В июле – августе 1944 года вслед за войсками 3-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов на территорию Литвы вступили подразделения внутренних войск НКВД. В их задачу входила очистка прифронтовой полосы и освобожденной территории от отставших солдат и офицеров германских частей, мародеров, дезертиров, вражеской агентуры, антисоветских элементов, пособников противника. И это было остро необходимо, поскольку в этот период заметно активизировались антисоветские силы.

В августе 1944 года на территорию республики вошла 4-я стрелковая дивизия НКВД под командованием генерал-майора Павла Ветрова. Сначала на территории Литвы дислоцировались четыре полка: 137-й, 25-й, 298-й и 261-й. В начале 1946 года к ним присоединились 32-й и 273-й полки, затем в марте 34-й, 262-й и 285-й. В конце 1946 года на территории республики базировались восемь полков: 25-й, 32-й, 34-й, 137-й, 261-й, 273-й, 298-й и 353-й. Все они были выведены после апреля 1951 года. Затем три из них (25-й, 137-й и 273-й) были ориентированы на охрану государственной границы. Оставшиеся пять полков в августе 1951 года были преобразованы в подразделения, предназначенные для проведения специальных операций. Они существовали до 1953 года, когда на территории Литвы были ликвидированы все повстанческие формирования.

В Литве в силу ряда причин было самое многочисленное (среди прибалтийских республик) повстанческое движение. Например, весной 1945 года в нем участвовало до 30 тысяч человек. А в целом в послевоенные годы «партизанило» или скрывалось в лесах около 70–80 тысяч человек. Для сравнения, по состоянию на 1 января 1946 года в Латвии действовало 64 бандформирования общей численностью 753 человек, в Эстонии – 55, численностью 428 человек.

Для ликвидации националистического повстанческого движения в Литве в декабре 1944 года был образован штаб главного руководства, который координировал деятельность по этим вопросам с командованием соединений и частей Красной армии, дислоцировавшихся на территории Литвы

В феврале 1945 года пять полков НКВД вместе с наступающими войсками Красной армии из Литвы были переброшены в Восточную Пруссию. Часть из них (13-й, 86-й и 132-й) в июне 1945 года были возвращены обратно, а остальные расформированы – в связи с окончанием Великой Отечественной войны. Войска НКВД охраны тыла 1-го Прибалтийского фронта (31-й, 33-й и 216-й полки) также сначала разместили на территории республики, потом их отправили в Восточную Пруссию, а затем снова вернули обратно. Правда, потом 216-й пограничный полк заменили на 217-й пограничный полк, который входил в состав Белорусского фронта. Из Латвии в Литву в июне 1945 года перебросили 12-й и 13-й пограничные полки. Затем 217-й пограничный полк был преобразован в 220-й пограничный полк. Его не отправили в Восточную Пруссию, зато его военнослужащим пришлось участвовать в ликвидации повстанческих отрядов.

В течение 1944–1945 годов в ликвидации «лесных братьев» участвовали семь пограничных полков: сначала 94-й, 95-й, 97-й, 23-й, а затем 113-й, 115-й и 116-й. Первые четыре из них участвовали в контрпартизанской борьбе до февраля 1945 года, затем 23-й полк направили для охраны побережья Балтийского моря, охранять границу между Литвой и Восточной Пруссией назначили 97-й и частично 95-й полк. А обеспечение непроходимости границы между Литвой и Польшей возложили на 94-й и 95-й полки. Эти подразделения, численностью до 1000 человек, боролись с «лесными братьями» в пограничной полосе шириной 50–70 км, а также ловили тех, кто пытался тайно перейти сухопутную границу. К концу 1947 года, когда граница была полностью оснащена инженерно-техническими средствами охраны, оборудована минными полями и пограничными постами, нелегально пересекать ее стало очень опасно. Это привело к тому, что западные разведки были вынуждены забрасывать своих агентов морским или воздушным путем.

Части и подразделения 4-й стрелковой дивизии внутренних войск НКВД (при содействии соединений и частей Красной армии) участвовали с 1944 года по 1945 год в 1764 операциях и 1413 боевых столкновениях. В ходе них было убито и захвачено в плен 30 596 повстанцев и собрано 17 968 единиц стрелкового оружия.