Россияне погребли Бориса с честью в храме Св. Михаила Архангела, между могилами других правителей страны. Достигнув венца сомнительным путем, Годунов, однако, был царем законным, поэтому сын его Федор унаследовал право на царствование тоже законно. Федор соединил в себе ум отца и добродетель матери. В 16 лет он удивлял вельмож даром слова и большими по тем временам знаниями. Федор рано познал науку правления и сладость благодеяния. Но ненависть народа к царю Борису, естественно, перенеслась и на его сына. Россияне ждали только бедствий от жестокого племени, в их глазах опального перед Богом.

Федор, еще юный, нуждался в советниках. Немедленно трем знатнейшим боярам князьям Федору Мстиславскому, Василию и Дмитрию Шуйским приказано было оставить войско и прибыть в Москву, чтобы быть при царе. Федор возвратил свободу, честь и достоинство славному Богдану Бельскому, чтобы также воспользоваться его умом при решении дел в Думе. Но всего важнее было избрание главного воеводы: искали уже не старейшего, а способнейшего. Выбрали Петра Басманова. Войско присягнуло царю Федору.

Но этот воевода удивил современников и потомство. Он изменил признанному государю, перейдя в стан Лжедмитрия. Басманов, вероятно, не дерзнул бы изменить Борису, который умел твердо повелевать и отличался блеском государственного ума. Но старшего Годунова не было, а царствовал юный Федор. Может быть, Басманов, выехав из столицы, был в нерешительности и думал действовать по обстоятельствам? Возможно, он решился на этот шаг в угоду своему честолюбию или решил изменить присяге тогда, когда увидел, что воеводы и войска бегут к обманщику? Многие стали верить самозванцу, многие были поражены внезапной смертью Годунова. Но, если верить сказаниям летописца, не общая измена народа увлекла Басманова, а сам Басманов возглавил измену войска. Этот честолюбец без совести и чести считал, вероятно, что гордые, завистливые родственники Федора Годунова никогда не уступят ему ближайшего места к престолу и что самозванец, безродный, возведенный им (Басмановым) на царство, естественно будет ему более благодарен.

Предоставленный самому себе в Путивле, Лжедмитрий в течение трех месяцев укреплял свои позиции и вооружал людей. Самозванец писал Мнишеку, посылал дары крымскому хану, ждал новых сподвижников из Галиции. Но, конечно, только смерть Бориса и измена царских воевод помогли осуществиться дерзким надеждам Лжедмитрия.

На сторону изменившего Годуновым Петра Федоровича Басманова перешли князья Василий Васильевич Голицын, его брат Иоанн Васильевич, Михаил Глебович Салтыков. 7 мая Басманов, находясь в войсках вне столицы, громогласно объявил Лжедмитрия московским царем. Тысячи воинов воскликнули, а рязанцы первые: «Да здравствует же отец наш, государь Дмитрий Иоаннович!». Другие воины безмолвствовали в изумлении. Некоторые воеводы, верные Федору Борисовичу, открыто осудили изменников, но поздно: их было мало. Они попытались вернуться в Москву, но сторонники Лжедмитрия погнались за ними и пленили их.

Князь Иоанн Голицын с войском поспешил в Путивль, где низко кланялся самозванцу, призывая его вступить в Россию. Но именно в этот момент, как сообщают летописцы, некоторые московские бояре распознали Лжедмитрия. Они ясно видели, что это не царь, а самозванец, содрогнулись, но уже не смели говорить, а только молчали.

19 мая самозванец пошел на Москву. Часть войск двинулась на Орел, а самозванец с поляками, казаками и изменниками-россиянами выступил из Путивля. На пути его встретили Михаил Салтыков, Василий Голицын, Петр Шереметев и Петр Басманов. Лжедмитрий осторожно шел за войсками. Народ и военные гарнизоны везде встречали его с дарами. Крепости и города сдавались. Из отдаленной Астрахани привезли к нему воеводу, закованного в цепи. Доставили также Михаила Сабурова, ближайшего родственника царя Федора. Только в Орле небольшая горстка воинов и горожан не хотели изменять присяге.

Все славили Лжедмитрия, как некогда героя Дмитрия Донского или Иоанна IV — завоевателя Казани. На улицах, на дорогах народ теснился к его коню, чтобы лобызать ноги самозванца! Все были в волнении. Не было страха, а были лишь радость и ликование.

Верховная власть в Москве дремала в кремлевских палатах, когда Отрепьев шел к столице, когда имя Дмитрия уже гремело на берегах Оки, когда на самой Красной площади толпился народ, с жадностью слушая вести об его успехах.

