Своими планами Брусилов поделился с дядей — богатым московским землевладельцем Б. А. Брусиловым. Будущее плавание приобретало черты коммерческого предприятия: пробиваясь Северным морским путём, Брусилов рассчитывал попутно вести добычу морского зверя, что, по его мнению, окупило бы расходы на экспедицию и даже принесло бы прибыль. Предполагаемая смета расходов на снаряжение экспедиции составила почти 90 тысяч рублей.

В Англии была куплена трёхмачтовая парусно-моторная шхуна «Пандора», переименованная в «Святую Анну», водоизмещением в 570 тонн, построенная ещё в 1867 году. Несмотря на почтенный возраст, это было крепкое и хорошо приспособленное к плаванию в Арктике судно. На ней Брусилов планировал за одну навигацию пройти из Петербурга вокруг Скандинавии, далее по Северному морскому пути с запада на восток и в 1913 году завершить плавание во Владивостоке. На всякий случай на шхуну был погружен полуторагодовой запас продовольствия. Однако Брусилов практически не имел опыта плавания в полярных водах, как не имел его и штурман «Святой Анны» Валериан Альбанов. Кроме того, ни Брусилов, ни Альбанов не были знакомы друг с другом. Как попал Альбанов на шхуну, мы не знаем — скорее всего случайно. На первых порах Брусилов никак не выделял штурмана среди прочих участников экспедиции. Альбанов выдвинулся на первый план уже тогда, когда «Святая Анна» оказалась в условиях критических…

28 июля 1912 года «Анна» вышла из Петербурга. Тогда ещё никто не знал, что погодные условия в 1912 году выдались крайне неблагоприятные. Льды блокировали проливы, и ещё ни одному судну не удалось пройти в Карское море.

Шхуна обогнула Скандинавский полуостров, зашла в Александровск, где загрузилась углём и продовольствием, и двинулась в Карское море. Моряки кораблей, стоявших у забитого льдами пролива Югорский Шар, видели, как шхуна входила в узкий проход…

«Святая Анна» не пришла во Владивосток ни в 1913-м, ни в последующие годы. Она бесследно исчезла…

…Летом 1914 года с корабля «Святой Фока», возвращавшегося из похода к Северному полюсу после гибели начальника экспедиции, Георгия Седова, заметили во льдах, возле Земли Франца-Иосифа, две человеческих фигуры. Вскоре на борт «Святого Фоки» вскарабкались по штормтрапу измождённые люди в сильно изношенной одежде.

— Я Альбанов… штурман «Святой Анны», — произнёс один из них срывающимся голосом. — Я прошу у вас помощи, у меня осталось четыре человека на мысе Гранта…

Штурман Альбанов рассказал, что «Святая Анна» вмёрзла в лёд у берегов полуострова Ямал. Сначала всё шло благополучно, но потом среди команды началась поголовная болезнь. Как обычно принято считать, это была цинга, хотя в то время на судне имелись достаточные запасы доброкачественной витаминизированной пищи. Дай на борту шхуны люди, знакомые с признаками цинги, не могли понять, что происходит. «…Странная и непонятная болезнь, захватившая нас, сильно тревожит», — записано в судовом журнале 4 (17) января 1913 года. В последнее время выдвинута обоснованная версия: это был трихинеллёз. Известно, что экипаж «Святой Анны», экономя провиант, охотился на белых медведей, а они, как установили уже в наше время паразитологи, почти поголовно заражены трихинеллёзом…

К весне болезни пошли на убыль. Появилась надежда, что шхуна сможет продолжать плавание. Однако сколько ни старались обессилевшие за время трудной зимовки моряки освободить судно от цепко державших его льдов, всё было тщетно. Было ясно, что проект коммерческого предприятия терпит крах, и средства, вложенные в экспедицию, не окупятся. Брусилова это очень угнетало. Для него было очевидно, что неудача экспедиции вызовет по возвращении домой неприятные разбирательства с родственниками-компаньонами.

Летом 1913 года прочно вмёрзшая во льды «Святая Анна» находилась в высоких широтах, в северной части пролива между Новой Землёй и Землёй Франца-Иосифа, дрейфуя в северо-западном направлении. Ледовое поле, в которое вмёрзла шхуна, оказалось очень обширным и прочным. Вокруг появлялось много разводий, до ближайшей полыньи было всего каких-нибудь 400 метров, но сколько ни пытались моряки продолбить к ней канал, взрывая лёд порохом — всё было тщетно. Стало очевидным, что второй зимовки не миновать.

