу, указывающую на юг».

Китайский компас представлял собой железную иглу, воткнутую в стебель тростника. Иглу опускали в сосуд с водой так, чтобы она плавала на поверхности. «Сухой компас» был изобретен в Европе и Средиземноморье в XIII веке, а в Азии он появился при посредничестве европейских мореплавателей в начале XVI века. В таком компасе игла устанавливается на стержень, прикрепленный к легкому вращающемуся кругу — катушке с нанесенными на нее делениями. Самое раннее упоминание о компасе в Индийском океане относится к 1232 году, но все компасы к востоку от Суэца были китайского «мокрого» типа. Общим как для восточной, так и для западной традиций был тот факт, что компас применялся в качестве альтернативы ориентированию по звездам в пасмурную погоду, что позволяло продлить судоходный сезон. «Если ночью нет возможности остановиться [из-за ветра или течения], кормчий вынужден определять направление движения по звездам и Большой Медведице. Если небо закрыто тучами, он использует иглу, указывающую на юг, чтобы сориентироваться по странам света». Так писал автор «Иллюстрированного отчета о посольстве в Корею» в 1124 году. В этой книге, опубликованной спустя двадцать лет, была приведена иллюстрация, которая считается первой в мире печатной картой. К XIV веку китайцы выпускали «морские компасные таблицы», в которых приводились компасные курсы и расстояния. Вопрос о том, был ли компас изобретен в Китае и оттуда распространился в Европу и Средиземноморье, вызывает большие споры, но определенности в нем до сих пор нет. Возможно, какие-то примитивные аналоги компаса существовали в разных регионах, но усовершенствования, приведшие к появлению сухого компаса, были осуществлены на Западе совершенно независимо от всего остального мира.

Династия Юань внесла некоторые изменения в систему сбора налогов с морской торговли, установленную ее предшественниками. Они увеличили количество портов, где имелось управление морской торговли (Шибосы) до семи, и теперь государственные чиновники становились участниками бизнеса: они сдавали иностранным торговцам суда в аренду и предоставляли денежные займы. Прибыль делилась в соотношении семьдесят к тридцати, правительство брало себе бо́льшую долю. Такая практика была введена в короткий период запрета на частную международную торговлю, существовавший в 1280-х годах (еще один подобный период был в 1310-х), но продолжилась даже после того, как запрет отменили. В 1290-х годах император издал двадцать один указ, регулирующий проведение международной торговли. Бо́льшая их часть устанавливала величину пошлин на импортные товары (одна пятнадцатая на сырье и десять процентов на качественные товары), а также штрафы за уклонение от налогов и контрабанду. Последнее относилось, в частности, к представителям буддистского, даосского, несторианского и исламского духовенства, которые «во многих случаях нелегально вывозили обычных граждан, которые отправлялись торговать за границу и стремились избежать уплаты пошлин». Также имелись правила относительно разрешенного для торговцев оружия, специальных документов для судов и команды, которые должны были быть у капитана, и заграничных портов, куда им было позволено заходить. Указы также запрещали вывозить определенные грузы и товары, отчасти из экономических и отчасти из стратегических соображений: «Запрещается торговать с иноземными странами золотом, серебром, медью, железом, равно как мужчинами и женщинами».

Ни одно из этих ограничений не имело пагубного влияния на доходы императорской казны от морской торговли. Венецианский купец и путешественник Марко Поло, посетивший Цюаньчжоу в 1270-х годах, замечал в своей книге: «Великолепный город Зайтон [Цюаньчжоу] служит портом для всех кораблей, что приходят из Индии с грузом дорогих товаров, а также крупного отборного жемчуга и наилучших драгоценных камней». Сравнив Цюаньчжоу с самыми крупными портами из тех, что были известны его читателям, он продолжал: «И можете мне поверить, что на один корабль со специями, заходящий в Александрию или какой-либо другой порт, чтобы погрузить на борт перец, предназначенный для вывоза в христианские страны, приходится сотня кораблей, заходящих в Зайтон. Поскольку вам должно быть известно, что это один из двух портов в мире с самым большим оборотом грузов». Стоимость фрахта и пошлин доходит до половины стоимости ввозимых купцами товаров, но «даже и с половиной выручки, которая остается в их руках, они получают такую прибыль, что хотят лишь снова вернуться сюда со следующим грузом. Так что можете не сомневаться, что Цюаньчжоу вносит немалый вклад в казну Хубилая». С учетом того, какие прибыли приносила заморская торговля, не стоит удивляться, что Великий хан всячески способствовал ее развитию.