26 февраля 1598 г. Москва встречала нового царя. Патриарх вторично благословил Бориса на царство, осенил крестом его жену — царицу Марию Григорьевну, юного сына Федора и дочь Ксению. Борис с семьей еще жил в Новодевичьем монастыре. Ирина неоднократно просила его царствовать не в келье, а на престоле Мономаха. Наконец 30 апреля состоялся торжественный въезд царя в столицу. Этот день остался в памяти народа как один из торжественнейших праздников.

Царь представил народу жену, давно известную благочестием и добродетелью, 9-летнего сына и 16-летнюю дочь ангельской красоты. В этот день по всей столице были расставлены столы с яствами, все — от патриарха до нищего — были желанными гостями царя. Москва не видела такой роскоши даже во времена Иоанна Грозного. Борис не хотел жить в палатах, где скончался Федор, он занял половину Ирины, расширив ее.

Годунов уже царствовал, но еще без короны и скипетра. Он хотел, чтобы церковь утвердила престол за ним и его родом. Однако вместо скипетра Борис прежде всего взял в руки меч, спеша доказать, что безопасность отечества ему дороже короны и жизни. Еще в марте Годунов узнал о приготовлении татар к войне. В короткий срок было собрано огромное войско. Но слухи о неприятеле внезапно смолкли. То ли Борис принял мнимое за действительность, то ли, попросту говоря, сам спровоцировал эти слухи, чтобы выглядеть перед россиянами рьяным защитником отечества — неизвестно. Ясно одно: вместо татарского войска в страну явились послы Казы-Гирея.

Патриарх просил Годунова венчаться на престол, но он отложил это торжество на 1 сентября. Наконец Годунов был возведен на царство. Торжества прошли пышно и весело.

При Годунове в Сибири началось активное строительство городов. Были построены Верхотурье (1598 г.), Мангазея и Туринск (1600 г.), Томск (1604 г.). За короткий период население Сибири значительно возросло. Одним словом, если Иоанну IV Сибирь досталась случайно, то государственный ум Бориса надежно и прочно закрепил эти необъятные земли за Россией.

Во внешней политике в царствование Бориса особых изменений не произошло. Донские казаки набегами тревожили Крым, а крымские татары —  Белгородскую землю. В делах с Литвой и Швецией Годунов также старался возвысить достоинство России. С первой — было заключено перемирие на 20 лет. Установились тесные связи с Данией.

Борис искал для своей дочери Ксении достойного жениха среди европейских принцев. Выбор пал на датского принца Иоанна, который в это время воевал под знаменами Испании, 10 августа 1602 г., жених был уже в устье реки Нарва. Затем принца на лодках перевезли в Ивангород. Ехали медленно, в день не более 30 верст. Миновали Новгород, Валдай, Торжок и Старицу. В Москве его встретили с почестями, поселили в Китай-городе. 28 сентября состоялось торжественное представление жениха. Царь и царица ждали Иоанна в Кремле. Увидев его, они встали, нежно обняли и долго беседовали с ним. Все смотрели на жениха с любовью, пленялись его красотой. Годунов уже видел в нем будущего сына. Но пока жених не видел Ксении. Он только слышал о ней, о ее красоте. Иоанн не обманулся в своих ожиданиях.

Современники пишут, что Ксения была среднего роста, полна телом, стройна, имела черные волосы — густые и длинные, лежащие на плечах, лицо свежее, румяное, брови «союзные», несказанной красоты глаза —  большие, черные. Не менее Ксения пленяла и душой, умом и тонким вкусом. Она любила книги и душевные песни. Обручение и свадьбу отложили до зимы.

Иоанн вел себя благоразумно, но то, чего искренне желали россияне и датчане, о чем молились родители невесты, не было угодно провидению. На обратном пути из Троицe-Сергиевой лавры в селе Братовщина царь узнал о болезни жениха. Болезнь усиливалась. 28 октября в 6 часов утра Иоанн на 20-м году жизни скончался. Все были в горести. Узнав о смерти жениха, Ксения упала к ногам отца без чувств.

Годунов был упрям и настойчив в достижении своих целей. Снова начались поиски жениха для Ксении в той же Дании, Австрии, Англии. В Грузии русский посол Татищев нашел для нее красивого царевича Теймураза, сына Давида, но вскоре Теймураз был отдан шаху для службы. Одновременно приглядывали невесту для Федора Годунова.