Она началась с яростной стычки между Брусиловым и Альбановым. После этого они уже не могли вообще разговаривать друг с другом спокойно. Взаимная неприязнь усиливалась. Наконец, Брусилов отстранил Альбанова от обязанностей штурмана и не стал возражать, когда тот задумал покинуть дрейфующий корабль, чтобы попытаться достичь суши.

В начале января 1914 года Альбанов официально обратился к Брусилову с просьбой отпустить его: он уйдёт по плавучим льдам к Земле Франца-Иосифа. Брусилов разрешил штурману покинуть корабль. Желание уйти вместе с Альбановым высказала большая часть экипажа. Брусилов попытался разубедить матросов, говоря, что летом, если «Анна» не освободится из ледового плена, они покинут судно на шлюпках и пойдут к Земле Франца-Иосифа. Но Альбанов заявил, что на это надеяться наивно, и уходить надо сейчас. Его поддержала почти вся команда. В сердцах Брусилов заявил, что «они могут отправляться хоть все». Фактически это был бунт на корабле…

Надо отметить, что в тот момент риск погибнуть был одинаков для уходящих и остающихся. Было очевидно, что если «Святая Анна» не освободится из ледового плена летом 1915 года, то продовольствия для третьей зимовки на всех уже не хватит. Уход части команды теоретически мог облегчить положение оставшихся: они либо выведут корабль к чистой воде и пробьются к берегу, либо погибнут вместе с судном. Ушедшие же либо пройдут по дрейфующим льдам к суше, либо погибнут во льдах.

Альбанов и Брусилов расстались 10 (23) апреля 1914 года. В этот день «Святая Анна» находилась севернее Земли Франца-Иосифа, в точке с координатами 83°17 с. ш. и 60° в. д. С Альбановым ушло 13 человек — почти все строевые матросы. На «Святой Анне» остались начальник экспедиции лейтенант Г. Л. Брусилов, сестра милосердия Е. А. Жданко, боцман, стюард, повар — общим счётом 10 человек.

Альбанов вёл подробный дневник своего похода, закончившегося встречей с командой «Святого Фоки». Этот дневник повествует о невероятных трудностях и тяжёлых потерях. Арктика не прощала слабости и ошибок. Но ни штурман, ни его спутники прежде не ходили во льдах. У них не было собак, они сами тянули за собой сани с установленными на них каяками.

Люди в группе, покинувшей шхуну, были деморализованы и тяжёлыми испытаниями, доставшимися на их долю, и нервозной обстановкой на судне, и «бунтом» против капитана, так что теперь их не могла объединить даже общая цель — стремление достичь земли. Трое — Пономарёв, Шахнин и Шабатура — на одиннадцатый день похода решили вернуться на корабль. Больше их не видели. 5 мая умер один из матросов. 17 июня Конрад и Шпаковский, обокрав товарищей и забрав с собой часть продовольствия, лучшую одежду и документы, бежали из лагеря. Возмущённые матросы кинулись было в погоню, но Альбанов удержал их.

Льды, по которым шёл отряд, дрейфовали так, что людей могло пронести мимо Земли Франца-Иосифа в открытый океан, навстречу неминуемой гибели. Об этом знал только Альбанов как штурман, определявший местонахождение отряда. Люди, изнурённые двумя зимовками, и без того были в подавленном настроении, а страшная правда совсем подкосила бы их.

В один из дней штурман увидел на горизонте два розоватых облачка. Другие уплывали, таяли, а эти не меняли форму. Неужели земля? Да, это был неизвестный остров. Но на пути к нему лежали полыньи, а берег обрывался отвесным ледником, гладким и скользким…

Альбанову удалось найти в стене трещину, забитую снегом. Вырубая во льду ступени, задыхаясь, падая, люди вытащили наверх тяжёлые нарты и каяки.

Впервые за два года под ногами моряков была земля. За ледником непривычно чернели камни, среди них — птичьи гнёзда. Здесь же моряки «Святой Анны» нашли сложенный из камней гурий, под которым лежала записка, извещающая о том, что экспедиция английского путешественника Джексона в 1897 году отправилась для поисков новых земель и благополучно прибыла сюда, на мыс Гармсуорт. Так вот куда, оказывается, вышел отряд: на западную оконечность последнего из островов архипелага Франца-Иосифа!

