В 1942 году, при появлении реальной возможности вытеснения из Крыма армии генерал-полковника Эриха фон Манштейна и снятия блокады Севастополя, Мехлис был направлен на Крымский фронт. На замнаркома обороны и начальника Главного Политуправления возлагалась задача «оказать помощь Кавказскому фронту в районе Крыма» в качестве представителя Ставки Верховного главнокомандования.

На фронт Мехлис прибыл 20 января. Нужно отметить, что к тому моменту первая фаза операции уже была проиграна советскими полководцами. Наши лишились инициативы и вынуждены были перейти к обороне на Ак-Монайских позициях, примерно в 80 км к западу от Керчи.

Зачем Мехлис прибыл в Крым? Уточнений к плану действий у него не было. Сам Лев Захарович предполагал, что Сталин ждёт от него решительного вклада в изменение ситуации на полуострове. «Мы закатим немцам большую музыку», – так выразил свой настрой армейский комиссар 1-го ранга в разговоре с заместителем начальника Генштаба Василевским.

О той роли, которую стал играть Мехлис в делах Крымского фронта, можно получить представление из телеграммы командующего фронтом генерала Козлова в адрес того же Василевского: «По распоряжению тов. Мехлиса все оперативные планы, директивы и иные распоряжения войскам фронта проверяются и санкционируются им. Следует ли в данном случае представлять на утверждение Народному Комиссару оперативные планы, свои предложения о предстоящей деятельности войск или все указания по всем вопросам жизни и деятельности войск получать от него непосредственно на месте?»

Сам Мехлис уже через два дня с момента прибытия в своём стиле «разобрался» в ситуации. Из доклада Сталину: «Прилетели в Керчь 20.01.42 г… Застали самую неприглядную картину организации управления войсками… Комфронта Козлов не знает положения частей на фронте, их состояния, а также группировки противника. Ни по одной дивизии нет данных о численном составе людей, наличии артиллерии и минометов. Козлов оставляет впечатление растерявшегося и неуверенного в своих действиях командира. Никто из руководящих работников фронта с момента занятия Керченского полуострова в войсках не был…»

С Козловым Мехлис вступил в конфронтацию, стремясь оставлять за собой последнее слово в решении и боевых задач. По инициативе Мехлиса фронт захлестнули репрессии – практиковались как освобождение от должностей и аресты, так и расстрелы. И без того напряжённая обстановка дополнительно ухудшилась. Среди военных нововведений выделялись перемещение тыловых подразделений в непосредственную близость от передовой, выдвижение артиллерии в боевые порядки пехоты и приказ отказаться от окопов из-за их отрицательного влияния на боевой дух наших войск.

Мехлис требовал от военного командования скорейшего наступления, которое в итоге началось 27 февраля 1942 года. На стороне наших солдат было ощутимое преимущество в военной силе (13 дивизий против трех вражеских). Но наступление провалилось. Уже на следующий день немцы вернули то немногое, что красноармейцы заняли накануне. Вот как писал о событиях тех дней очевидец, военный корреспондент «Красной звезды» Константин Симонов: «Метель вместе с дождём, всё невероятно развезло, всё буквально встало, танки не пошли, а плотность войск, подогнанных Мехлисом, который руководил этим наступлением, подменив собой фактически командующего фронтом безвольного генерала Козлова, была чудовищная. Всё было придвинуто вплотную к передовой, и каждый немецкий снаряд, каждая мина, каждая бомба, разрываясь, наносили нам громадные потери… В километре – двух – трёх – пяти – семи от передовой всё было в трупах… Словом, это была картина бездарного военного руководства и полного, чудовищного беспорядка. Плюс к этому – полное небрежение к людям, полное отсутствие заботы о том, чтобы сохранить живую силу, о том, чтобы уберечь людей от лишних потерь…»

2 марта в Ставку было доложено, что дороги непроходимы и целесообразнее перейти в наступление после подсыхания грунта. 5 марта пришёл приказ о возобновлении наступления без дополнительных указаний при улучшении состояния дорог. С 13 апреля возобновились безуспешные попытки прорыва Красной Армией Кой-Асанского узла обороны немцев. С 11 апреля такие попытки были прекращены.