В итоге всех поисков женихом Ксении стал грузин Хоздрой, которого выбрал тот же Татищев. Двадцатитрехлетний жених был высок и строен, имел красивое, чистое лицо, глаза карие, нос с горбинкой, волосы темно-русые, ус тонкий. В разговорах Хоздрой был умен и речист, знал турецкий язык, а также иверскую грамоту. Одним словом, жених был хорошим. Но, очевидно, Годуновым Хоздрой не очень полюбился.

Невестой для Федора выбрали младшую сестру Хоздроя Елену. Отец Георгий померил рост дочери деревцем и показал Татищеву мерку, чтобы сравнить ее с ростом царевича Федора. Как описывают современники, Елена (ей было лишь 10 лет) была прелестной, красивой. Лицо ее было белым от природы, она имела черные выразительные глаза, небольшой нос, темные волосы, прямой стан.

Русский посол хотел забрать в Москву жениха и невесту, но их отец отпустил только сына. Договорились, что невесту отправят несколько позднее. Но и Хоздрой не доехал до столицы, так как в Дагестане произошло столкновение русских отрядов с турками — и путь на север был закрыт неприятелем.

Отношения России с Турцией были странными. Под флагом крымского хана турки еще во времена Иоанна Грозного без объявления войны порой доходили до Астрахани. Весной 1605 г. соединившись с кумыками, лезгинами, аварцами, турки вступили в Дагестан, где находился князь Владимир Долгорукий, имея небольшое войско. Произошла страшная сеча, ибо русские, опасаясь попасть в плен, предпочитали смерть в бою. В битве погибли 6-7 тысяч русских воинов. Россияне вынуждены были покинуть Дагестан и лишь через 118 лет вновь появились здесь.

В усердной любви к гражданскому образованию Борис превзошел всех древнейших правителей России. Он имел намерение завести в стране школы и даже университеты. В Священную Римскую империю в 1600 г. был послан Иоанн Крамер, который должен был подобрать там и привезти в Москву профессоров и докторов. Но это важное намерение Годунова не исполнилось: вмешалось духовенство, которое возразило против такого предприятия царя. Однако Годунов все же направил 18 молодых боярских детей в Лондон, Любек и Париж учиться у иноземцев. В то же время царь пригласил в страну многих иностранцев не только из числа художников, ремесленников, но и чиновников. В 1601 г. Борис принял 35 ливонских дворян и граждан, изгнанных из страны поляками.

Признательность иностранцев к милостям царя не осталась бесплодной для его славы. В 1602 г. ученый муж Фидлер (из Кенигсберга) сочинил о Борисе похвальное слово, которое читала вся Европа. Эту хвалу Борис тогда действительно заслуживал.

Годунов ревностно соблюдал все церковные уставы и правила благочестия. Он был трезвым, выдержанным, трудолюбивым, не любил суеты и забав и являлся примером в семейной жизни. Особенно царь заботился о сыне Федоре, неустанно ласкал его, никуда не отпускал от себя, воспитывал с отменным старанием, учил наукам. Любопытным памятником является географическая карта России, составленная младшим Годуновым и изданная под его именем в 1614 г. немцем Герардом. Готовя сына для престола великой державы и заблаговременно приучая всех любить Федора, Борис во внешних и внутренних делах давал ему право ходатая и заступника.

Но приближалось время, когда мудрый властитель Годунов должен был вкусить горький плод своего беззакония. Достигнув цели, поднявшись неутомимыми усилиями, неусыпной хитростью, коварством, происками, злодейством до царских высот, наслаждался ли Годунов в полной мере своим величием? Да, но, по крайней мере, недолго. Первые два года его царствования казались лучшими временами России XV века. Борис исполнял обет царского венчания и справедливо хотел именоваться отцом народа. Но прошло время, и Борис уже не хотел выходить к народу и выслушивать его жалобы, а если и появлялся перед ним, то был недоступен. С помощью патриарха он даже сочинил молитву о царе. У Годунова появились подозрения, он перестал доверять приближенным, ввел систему доносов. Первым пострадал Богдан Бельский, который лучше всех знал Бориса. Этого знатного князя послали  строить отдаленную крепость Борисов на берегу Северского Донца. Затем Бельского заточили в темницу.