Москва была в оцепенении. Деятельность царя и его приближенных сказывалась лишь в том, что ловили гонцов с грамотами от самозванца к московским жителям, жгли грамоты, а гонцов сажали в темницы. Лжедмитрий, угадывая, что его грамоты до столицы не доходят, избрал двух смелых сановников — Наума Плещеева и Гаврилу Пушкина, дал им наставление и велел ехать в Красное Село, чтобы возмутить местных жителей, а через них и столицу. Все случилось, как задумал самозванец. 1 июня Москва заволновалась и народ устремился к Лобному месту, где по команде все умолкли, чтобы услышать грамоту Лжедмитрия к боярам, дворянам, сановникам, приказным людям, воинам, торговым, средним и черным людям.

Московский народ слушал послание самозванца с благоговением, а в это же время главные советники престола от ужаса трепетали в Кремле. Патриарх молил бояр действовать, а сам в смятении духа не мыслил явиться на Лобное место. Знатнейшие бояре Федор Мстиславский, Василий Шуйский, Богдан Бельский и другие думные советники вышли из Кремля к гражданам, сказали им несколько слов в утешение, хотели схватить гонцов Лжедмитрия, но народ их не дал. И закричал: «Время Годуновых миновало! Да здравствует царь Дмитрий! Гибель племени Годуновых!». С этими возгласами толпа ринулась в Кремль. Стражу и телохранителей вместе с придворными царя Федора смели. Буйные мятежники вломились во дворец и дерзостной рукой коснулись того, кому недавно присягнули.

Царя стащили с престола, где он искал безопасности. Его мать упала к ногам мятежников и слезно молила не о царстве для сына, а только о его жизни. Из дворца вывели Федора, его мать, сестру и отправили их в дом Бориса Годунова, приставив к ним стражу. Всех царских родственников, а также Сабуровых, Вельяминовых заключили в темницу, а их имения разграбили. Ничего не осталось целого и в домах иноземных медиков, любимцев Годунова.

3 июня 1605 г. все присягнули Лжедмитрию. В тот же день князья, бояре, знатные вельможи, и в их числе Иоанн Воротынский, Андрей Телятевский, Петр Шереметев, думный дьякон Власьев, с повинной выехали из столицы к самозванцу в Тулу. Лжедмитрий знал о всех происходящих событиях в Москве.

Послы самозванца, прибыв в столицу, объявили народу, что раб Годуновых — патриарх Иов не должен возглавлять духовенство. Мятежники ворвались в храм, устремились к алтарю, схватили патриарха и сорвали с него патриаршие одежды. Его одели в черную ризу, таскали, позорили в храме и на площади, а затем вывезли его в телеге из города, чтобы заключить в Старицкий монастырь.

Удалив патриарха, которого самозванец ненавидел, решили судьбу Годуновых, Сабуровых, Вельяминовых. Некоторых отправили в темницы дальних сибирских городов. Ненавистного Симеона Годунова задушили в Переяславле. Немедленно решили судьбу державного семейства.

Юный Федор, Мария и Ксения, находясь под стражей, угадывали свой жребий, 10 июня князья Голицын и Мосальский, а также чиновники Молчанов и Шерефединов, взяв с собой трех стрельцов, пришли в дом Годуновых. У матери вырвали детей и развели их по особым палатам. Царица Мария сразу же была удавлена. Юный Федор, от природы наделенный необычайной силой, долго боролся с четырьмя убийцами, которые едва могли одолеть его. Но силы были неравны — юного царя тоже задушили. Ксения была несчастнее матери и брата. Она осталась жива. Гнусный Григорий Отрепьев слышал о ее красоте и велел князю Мосальскому взять Ксению к себе в дом.

Московским жителям объявили, что Федор и Мария отравились, приняв яд, но их трупы, дерзостно выставленные на позор, без сомнения имели признаки насилия. Народ толпился у бедных гробов, где лежали венценосные жертвы. «Святая кровь Дмитрия, — говорят летописцы, — требовала крови чистой, и невинные пали за виновного...» Многие смотрели только с любопытством, но многие и с состраданием: жалели Марию, которая, быв дочерью гнуснейшего из палачей Иоанна Грозного и женой жестокого правителя, жила единственно благодеяниями и которой Борис не смел никогда открывать своих злых намерений. Еще больше жалели Федора, который подавал большие надежды для народа и счастья России. Мятежники нарушили спокойствие могил: выкопали тело Бориса, положили его в деревянную раку и перенесли из храма Св. Михаила Архангела в Девичий монастырь Св. Варсонофия на Сретенке и погребли там уединенно, вместе с телами Федора и Марии.