В своем главном трактате Дарвин дал ответ на важнейший вопрос естествознания: как образуются виды. Он доказал, что это долгий процесс накопления изменений, полезных для приспособления к окружающей среде. Изменения передаются от поколения к поколению, постепенно увеличиваясь. Первый шаг образования нового вида – это индивидуальная изменчивость. Подобные изменения, закрепляясь в поколениях, приводят к появлению разновидностей. Чарлз Дарвин называл разновидности ступенями на пути к возникновению вида. Новый вид появляется тогда, когда действие естественного отбора накапливается в достаточной степени и отличия становятся ярко выраженными.

Один первоначальный вид в процессе эволюции может породить несколько новых. Те, в свою очередь, могут стать прародителями других видов. Какой-то из видов может оказать в неблагоприятных обстоятельствах и вымереть, другие продолжат разветвляться или останутся на какое-то время в неизменном состоянии. Если представить классификацию живых существ в виде дерева, то его строение будет неоднородным, как неоднородна сама природа.

«Много более или менее крупных ветвей засохло и обвалилось, – писал Дарвин в главе о классификации. – Эти упавшие ветви различной величины представляют собой отряды, семейства и роды, не имеющие в настоящее время живых представителей… Кое-где, в развилине между старыми ветвями, пробивается тощий побег, уцелевший благодаря случайности и еще зеленый на своей верхушке… Как почки в процессе роста дают начало новым почкам, а эти, если только сильны, разветвляются и заглушают многие слабые ветви, так, полагаю, было и с великим Древом Жизни, наполнившим опавшими сучьями кору земли и покрывшим ее поверхность вечно расходящимися и прекрасными ветвями».

Эти виды, в свою очередь, дают целый веер новых разновидностей, из которых тоже выживают наиболее изменившиеся и приспособившиеся. Таким образом, различия между крайними формами вида, который когда-то был единым, становятся настолько сильными, что можно говорить о появлении нового вида животных или растений.

Расхождение признаков у видов называется дивергенцией. Это понятие ввел в биологию Чарлз Дарвин для того, чтобы объяснить многообразие сортов растений, пород домашних животных и видов диких. Дивергенция возникает в том случае, когда вид занимает большой ареал и вынужден приспособиться к разнообразным природным условиям. Она выражается в различиях внешних, поведенческих и т. п. Дивергенция обусловлена тем, что направления естественного отбора отличаются в разных частях ареала обитания. Механизм ее действия – борьба за существование. Результат дивергенции – появление видов и разновидностей, отличающихся по своему строению и функционированию. Польза этих различий в том, что они позволяют более полно использовать окружающую среду.

Обращаясь в «Происхождении видов» к проблеме классификации органического мира, Дарвин говорит о трудностях этой работы. Обычно, составляя классификации животных, ученые объединяют их по сходству признаков и разъединяют по отличиям. «Можно подумать, – пишет ученый, – что наибольшее значение в классификации имеют те черты строения, которые определяют образ жизни и место, занимаемое известным существом в экономии природы. Но ничто не может быть ошибочнее такого взгляда. Никто не станет считать, что внешнее сходство мыши с землеройкой, дюгоня с китом и кита с рыбой имеет какое-нибудь значение». Дарвин же предлагает объединять живые существа в виды, роды и семейства по их происхождению. Он называет такую классификацию естественной.

Взгляды Дарвина оказали решающее влияние на современную систематику. Он дал биологии метод создания естественной, природной системы окружающего мира, основанный на единстве происхождения живых организмов.