Когда в октябре 1700 года скончался патриарх Адриан, Петр получил уникальную возможность воспользоваться образовавшейся заминкой и начать реформу. Находясь под Нарвой с войсками, царь получил несколько писем от боярина Тихона Стрешнева, выполнявшего надзорные функции в Москве в государево отсутствие, и прибыльщика Курбатова. От Стрешнева царь узнает о кончине последнего русского патриарха. Курбатов же докладывает, что патриаршие люди забрали в свои руки всю собственность усопшего главы Церкви и пользуются ей по своему усмотрению. Он же рекомендовал государю последовать старинному обычаю и для начала назначить местоблюстителя престола. Окончив поход, Петр принимает решение передать митрополиту Рязанскому и Муромскому Стефану Яворскому пост местоблюстителя, но с поправками. Из его полномочий изымались хозяйственные: он мог быть волен принимать только решения религиозного свойства, разрешать животрепещущие вопросы раскола и ересей. Патриарший разряд ликвидировался. Официально Яворский именовался «экзархом» или Блюстителем патриаршего престола.

В следующем году, 24 января 1701 года, Иван Алексеевич Мусин-Пушкин получает в свое распоряжение возрожденный Монастырский приказ. Дьяк Ефим Зотов становится его помощником. Восстановленное учреждение вбирает в себя все хозяйственные полномочия, ранее принадлежавшие Церкви. Отныне Патриаршим двором, домами архиереев, монастырскими землями и хозяйствами распоряжалось только это ведомство.