Завершив славный поход, 9 мая 1087 г. 62 отважных апулийских моряка доставили мощи Святого в Бари. Спустя два года (в 1089 г.) мощи были помещены под алтарь крипты Базилики св. Николая. Это событие наполнило новым содержанием жизнь города и всей Апулии. Бари обрел новую душу, что, с течением времени, повлекло за собой понятное отождествление: св. Николай — это Бари, а Бари — это св. Николай.

Как уже отмечалось, нельзя сказать, что прежде св. Николай был неизвестен в этих краях. В самом деле, еще до перенесения мощей здесь существовало не менее одиннадцати церквей и часовен, освященных во имя Мирликийского Святого, ставшего Святым из Бари. Вместе с тем первые следы культа св. Николая в Апулии восходят к не очень далеким временам. Первые достоверные сведения о нем относятся к первой половине XI века. Однако, можно предположить, что почитание Николая имеет все же более древние корни, что оно восходит к X, а может быть, даже к IX веку. Основанием для этой догадки могло бы послужить то, что до 1071 г. южная часть Апулии находилась под влиянием Византии. Кроме того, и это тоже весьма немаловажно, частыми гостями в Апулии были восточные монахи, которых влекли сюда не только соображения безопасности, но и культурные запросы, а также разного рода торговые интересы, — впрочем, последнее больше относится к восточным купцам, также нередко появлявшимся на дорогах края. Перенесение мощей оказало несомненное влияние на местную ономастику и топонимику: в наименованиях и названиях все чаще стало использоваться имя Николай, ставшее порукой защищенности и экономического развития.

Строительство Базилики в Бари дало новый импульс почитанию этого Святого; восточный по происхождению, он стал фактически западным. Молва о Бари росла в христианском мире, смотревшем на этот город как на цель паломничества, которое каждый хотел бы совершить хотя бы раз в жизни.

И даже захватчики, сменявшие друг друга, все, от норманнов до свевов, почитали святость Никольского храма, предоставляя ему всякую защиту и попечение. Страшный Вильгельм Лютый проявил благосклонность к Базилике, когда в 1156 г. сравнял с землей город Бари, не пощадив и церквей, за исключением двух — освященных во имя св. Николая и Св. Схоластики.

Заботу о Базилике продемонстрировал также молодой и необузданный Генрих VI. Именно в его правление произошло второе освящение Базилики св. Николая — в 1197 г., по инициативе канцлера и епископа Коррадо Хильдешеймского. При свевах Базилика переживала пик известности и блеска. Распространению культа св. Николая на Западе способствовала деятельность монашеских Орденов — бенедиктинского, цистерцианского, доминиканского, францисканского, иезуитского и других, которые с различными обоснованиями несли весть о Святом и содействовали утверждению его почитания.