Особым образом Петр принялся реформировать монастыри. Насильственно надевать на монастыри жесткую государственную сбрую царь-реформатор начал неспроста. Его нелюбовь к черному духовенству граничила с подозрительностью и нередко ненавистью. Винить в этом можно картины его детства. У Ю. Ф. Самарина можно встретить такие строки: «Страшные сцены встретили Петра у колыбели и тревожили всю его жизнь. Он видел окровавленные бердыши стрельцов, называвших себя защитниками православия, и привык смешивать набожность с фанатизмом и изуверством. В толпе бунтовщиков на Красной площади являлись ему черные рясы, доходили до него странные, зажигательные проповеди, и он исполнялся неприязненного чувства к монашеству». Неприятие к черным монахам имело метафизическую, необъяснимую природу. Что касается объективных причин, то монашество той поры было очень весомой антиреформационной силой, стоящей на антипетровской позиции. Из монастырей рассылались «обличительные тетрадки», «писаньица», в которых государя клеймили антихристом, еретиком и демоном. Фактически оппозиционные престолу силы питались именно монахами: их перья грели пропаганду старины и сопротивление модернизации. Можно сказать, что черное духовенство было сердцем этого сопротивления.

Но принимаясь прикладывать свои намерения на практике, Петр, очевидно, действовал неэмоционально, как оптимизатор, а не палач. Намерение царя с точки зрения современного наблюдателя было правильным: очистить эту область от несвойственных ей функций, в частности от накопления капиталов, а также удалить из монастырей посторонних людей, не имеющих к духовному служению прямого отношения. Надо признать, что таких в монастырях тогда было в избытке. Преобразования коснулись не только их хозяйственного аспекта, но и социального. Государь запрещает постригать в монашество женщин до 40 лет. Всех непостриженных надлежало выселить, в богадельнях оставить исключительно немощных и увечных. Хозяйственная самостоятельность купировалась Монастырским приказом, а с 30 декабря 1701 года монахи стали получать денежное и хлебное жалованье исключительно из доходов обители. Обители, в свою очередь, были лишены права владеть вотчинами и угодьями.