В опалу попал род Захарьина-Романова. Боярина Никиту Романовича выслали из Москвы. Он оставил пятерых сыновей: Федора, Александра, Михаила, Иоанна и Василия. Борис опасался влиятельных братьев Романовых и воспользовался тем, что их оклеветали. Внезапно по столице разнесся слух, что якобы они готовят козни и хотят отравить царя. Состоялся обыск. У одного из Романовых в доме нашли несколько мешков каких-то кореньев, предварительно заготовленных их слугами. Романовых и их родственников взяли под стражу, пытали, выслали по приговору из Москвы в отдаленные места и постригли в монахи. Это было одним из гнуснейших дел Бориса. Без всяких на то оснований схватили также Черкасских, Репниных, Карповых, Сицких и других. Всех допрашивали, пытали, мучили и терзали их слуг.

В июне 1601 г. исполнили царский приговор: Федора Никитича Романова, постриженного и названного Филаретом, сослали в Сийскую Антониеву обитель. Его супругу Ксению Иоанновну, также постриженную и названную Марфой, отправили в один из Заонежских погостов, тещу Федора Никитича Шестову выслали в Чебоксары. Братьев Федора Никитича сослали в разные места: Александра — к Белому морю, Михаила — в Пермь, Иоанна — в Пелым, Василия — в Яренск. Родственников Романова князя Бориса Черкасского с женой и детей Федора Никитича — шестилетнего Михаила (будущего царя) и юную дочь выслали в Белоозеро. Князя Иоанна Сицкого заточили в Кожеозерский монастырь, а его жену — в Сумской острог; других Сицких — Федора и Владимира, а также Шестуновых, Карповых и князей Репниных — в темницы разных городов России. За всеми ссыльными установили постоянную слежку.

Василий Никитич Захарьин-Романов скончался 15 февраля 1602 г. Недолго жили также Александр и Михаил Никитичи. Вскоре участь опальных смягчилась. В марте 1602 г. царь милостиво указал Иоанну Романову ехать на службу в Уфу, а оттуда в Нижний Новгород и наконец в Москву. Милость получили и другие опальные.

Не одних Захарьиных-Романовых опасался Борис. Запретили жениться князю Илье Милославскому и Василию Шуйскому, думая, что их дети, по древней знатности своих родов, могли бы также состязаться с сыном Годунова.

Не было шумных казней, но несчастных морили в темницах, пытали по доносам. Одним словом, это время царствования Бориса было тяжелым и оно по жестокости не уступало времени господства Иоанна Грозного. Мнение  народа о царе резко изменилось. Сильный голод, потрясший Россию в 1603 г., и заботы царя о выходе из кризиса в это время не смогли изменить мнения о Годунове. Лишь в 1603 г. в стране стабилизировалось положение с хлебом, но это стоило многих сотен жизней россиян.

Казна была пуста, но именно в это время Годунов угощал своего нареченного датского зятя и возводил в Москве новые великолепные здания. В 1600 г. была достроена колокольня, позже названная «Иван Великий».

В стране начались разбои. Под Москвой разыгралось настоящее сражение между воеводой Иоанном Басмановым и атаманом «бродят» Хлопкой, или Косолапым. В этом сражении Басманов погиб, а Хлопка взят в плен. Вскоре он погиб от ран или пыток. Многих возмутителей спокойствия повесили, некоторые спаслись на южных окраинах России (Украине).

Через шесть лег пострижения, в 1604 г., в монастыре скончалась Ирина, жена Федора Иоанновича. Инокиню Александру погребли с царским великолепием в Девичьем Вознесенском монастыре, близ гроба дочери Иоанна Грозного Марии. Ирина была счастлива навеки сомкнуть свои очи, так как не стала свидетельницей гибели своего рода.

Внезапно разнесся слух о том, что якобы последний сын Иоанна Грозного Дмитрий жив. Россияне были поражены. Вскоре узнали, что имя мнимого царевича Юрий Отрепьев. Он был сыном бедного боярина из Галича, Богдана-Якова, стрелецкого сотника, убитого в Москве пьяным литовцем, когда Юрий был еще ребенком. Отрепьев-отец служил у князя Бориса Черкасского. Юрий был умен, знал грамоту, но имел мало благоразумия. Следуя примеру деда — Замятина-Отрепьева, он стал иноком. Постриженный вятским игуменом Трифоном и названный Григорием, этот юный чернец скитался по России — жил в Суздале, в Галицкой обители. Григорий был лучшим книжником того времени. Он часто ездил с патриархом Иовом в столицу, видел царскую пышность, которая его пленила. Григорий слышал об убийстве Дмитрия: семя пало на подготовленную почву. Он изучал русские летописи и нередко в шутку говаривал своим друзьям-монахам: «Знаете ли вы, что я буду царем в Москве?». За ересь Григория хотели сослать в Белоозеро, но он вместе с двумя другими иноками Мисаилом и Леонидом сбежал из монастыря.

