Московская смута — стрелецкие волнения и внутридинастические распри — эхом отозвалась не только на юге России, но и за рубежом. Недруги радовались невзгодам россиян. Польша опять подала голос, пытаясь снова распространить свою власть на всю Украину.

Однако вскоре и в Малороссии, и в Польше узнали, что московская смута прекратилась. Хотя новое правительство было странным по форме, оно стало довольно сильным благодаря лицам, на которых опиралась царевна-правительница. Федор Леонтьевич Шакловитый крепко держал в своих руках московских стрельцов. Однако выше всех поднялся новгородский наместник Василий Васильевич Голицын — первое лицо в правительстве после царевны. 19 октября 1683 г. Голицын получил титул, который когда-то носили Ордин-Нащокин и Матвеев, —«царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель». Главной обязанностью Голицына стало теперь блюсти интересы России в сношениях с иностранными державами. Он эту миссию выполнял неплохо.

В начале 80-х годов в Европе происходили события большой значимости. В июле 1683 г. 200-тысячное турецкое войско перешло границы Австрии и устремилось на Вену. Объединенные австрийские войска одержали над Турцией убедительную победу. Но в Стамбуле снова готовились к походу. Западные дипломаты хотели втянуть в эту войну и Россию, предлагая завоевать Крым. Против Турции был заключен «священный союз», который поддержала Россия. Но московское правительство спешило вооружиться не столько против турок, сколько против крымских татар. В 1682 г., к примеру, татары схватили русского посланника Тараканова, стали бить и пытать, требуя подарков. Софья сообщила хану, что теперь русских посланников он в Крыму не увидит, а переговоры будут вестись только на границах ханства.

В 1686 г. произошел исторический поворот в отношениях между Россией и Польшей. Две державы подписали договор о «вечном мире» с целью совместной защиты от турецко-крымско-татарских нашествий. Россия начала готовиться к первому крымскому походу.

Во главе 100-тысячного русского войска выступил князь Василий Голицын. В мае 1687 г. к Голицыну присоединилось 50-тысячное войско гетмана Ивана Самойловича. Стоял жаркий июль. Постоянно возникали степные пожары, не было воды. Русское войско шло на юг, а противник все не показывался. Произошла размолвка русских воинов с казаками, которых обвинили в том, что они якобы подожгли степь, боясь покорения Крыма, так как на этом могла бы закончиться для казаков их вольность.

Русские войска остановились и решили, так и не увидев татар, возвратиться на родину.

Софья испугалась неудачи похода. Враги Голицына торжествовали. Настоящей опорой в Москве у Голицына был думный дьяк, начальник Стрелецкого приказа Федор Шакловитый. Правительница послала его к Голицыну на Украину. Но еще до приезда Шакловитого люди, ненавидящие Самойловича, хотели свалить всю вину за неудачу на одного гетмана. 7 июля при объезде войска Голицыну был подан на Самойловича донос. Голицын отослал донос в Москву. Между тем войско продолжало двигаться обратно, теряя людей. Лишь 12 июля к нему с новым подкреплением прибыл Шакловитый. 16 июля русские раскинули стан недалеко от Полтавы. Шакловитый убыл в столицу. Пришел указ, определивший судьбу Самойловича. Москва не верила доносу, и в то же время не хотела оставлять Самойловича в гетманстве — боялись бунта казаков. Голицын дал указание арестовать гетмана. Его схватили и на другой день судили. Самойлович отверг все обвинения казаков. Тогда казаки хотели учинить над гетманом физическую расправу, но Голицын сдержал их и отдал гетмана и его сына Якова под охрану стрелецких полковников.

После этого казаки начали разговор о выборе нового гетмана, но Гадяцкий полк поднял бунт. Его старшин взяли под стражу. Знатнейшие казаки начали осведомляться у Голицына, кого бы ему больше всего хотелось видеть в гетманах. Голицын намекнул им, что ему больше всего нравится Иван Степанович Мазепа. 25 июля собрали казацкий Круг, на котором гетманом Украины избрали Мазепу. Он в благодарность за это дал Голицыну 10 тысяч рублей.

Таким образом, на Украине дело уладилось. Взоры Голицына обратились на Москву. Несмотря на неудачный крымский поход, столица встретила Василия Васильевича как победителя. В Москве Голицын и его сын Алексей оставались, как и прежде, могущественными.

Василий Голицын стал готовиться ко второму походу на Крым, тем более что хан мстил России за первый, опустошая юг страны. В это время австрийцы и венецианцы нанесли поражение туркам. Султан Магомет IV был свергнут, его место занял брат Сулейман II.

В сентябре 1688 г. в Москве было объявлено о новом походе на крымских татар. В феврале 1689 г. 112-тысячное войско двинулось в степь. Недалеко от Перекопа, в середине мая, татары встретили Голицына. Они стремительно напали на русское войско, но были остановлены пушками. Голицын поспешил послать известие Софье. 20 мая русские войска подошли к Перекопу. Можно было брать крепость штурмом, но войска уже двое суток стояли у ее стен без воды. Голицын начал мирные переговоры с ханом. Он дал знать Софье о своем возвращении от Перекопа. Ослепленная страстью, Софья была в восторге, что «свет ея Василий» избег страшной опасности и возвращается «по-здорову» из степного похода.