28 июня группа Альбанова наткнулась на Конрада и Шпаковского. Матросы готовы были убить дезертиров на месте. Последнее слово было за Альбановым, который в своё время обещал собственноручно пристрелить их. А сейчас…

«Простить, — говорит штурман. — Ради прихода на землю…» Конрад и Шпаковский теперь должники штурмана — он спас им жизнь.

Идя от острову к острову, группа разделилась: каяков на всех не хватало. Пятеро шли пешком по берегу, четверо плыли по морю, приняв на каяки основной груз. Сначала умер Нильсен. Затем к условленному месту встречи не пришла вся пешая партия — она пропала где-то на мысе Гранта…

С оставшимися тремя спутниками Альбанов поплыл на двух каяках через широкий пролив к мысу Флора, где он надеялся найти зимовье. Внезапно налетел ветер. Некоторое время Альбанов ещё видел второй каяк, в котором находились Луняев и Шпаковский, но потом он исчез, унесённый штормом. Остались двое, Альбанов и Конрад. Они едва не погибли, свалившись в ледяную воду с айсберга, на котором искали защиту от шторма. Быстро забравшись в каяк, они стали грести, что было сил, пытаясь хоть немного согреться. Добравшись до покрытого льдом островка, принялись бегать и плясать — два посиневших от холода, грязных дикаря с безумными глазами.

Конрад обморозил пальцы на ногах. Альбанова всю ночь трясла жестокая лихорадка.

Утром, когда немного пригрело, обоих стала валить с ног сонливость. Альбанов знал: если заснёшь — конец. Они сели в каяк и после нового трудного перехода, наконец, высадились на мысе Флора.

Увидели сначала шест, потом бревенчатый дом. У дома стоял амбар, возле него — запорошённые снегом кучи ящиков. Альбанов отодрал доску: там лежали сухари и консервы!

На стене дома и на дверях был и надписи: «Первая Русская полярная экспедиция лейтенанта Седова». Далее сообщалось, что экспедиция прибыла на мыс Флора в августе 1913 года и отправилась дальше.

Альбанов знал, что лейтенант Георгий Седов ушёл на север, к полюсу, в тот же год, когда «Святая Анна» покинула Петербург. Возможно, полагал Альбанов, что «Святой Фока» зайдёт сюда, на мыс Флора, во время возвращения. И штурман не ошибся…

Но что случилось со «Святой Анной» и людьми, оставшимися на ней (если, конечно, они ещё были живы)?

Судьба «Святой Анны», по всей вероятности, никогда не прояснится. Наиболее вероятно, что и шхуна, и оставшаяся на ней часть экипажа, включая Брусилова, погибли. Учитывая состояние людей, болезни и нехватку продуктов, это вряд ли произошло позднее 1915 года. Впрочем, это вовсе не означает, что само судно обязательно должно было пойти на дно — вмёрзшее во льды, оно могло дрейфовать с мёртвым экипажем на борту по крайней мере ещё несколько лет.

Если направление дрейфа не изменилось, то летом 1915 года «Святую Анну» вынесло в Гренландское море, к северным берегам Гренландии. Вспомним, что Брусилов планировал покинуть вмёрзшее в лёд судно на шлюпках и уйти к ближайшей земле. Может быть, эта попытка оказалась неудачной и он и его спутники погибли где-то у побережья Гренландии? Или «Святая Анна» вместе с остатками экипажа потерпела крушение в этих неприветливых водах, где состояние льдов в это время года бывает крайне неблагоприятным для плавания? Или течения унесли шхуну так далеко к полюсу, что она на долгие годы попала в круговое движение ледовых полей в приполярных широтах (а такие примеры имеются)?

На рубеже 1970–1980-х годов была высказана очень любопытная гипотеза о возможных обстоятельствах гибели «Святой Анны». Как известно, в августе 1914 года началась Первая мировая война, и «Святая Анна», вынесенная течениями в Северную Атлантику предположительно в 1915 году, экипаж которой ничего не знал о начавшейся войне, могла попросту стать жертвой германской подводной лодки — ведь шхуна шла под русским флагом. Авторы этой версии Д. А. Алексеев и П. А. Новокшонов сумели заинтересовать немецких исследователей и архивистов, и те приступили к поискам. Но никаких находок, способных пролить свет на судьбу «Святой Анны», не обнаружено.