В русской истории периодически обострялся конфликт двух источников власти: самодержца и патриарха. Наличие божественной санкции на власть, столь характерное для самодержавия, вносило разлад в отношения патриаршей кафедры и монаршего престола. Обе власти исходили от Бога, царя считали помазанником Господа, подчинение его воле носило сакральный характер. В то же время фигура патриарха была сакрализована не менее, а иногда и более, ведь он стоял во главе мирской Церкви, как известно, являющейся земным присутствием Церкви небесной. Поэтому равновеликие по своему положению авторитеты часто сталкивались в борьбе за реальную власть, используя все доступные аргументы, чтобы достичь победы. Есть мнение, что церковная организация вплоть до начала XVIII века была противоестественно законсервирована. Логичное и естественное оформление сословной монархии, централизация и объединение вотчинных княжеств, оформление мощного института дворянства к XVIII веку прошли кульминационную фазу и были близки к завершению. В то время как церковная организация принципиальным образом не изменилась и пребывала в характерном для прошлых веков виде.

Церковь никогда не стеснялась спорить с царем, когда дело касалось ущемления ее иммунитетов. Так, Алексей Михайлович в 1649 году сделал попытку вывести часть вопросов из покровительства патриарха, учредив Монастырский приказ. В Соборном Уложении закреплялось, что тот вправе «делать суд во всяких истцовых делах на митрополитов, архиепископов, епископов, их приказных и дворовых людей, детей боярских и крестьян их, на монастыри, на архимандритов, игуменов, строителей, келарей, казначеев, на рядовую братью, монастырских слуг и крестьян, на попов и церковный причт». Фактически альтернативное государство с альтернативным правителем – патриархом – лишалось права суда над духовенством, исключая непосредственно патриарха и его приближенных. Никон не мог быть доволен таким царским ходом и в ярости принялся обличать составителей закона в смертных грехах: ему казалось, что главный свод законов – креатура «врагов Божиих» и «дневных разбойников». Никон разнес закон царский и Божью волю по разным углам, публично заявив, что Уложение «чуждо православия и св. апостол, и св. отец церковных законов».

Патриарший гнев распаляло и то, что новое ведомство по праву собирало с монастырских и церковных вотчин средства на неотложные нужды, характер которых зависел только от монарха. Говорилось, «куды царь положит». Властная игра завершилась царской уступкой: в 1667 году Монастырский приказ Соборным решением распустили, организовав взамен приказ Большого дворца. Тот вобрал в себя большую часть полномочий предшественника. Это событие нельзя считать поражением самодержавия: тот же собор лишил Никона патриаршей кафедры, а новообразованный приказ Большого дворца, несмотря на частичное управление патриархом, носил секулярный характер. Собор не смог вернуть отобранные Уложением у монастырских и церковных слобод тягловые преференции. В стратегическом смысле результатом борьбы престолов стал серьезный секуляризационный задел для сына Алексея Михайловича – Петра Алексеевича. Как писал протоиерей Георгий Флоровский, «конечно, у Петра были „предшественники“, и реформа уже до него „подготовлялась“. Однако эта подготовка еще не соизмерима с самой „реформой“, – и Петр слишком мало похож на своих предшественников».