Согласно ст. 220 Налогового кодекса РФ имущественный налоговый вычет не применяется в случаях, если оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты для налогоплательщика производится за счет выплат, предоставленных из средств Федерального бюджета.

Приобретая квартиру по военной ипотеке, вы не самостоятельно выплачиваете ее стоимость за счет собственных средств. Платит за эту квартиру государство, так как оплата производится за счет взносов из федерального бюджета, зачисленных на ваш именной счет участника накопительно-ипотечной системы.

Но в том случае, если при покупке квартиры вы внесли также и собственные сбережения, так как стоимость квартиры была выше суммы, предоставляемой по целевому жилищному займу, то на эту сумму вы можете получить имущественный налоговый вычет.