Бродяги-иноки были тогда обычным явлением. Григорий с товарищами благополучно добрался до Новгорода-Северского, где Отрепьев оставил записку архимандриту Пафнутию: «Я, царевич Дмитрий, сын Иоаннов, и не забуду твоей ласки, когда сяду на престол отца моего!». Архимандрит ужаснулся, не знал, что делать, и решил молчать.

Таким образом, в первый раз открылся самозванец еще в пределах России. Безумец избрал надежнейший путь к цели — Литву! В этой стране всегда благосклонно относились к недругам России и особенно к тем, кто ей изменял. Здесь помнили князей Иоанна Шемякина, Иоанна Верейского, Михаила Тверского, Андрея Курбского.

Григорий благополучно добрался до Литвы. В Киеве он нашел защиту в лице знатного воеводы князя Василия Острожского. Отрепьев жил сначала в Печерском монастыре, а затем в Никольском, во всех монастырях справлял службу дьякона, но постоянно нарушал устав воздержания и целомудрия. Он распространил молву о спасении и тайном пребывании Дмитрия в Литве. У донских казаков Отрепьев учился воинскому делу. Вскоре он перешел на службу к князю Адаму Вишневецкому, который жил тогда в Брагине. И тут, заручившись поддержкой влиятельного князя, самозванец начал действовать. Григорию построили великолепный дом, его самого нарядили в богатые одежды и по всей Литве распространили слух о чудесном спасении сына русского царя. У Лжедмитрия, как и у настоящего царевича, на лице была бородавка и одна из рук короче. Королю Польши Сигизмунду III Ваза донесли О «чудесном воскрешении» Дмитрия.

Вместе с сандомирским воеводой Юрием Мнишеком и князем Вишневецким Отрепьев в 1603 или 1604 г. явился в Краков. Его принял король Сигизмунд. Лжедмитрию было выделено жалованье 40 тысяч золотых в год. Отрепьев написал Папе римскому Клименту VIII письмо, в котором просил быть его искренним покровителем.

Отрепьев стал собирать войско. Первым его поддержал Мнишек, дочь которого Марину новоявленный царевич обещал взять в жены. Григорий дал письменное обязательство выполнить обещание после восхождения на московский престол.

Донские удальцы сели на коней, чтобы присоединиться к толпам самозванца. Между тем, усердный слуга Лжедмитрия пан Михайло Ратомский, остергский староста, через своих лазутчиков и двух русских монахов, вероятно, Мисаила и Леонида (друзей Отрепьева), поднимал на защиту Лжедмитрия юг России. Везде подкидывали грамоты от имени царевича Дмитрия.

Борис Годунов узнавал о самозванце из разных источников. Царь начал искать измену. В Москву призвали бывшую царицу — инокиню Марфу, мать Дмитрия. Но Нагая ничего не могла сказать. Наконец Годунов узнал о Григории Отрепьеве все. Он обнародовал историю беглеца. К вельможам Сигизмунда был послан дядя Григория, чтобы изобличить самозванца на месте. К донским казакам из России послали воеводу Хрущова с той же целью. Но грамоты и слова не действовали. Хрущова казаки заковали и привезли самозванцу. Когда пленник глянул на «царевича», он тут же залился слезами и пал на колени, воскликнув: «Вижу Иоанна в лице твоем: я слуга твой навеки!». С Хрущова сняли оковы, и он стал первым изменником среди высших чинов России.

16 октября 1604 г. Лжедмитрий вступил в пределы России. У него было полторы тысячи исправных воинов, кроме того, до двух тысяч казаков и большая толпа кое-как вооруженных людей.

Григорий шел с мечом и манифестом. Он обещал мир, спокойствие, убеждал россиян оставить хищного Годунова. Вместе с тем сандомирский воевода Мнишек от имени короля и вельможных панов оповестил всех, что они, убежденные доказательствами, признали Дмитрия истинным великим князем московским.