Таково было участие России, Австрии, Польши и Венеции в «священном союзе» против Турции. Результаты похода русского войска были ничтожны по сравнению с численностью ратных людей, издержками на приготовления. Но нельзя сказать, что эти походы были совершенно бесполезными, ибо они отвлекли крымского хана от помощи туркам в других местах.

Царь Петр Алексеевич подрос. Ему еще не исполнилось и 17 лет, когда его 27 января 1689 г. царица Наталья Кирилловна женила на дочери окольничего Федора Авраамовича Лопухина — Евдокии. Отец царской невесты, по обычаю, изменил свое старое имя Илларион на Федор.

Русская пословица «Женится — переменится» относительно Петра не исполнилась. Он по-прежнему рвался из дома от матери и от молодой жены. Софья понимала, что ее власть тает, и она решилась на троевластие. В государственных бумагах свое имя Софья стала упоминать вместе с именами обоих братьев.

По мере возмужания Петра росли надежды и его матери Натальи Кирилловны на воцарение сына. Самыми приближенными ее людьми были бояре Лев Кириллович Нарышкин, Андрей Артамонович Матвеев и князь Борис Алексеевич Голицын. Князь Василий Васильевич Голицын и думный дьяк Федор Леонтьевич Шакловитый оставались самыми близкими людьми царевны Софьи.

В 1689 г. Петр открыто стал выступать против Софьи. 8 июля в соборе между Петром и сестрой произошла размолвка. Петр, рассердившись на Софью, уехал из Москвы. 25 июля, когда Петра ждали в Москве по случаю именин старшей царевны Анны Михайловны, 50 стрельцов тайно стояли у Красного крыльца с наказом слушать набат, которым будет дан знак, если над государыней Софьей будет «хитрость чинится». Хитрость не учинилась, но Петр резко высказался по поводу необоснованного награждения Василия Голицына за крымский поход.

В войске единства также не было. За царя Петра выступили пятисотенный стрелецкого полка Ларион Елизарьев, пятидесятники Мельнов и Ульфов. Часть начальствующего состава стрельцов, во главе с Шакловитым, стояла за Софью.

Жители в Москве пришли в ужас, когда узнали, что 8 августа Петр уехал из подмосковного села Преображенского и находится в Троице-Сергиевой лавре. В лавру потянулся военный люд. Петр приказал стрельцам покинуть Москву и идти к нему. Многие из них повиновались, и он выступил перед войском.

Софья решила тоже ехать в лавру, но в селе Воздвиженском (в 10 верстах от лавры), где семь лет назад она велела казнить Ивана Андреевича Хованского, царевну встретил стольник Иван Иванович Бутурлин и от имени великого государя объявил, чтобы Софья приостановила свой путь. Это же решение подтвердил прибывший туда князь Иван Троекуров. В селе Воздвиженском появился отряд вооруженных людей Петра.

Софья поспешно возвратилась в Москву и стала уговаривать стрельцов поддержать ее против брата.

1 сентября Петр потребовал выдачи Федора Шакловитого и старца Сильвестра Медведева (бывшего подъячего Приказа Тайных дел). Софья отказалась. Правительница собрала в Кремле своих близких людей и произнесла перед ними «длинную прекрасную речь». В столице отменили празднование Нового года — царь Иоанн был нездоров, патриарх находился в лавре, Софье было не до праздника. Шакловитый был при правительнице. Голицын вместо решительных действий в этот критический момент вел активную переписку с родственниками.

Петр снова настойчиво повторил свое требование. Стрельцы стали роптать, возмущаться неуступчивостью Софьи. 4 сентября по царскому указу Петра все служилые иноземцы покинули Москву и ушли к лавре. 6 сентября стрельцы потребовали у Софьи, чтобы она выдала им Шакловитого. Царица испугалась и выдала его. Медведев успел скрыться. Все бояре уехали к Петру, с Софьей остался лишь один Василий Голицын.

7 сентября Шакловитого доставили в Троице-Сергиеву лавру. Допросили, пытали, он выдал всех. В тот же день к Петру прибыл Василий Голицын. Его лишили боярства и сослали с женой и детьми. 11 сентября главные сообщники Софьи — начальник Стрелецкого приказа Федор Шакловитый, стрелец Абросим Петров и стрелец Кузьма Чермный — были казнены; пятисотенного Муромцева, полковника Рязанцева и стрельца Лаврентьева били кнутом, отрезали им языки и сослали в Сибирь.

Третий близкий к Софье человек — Сильвестр Медведев — бежал к польской границе, но его схватили и отправили в Троице-Сергиеву лавру, там его расстригли, пытали и казнили.

Петр после всех событий написал письмо своему старшему брату Иоанну, тоже царю, где раскрывал незаконные, по его мнению, действия сестры Софьи. К Софье от Петра прибыл князь Иван Троекуров с приказом отправляться в Новодевичий монастырь. После долгих пререканий Софья вынуждена была подчиниться приказу.

В царствование Софьи, в 1689 г., с Китаем был заключен Нерчинский договор, по которому оба берега по верхнему течению Амура, завоеванные ранее русскими казаками, передавались китайской стороне.