Более года шло следствие. Бывший заместитель начальника Следственной части по особо важным делам МГБ полковник Владимир Комаров, арестованный вместе с Абакумовым, на допросе рассказал, как это было: «В Ленинград поехал я и еще десять следователей… Перед отъездом в Ленинград Абакумов меня строго предупредил, чтобы на суде не было упомянуто имя Жданова. „Головой отвечаешь“, — сказал он. Но все прошло как надо. Имя канонизированного к тому времени Жданова на процессе не прозвучало». 26 сентября обвинительное заключение официально утвердил Главный военный прокурор А. П. Вавилов. Судебный процесс решено было проводить в Ленинграде. 29 сентября 1950 года в помещении окружного Дома офицеров на Литейном проспекте открылась выездная сессия Военной коллегии Верховного Суда СССР. В состав коллегии вошли три генерал-майора юстиции под председательством И. Р. Муталевича. Дело слушалось без участия государственного обвинителя и защитников. Расследование «ленинградского дела» держал под постоянным контролем Маленков, он же будто бы неоднократно присутствовал на допросах арестованных. Следственную группу непосредственно возглавлял полковник Комаров, который впоследствии признал (под давлением следователей-хрущевцев), что по приказанию Абакумова лично избивал Вознесенского, а следователи Сорокин и Питовранов применили такие же меры грубого физического воздействия к Кузнецову. По свидетельству С. Берии, М. Маленков, будучи секретарем Центрального Комитета партии, лично в 1950 году занялся организацией в Москве «особой тюрьмы» для ведения в ней следственных политических дел. К делу организации «особой тюрьмы» были привлечены работники отдела административных органов ЦК КПСС, а для следственной работы были привлечены работники КПК при ЦК КПСС. О ходе организации «особой тюрьмы» и ее деятельности докладывали непосредственно Маленкову, в тюрьме был установлен правительственный телефон-вертушка… Были случаи, когда при выходе из кабинета Маленкова в здании ЦК КПСС арестовывались руководящие работники. Например, бывший секретарь ЦК КПСС А. А. Кузнецов, бывший Председатель Совета Министров РСФСР М. И. Родионов, бывший секретарь Ленинградского обкома партии П. С. Попков и другие. Немногие из уцелевших членов ленинградской группы утверждают, что к ним применялись меры физического воздействия. Так, бывший 2-й секретарь Ленинградского обкома Иосиф Турко, получивший 15 лет лагерей 29 января 1954 года, рассказывал следователям, пересматривавшим «Ленинградское дело»: «Я никаких преступлений не совершал и виновным себя не считал и не считаю. Показания я дал в результате систематических избиений, так как я отрицал свою вину. Следователь Путинцев начал меня систематически избивать на допросах. Он бил меня по голове, по лицу, бил ногами. Однажды он меня так избил, что пошла кровь из уха. После таких избиений следователь направлял меня в карцер, угрожал уничтожить меня, мою жену и детей, а меня осудить на 20 лет лагерей, если я не признаюсь… Потом Путинцев предложил мне подписать чудовищный протокол о Кузнецове, Вознесенском и других. В нем также содержались дикие измышления о руководителях Партии и правительства. И что я участник заговора. Били. Я кричал на всю тюрьму. Семь суток просидел в карцере. Снова отказался подписать протокол… Снова побои. Потом я увидел врача со шприцем. Я испугался и подписал сразу два протокола… Повели к Комарову. Его я боялся больше, чем Путинцева… Хотел покончить самоубийством… Дома жена лишилась рассудка, сына арестовали, малолетнюю дочь отдали в детдом. В результате я подписал все, что предлагал следователь…»

