На исповеди отец Нектарий был очень серьезен, строг, сосредоточен. При строгости своей был всегда благостен, никого не ругал, даже когда того ожидали. Как-то монахиня Елена просила дать ей епитимью для исправления, но батюшка только сказал: «Стопы человеческие от Господа исправляются» (Ср.: Пс. 36, 23). Она жаловалась на свою неисправимость, скорбела о том, а Старец утешал: «Пусть немощь и покаяние до смерти чередуются. И в «Прологе» есть: «Если согрешивший скажет: «Господи, согрешил, прости меня» и будет ему паче венца Царского».

Порой на исповеди старец был ласков, даже шутил. Однажды дал читать исповедь по книге. Исповедница на одном месте остановилась.

— Ты что? - спросил отец Нектарий.

— Я думаю, грешна я этим или нет.

— Ну, подумай, а то, может, вычеркнешь это в книжке? - и улыбнулся.

Об исповеди говорил, что дело не в сложности ее, а в сокрушении сердца: «Господь зрит на сердце». Указывал на духовное значение помышлений и слов, а не только дел.

Казалось, что он всегда заранее знал, что скажут ему. О такой исповеди у старца писала Евгения Рымаренко: «Сегодня в первый раз исповедовалась у батюшки. Вошла самая последняя. Батюшка усадил на диванчик, а сам стоял рядом в епитрахили и поручах. Начались разговоры и расспросы. Пересмотрена была вся жизнь, при этом часто не я рассказывала, а сам батюшка как бы вспоминал некоторые важные случаи и поступки. Все время была мысль: «А вдруг я что-нибудь забуду или не так объясню». Но чем дальше, тем больше и больше чувствовалось, что батюшке объяснять ничего не нужно, он сам объяснял, почему и отчего то или другое случилось в моей жизни. Наконец батюшка спросил:

— А ты хочешь завтра приступать к божественному Причащению?

— Да, да, батюшка.

— Ну, так подойди к Божественной Благодати, - и подвел меня к иконам. Я подумала: «Вот сейчас начнется исповедь». Вдруг почувствовала епитрахиль на голове и услышала слова разрешительной молитвы...»

Известен рассказ об исповеди у отца Нектария женщины, которая не исповедовалась с детства. От церкви она была далека и к старцу попала случайно, сопровождая больного мужа. Старец произвел на нее сильное впечатление, и, когда предложил ей исповедаться, она согласилась. Он подвел ее к иконам: «Стой здесь и молись!» - а сам ушел к себе в келью. Стоит она, смотрит на иконы и не нравятся они ей - нехудожественные, и даже лампадка кажется никчемной. В комнате тихо, и только за стеной старец ходит, чем-то шелестит. И вдруг почувствовала она грусть и умиление и невольно незаметно начала плакать. Слезы застилали ей глаза, она уже не видела икон и лампадки, а только радужное облако перед глазами, за которым ощущалось Божие присутствие. Когда вошел старец, она стояла вся в слезах.

— Прочти «Отче наш», - велел. Кое-как, запинаясь, прочла.

— Прочти «Символ веры».

— Не помню.

Тогда старец сам стал читать и после каждого члена спрашивал: «Веруешь ли так?» На первые два ответила: «Верую!» Как дошло до третьего члена, то сказала, что не понимает его, а к Богородице ничего не чувствует. Батюшка укорил ее и велел молиться о вразумлении Царице Небесной, чтобы Та Сама ее научила, как понимать Символ веры. И про большинство других членов Символа веры женщина говорила, что не понимает их и никогда об этом не думала, но плакала горько и все время ощущала, что ничего скрыть нельзя и бессмысленно было бы скрывать, и что с ней вот сейчас как бы прообраз Страшного Суда. Старец о личных грехах ее спрашивал, как ребенка. Так, что она стала отвечать ему с улыбкой сквозь слезы, и потом простил ей все грехи с младенчества до сего часа.

Одна из духовных дочерей отца Нектария рассказывала об исповеди у старца: «Вечером идти на исповедь к батюшке. Грехи записала, а раскаяния нет».

Батюшка встречает:

— Давай с тобой помолимся! - и стал говорить, - Господи, помилуй!

Она начала почти бессознательно повторять. А он все выше берет: «Господи, помилуй!» И такой

это был молитвенный вопль, что та вся задрожала. Тогда он поставил ее перед иконами и сказал: «Молись!» А сам ушел к себе. Она молится, а как голос слабеет, батюшка произносит из-за двери: «Господи, помилуй!» Лишь когда она греховность свою осознала, он вышел и стал ее исповедовать.

— Батюшка, - говорит, - я записала грехи.

— Умница! Ну прочти их.

Она прочла с сокрушением.

— Сознаешь ли, что грешна во всем этом?

— Сознаю, батюшка, сознаю.

— Веришь ли, что Господь разрешит тебя от всех твоих грехов?

— Батюшка, я имею обиду на одно лицо и не могу простить.

— Нет, ты это со временем простишь. А я беру все твои грехи на себя.

И прочел разрешительную молитву. «Причащение было чудным и торжественным», - вспоминала та исповедница.

Однажды старец просил молиться о нем свою духовную дочь. Сказал, что уныл, скорбен, утратил молитву. Она удивилась: «Батюшка, неужели и у вас бывает тягота на душе? Я думала, что вы всегда в молитве и в духе радости». Батюшка ответил на это, что случаются ошибки: иногда скажешь что-то от себя, неправильно решишь вопрос чужой жизни. «Иной раз строго взыщешь на исповеди или, наоборот, не дашь епитимий, когда следовало бы дать, и за все это бывает наказание, благодать Божия отступает на время и мы страдаем».

Пришел к нему на исповедь архимандрит Beниамин (Федченков), впоследствии митрополит. А старец его не принимает: «Нет, я не могу вас исповедовать. Вы человек ученый. Вот идите к скитоначальнику нашему отцу Феодосию, он образованный». Отец Вениамин стал возражать, что образованность здесь не имеет важности. Но старец Нектарий твердо повторил совет - идти через дорожку налево к отцу Феодосию. Он пришел к скитоначальнику и рассказал об отказе старца его исповедовать, передал совет идти на исповедь к образованному отцу Феодосию.

«Ну, какой я образованный, - ответил он, - окончил всего второклассную школу. И какой духовник! Правда, когда у старцев много народа, принимаю иных и я. Да ведь что же я говорю им? Больше из книг наших же старцев или святых отцов. Ну, а батюшка Нектарий - старец по благодати и от своего опыта. Нет уж, вы идите к нему и скажите, что я благословляю исповедовать вас».

«Вот и хорошо, слава Богу», - сказал старец, когда тот вернулся. Будто он и не отказывался прежде, и тем показал, что послушание старшим в монастыре обязательно и для старцев. И может быть, даже в первую очередь, как святое дело и пример для других. «И началась исповедь, - писал отец Вениамин, - к сожалению, я теперь решительно ничего не помню о ней. Одно лишь осталось, что после этого мы стали словно родными по душе».

Как-то спросили старца, должен ли он брать на себя страдания и грехи приходящих к нему, чтобы облегчить их или утешить. «Иначе облегчить нельзя, - ответил он. - И вот чувствуешь иногда, что на тебе словно гора камней - так много греха и боли принесли тебе, и прямо не можешь снести ее. Тогда приходит благодать и разметывает эту гору камней, как гору сухих листьев. И можешь принимать снова».