На Украине многие поверили самозванцу. Лжедмитрий, презирая смерть и опасности, был всегда впереди. Начались тайные сношения Лжедмитрия с различными городами Украины.

На левом берегу Днепра Отрепьев разделил свое войско: часть его пошла к Белгороду, сам же он отправился вверх по реке Десне. Первый же приграничный городок Моравск перешел на сторону самозванца. Добрая слава о Лжедмитрии быстро облетела всю Россию. 26 октября на его сторону перешла древняя столица Олеговичей — город Чернигов. Все города на берегах Десны преклонились перед Отрепьевым. Особенно ждал Григорий вестей из Новгорода-Северского, но их не было. Жители города не высылали ему ни грамот, ни связанных воевод. Там правил решительный и смелый (и еще верный царю!) Петр Федорович Басманов, брат убитого Иоанна Басманова.

11 ноября Лжедмитрий подступил к Новгороду-Северскому. Тут россияне впервые «приветствовали» его пулями и ядрами. Самозванца крепко побили, но добрые вести утешили его: Григорию сдались Путивль, Рыльск, Борисов, Белгород, Валуйки, Оскол, Воронеж, Кромы, Ливны, Елец. Была перехвачена московская казна, которую использовали для набора дружины.

Эти быстрые успехи поразили Годунова и всю Россию. Борис делал одну ошибку за другой. Он проявил робость и не решался с войском идти навстречу Лжедмитрию. В 1604 г. никто не сомневался в смерти Дмитрия, но народ не любил Бориса, поэтому мысль о живом царевиче всех пленяла и воодушевляла. Мнимое стали выдавать за действительность. Марию Нагую снова увезли в Выксинский монастырь.

В этот опасный для России момент Борис прибегнул к двум средствам: к церкви и строгости. Но царь смог собрать лишь 50 тысяч воинов. Помощь Борису предложили шведы, но он от нее отказался.

21 декабря произошло сражение войск Лжедмитрия и Дмитрия Шуйского. У самозванца было лишь 12 тысяч воинов, у Шуйского значительно больше, но после битвы победителей и побежденных не оказалось. На следующий день к Лжедмитрию присоединились 4 тысячи запорожцев. Одновременно, не любя трудностей, войско самозванца покинули поляки.

Годунов стал опираться на Басманова.

Военные действия продолжались. Царских войск собралось 60 или 70 тысяч, у Лжедмитрия было лишь 15 тысяч воинов. В одном из боев царские войска одержали полную победу. Полагали, что Лжедмитрий погиб, но самозванец был жив. На коне с поля боя он ускакал в Севск, затем в Рыльск, но вскоре оказался в Путивле. К нему снова пришли 4 тысячи донских казаков. Некоторые города, перешедшие ранее на сторону Лжедмитрия, Годунову не сдавались (Рыльск, Кромы и другие). Лжедмитрий написал Годунову письмо, предлагая ему добровольно покинуть престол, обещая царскую милость.

В 1605 г. Борису Годунову исполнилось 53 года. Он был еще крепким и бодрым, хотя его частенько мучили недуги. Еще 13 апреля Годунов принимал гостей и решал государственные дела. Внезапно после обеда он почувствовал себя дурно: кровь хлынула у него из носа, ушей и рта. Врачи не могли ее остановить. Больной терял память, но успел благословить своего сына Федора на царский престол.

Некоторые современники Годунова утверждали, что якобы он сам в отчаянии принял яд. Но так ли это? Возможно, смерть царя была нужна кому-то, кто присутствовал у него на обеде? История молчит об этом. По крайней мере, Годунов умер на троне. Россия лишилась умного и попечительного царя.

Но имя Годунова, одного из разумнейших властителей мира, в течение столетий произносилось с омерзением. Он не был тираном, но безумствовал и злобствовал порой подобно Иоанну Грозному, устраняя со своего пути всех соперников — казнил их или высылал из столицы. Если Годунов на время благоустроил державу и возвысил ее в глазах Европы, то не он ли вверг Россию в пучину раздора, хаоса, братоубийственной борьбы? Не Го-дунов ли организовал убийство юного царевича Дмитрия — последнего из царствующего рода Рюриковичей? Не он ли, наконец, добиваясь власти любой ценой, породил в стране беззаконие и жестокость?