С февраля по апрель число потерь превысило 225 тыс. человек. Мехлис требовал нового «пушечного мяса», которое быстро уничтожалось немецкой артиллерией. Только за март и апрель он затребовал почти 2,5 тыс. новых политработников. Причины неудач представитель Ставки по привычке стремился выискивать в ком угодно, только не в себе. Мехлис неоднократно старался убедить Сталина в необходимости сменить комфронта Козлова:

1. «…Вследствие того, что и сам командующий Козлов – человек невысокой военной и общей культуры, отягощать себя работой не любит, исходящие от командования документы редакционно неряшливы, расплывчаты, а иногда искажают смысл. Во избежание неприятностей их приходится часто задерживать для исправления».

2. «Я долго колебался докладывать Вам о необходимости сменить командующего фронтом Козлова, зная наши трудности в командирах такого масштаба. Сейчас я всё же решил поставить перед Ставкой вопрос о необходимости снять Козлова», который «ленив, неумён», «обожравшийся барин из мужиков», «опасно лжив». Кропотливой, повседневной работы не любит, а поездки в войска «для него наказание». Это уже из доклада Мехлиса И. В. Сталину от 29 марта 1942 года. Там же он подчёркивает свою роль в управлении Крымским фронтом: «Если фронтовая машина работает в конечном итоге сколько-нибудь удовлетворительно, то это объясняется тем, что фронт имеет сильный военный совет, нового начштаба, да и я не являюсь здесь американским наблюдателем, а в соответствии с Вашими указаниями вмешиваюсь в дела. Мне кажется, что дальше оставлять такое положение не следует, и Козлова надо снять».

Характеризуя обстановку, которая сложилась в Крыму к апрелю 1942-го, уместно привести фрагмент из воспоминаний наркома Военно-Морского Флота адмирала Кузнецова: «И вот мы в штабе фронта. Там царила неразбериха. Командующий Крымским фронтом Д. Т. Козлов уже находился «в кармане» у Мехлиса, который вмешивался буквально во все оперативные дела. Начальник штаба П. П. Вечный не знал, чьи приказы выполнять – командующего или Мехлиса. Маршал С. М. Будённый тоже ничего не смог сделать. Мехлис не желал ему подчиняться, ссылаясь на то, что получает указания прямо из Ставки».

При этом инструментарий Мехлиса всегда был примерно один и тот же: так, 2 апреля в шифровке особой важности на имя Сталина и Берии Мехлис просит «зачистить» Новороссийск от подозрительных лиц, сделать город закрытым и вывести оттуда (как и из Керчи) лагеря НКВД, в которых находились красноармейцы, побывавшие в немецком плену. Возможное общение этих лиц с новобранцами, едущими на фронт, представлялось ему недопустимым. Симптоматична тут реакция Сталина: «Т-щу Берия. Правильно! Нужно прочистить также Тамань и Темрюк. В Новороссийске создать такую обстановку, чтобы ни одна сволочь и ни один негодяй не могли там дышать. О принятых мерах сообщите. И. Сталин».

Мехлис отважно воевал и с немецкими военнопленными. Из письма сыну: «В городе Керчи до 7 тыс. трупов гражданского населения (до детей включительно), расстреляны все извергами фашистами. Кровь стынет от злости и жажды мстить. Фашистов пленных я приказываю кончать. И Фисунов тут орудует хорошо. С особым удовлетворением уничтожает разбойников».

Уже цитировавшийся выше Константин Симонов характеризовал Мехлиса так: «Это был человек, который в тот период войны не входя ни в какие обстоятельства, считал каждого, кто предпочел удобную позицию в ста метрах от врага неудобной в пятидесяти, – трусом. Считал каждого, кто хотел элементарно обезопасить войска от возможной неудачи, – паникёром; считал каждого, кто реально оценивал силы врага, – неуверенным в собственных силах. Мехлис, при всей своей личной готовности отдать жизнь за Родину, был ярко выраженным продуктом атмосферы 1937–1938 годов».