Уж больно красочно описывает этот свидетель свои пытки. Но не будем с ним спорить. Это не суть важно. Были пытки или нет (скорее всего, не были), но вина подсудимых отчетливо видна из имеющегося материала. 29–30 сентября 1950 г. Военная Коллегия Верховного Суда СССР в открытом судебном заседании рассмотрела уголовное дело по обвинению Кузнецова, Попкова, Вознесенского, Капустина, Лазутина, Родионова, Турко, Закржевской, Михеева. В ходе судебного заседания обвиняемые свою вину признали полностью. Военная Коллегия Верховного Суда СССР приговорила Кузнецова, Попкова, Вознесенского, Капустина, Лазутина и Родионова к расстрелу. В обвинительном заключении по делу арестованных говорилось: «Кузнецов, Попков, Вознесенский, Капустин, Лазутин, Родионов, Турко, Закржевская, Михеев, объединившись в 1938 году в антисоветскую группу, проводили подрывную деятельность в партии, направленную на отрыв ленинградской партийной организации от ЦК ВКП(б), с целью превратить ее в опору для борьбы с партией и ее ЦК. Для этого пытались возбудить недовольство среди коммунистов ленинградской организации мероприятиями ЦК ВКП(б). Высказывали изменнические замыслы о желаемых ими изменениях в составе Советского правительства и ЦК ВКП(б). В этих же целях выдвигали на ответственную партийную работу в ряд областей РСФСР своих единомышленников».

Глубокой ночью 1 октября 1950 года в 0 часов 59 минут суд приступил к оглашению приговоров. С председательского кресла поднимается генерал-майор юстиции Матулевич: «…Кузнецов, Попков, Вознесенский, Капустин, Лазутин, Родионов, Турко, Закржевская, Михеев признаны виновными в том, что, объединившись в 1938 году в антисоветскую группу, проводили подрывную деятельность в партии, направленную на отрыв Ленинградской партийной организации от ЦК ВКП(б) с целью превратить ее в опору для борьбы с партией и ее ЦК… Для этого пытались возбуждать недовольство среди коммунистов ленинградской организации мероприятиями ЦК ВКП(б), распространяя клеветнические утверждения, высказывали изменнические замыслы… А также разбазаривали государственные средства. Как видно из материалов дела, все обвиняемые на предварительном следствии и на судебном заседании вину свою признали полностью». Вознесенского обвинили также в семейственности: его младший брат и сестра занимали ответственные посты в Москве и Ленинграде. Косвенно это задело и Микояна: один из его сыновей женился на дочери Кузнецова. Были также репрессированы его брат АЛ. Вознесенский и сестра М. А. Вознесенская, занимавшая пост секретаря Куйбышевского райкома ВКП(б) в Ленинграде. Военная коллегия Верховного Суда СССР квалифицировала их деяния по самым тяжким составам УК РСФСР — ст. 58-1а (измена родине), ст. 58-7 (вредительство), ст. 58–11 (участие в контрреволюционной организации). А. А. Кузнецов, Н. А. Вознесенский, П. Е. Попков, П. Г. Лазутин, М. И. Родионов и Я. Ф. Капустин были приговорены к высшей мере наказания — расстрелу. И. М. Турко получил пятнадцать лет лишения свободы, Т. В. Закржевская и Ф. Е. Михеев — по десять. Приговор был окончательный и обжалованию не подлежал. Осужденным на смерть в таких случаях остается единственное — ходатайствовать перед Президиумом Верховного Совета СССР о помиловании. Но этой возможности осужденным не дали: сразу же по вынесении приговора генерал юстиции И. О. Матулевич отдал распоряжение о немедленном приведении приговора в исполнение. Первого октября 1950 года были расстреляны Н. А. Вознесенский, А. А. Кузнецов, П. С. Попков, М. И. Родионов, Я. Ф. Капустин и П. Г. Лазутин. Следующие смертные казни происходили в 1951 и 1952 годах. Расстреляли М. А. Вознесенскую (сестру Вознесенских), Бадаева, И. С. Харитонова, П. И. Левина, П. Н. Кубаткина… Глава ленинградского МГБ генерал Кубаткин был репрессирован и расстрелян после закрытого суда.

Официального сообщения о процессе в печати не было. Поэтому длительное время подробности суда оставались неизвестными. Несколько позже эта же участь ждала и многих других ленинградцев: Г. Ф. Бадаева, И. С. Харитонова, П. И. Кубаткина, П. И. Левина, М. В. Басова, А. Д. Вербицкого, Н. В. Соловьева, А. И. Бурлина, В. И. Иванова, М. Н. Никитина, В. П. Галкина, М. И. Сафонова, П. А. Чурсина, А. Т. Бондарен-ко, всего около двухсот человек. На суде говорилось также о попытке его группы создать Компартию России, что фактически вело бы к распаду СССР по национальному признаку. Этого Сталин допустить не мог.