В 1700 г. произошло знаковое для истории Русской православной церкви событие. После смерти престарелого патриарха Адриана царь Петр I принял решение не назначать нового патриарха, а определить местоблюстителем патриаршего престола митрополита Стефана Яворского (1658–1722), ставшего одним из видных церковных деятелей начала XVIII в. Пик его карьеры пришелся как раз на 1700 г., когда Яворский стал митрополитом Рязанским и Муромским. В том же году он получил и звание местоблюстителя. Само это событие знаменовало собой важное изменение в отношениях между светскими и церковными властями.

На протяжении XVII в. церковь неоднократно претендовала на определенную независимость от царя. Особенно ярко это проявилось при патриархе Филарете (1612–1633), отце царя Михаила Федоровича, и патриархе Никоне (1651–1666), открыто выступавшем за приоритет духовной власти. С экономической точки зрения церковь являлась одним из богатейших землевладельцев: только Троице-Сергиевой лавре принадлежало 20 тыс. крестьянских дворов (хотя ради справедливости надо отметить, что большая часть монастырей, располагавшихся в отдаленных местах и не отмеченных высоким покровительством, имела значительно более скромный достаток). XVIII в. безжалостно рассеял политические и экономические иллюзии. Интересы церкви оказались полностью подчинены государству, причем после смерти Стефана Яворского это подчинение приобрело и административный характер. В 1721 г. указом царя Петра был создан Святейший правительствующий синод, который являлся государственным органом управления церковью. Возглавлял Синод обер-прокурор. Еще один указ, изданный Петром I в 1724 г., значительно ограничивал права монашества: часть монастырей отныне отводилась под лечебницы для больных и увечных солдат.

Изменилось положение старообрядцев. В 1716 г. Петр Заменил преследования и юридическую ответственность, которой подлежали представители старой веры, возможностью освободиться от угнетения путем выплаты значительного штрафа. Однако воспользовались этим разрешением не так уж много старообрядцев, поскольку большая их часть воспринимала указы светской власти как проявления дьявольского искуса и поэтому не желала к ним прислушиваться.

Дальнейшее ограничение религиозной власти было связано с указом Екатерины II от 1764 г., согласно которому все земельные владения церквей переходили в ведение государства, – произошла секуляризация церковных земель. Отныне все владения Русской православной церкви становились государственной собственностью, а на содержание монастырей и церквей выдавалось государственное пособие. Особняком стояла только Троице-Сергиева лавра, находившаяся под особым покровительством императрицы, благодаря чему ее годовое содержание в несколько раз превышало суммы, выделявшиеся на содержание любого другого монастыря; ктомуже большую часть дохода Лавры составляли пожертвования от членов императорской фамилии. Под государственную административную структуру подстраивалась и церковная иерархия. К концу XVIII в. значительно увеличилось количество епархий, а сами их границы стали совпадать с губерниями Российской империи. Широкое распространение получает духовное образование: на смену полуграмотным сельским дьячкам, выучивающим основные церковные тексты наизусть, приходят выпускники семинарий, число которых неуклонно увеличивается. В то же время сокращаются роль и численность духовенства как государственного сословия. К числу священников долгое время автоматически относили их детей, которые не выполняли религиозных обязанностей, но при этом освобождались практически от всех налогов (кроме подушной подати). Павел I в 1797 г. приказал зачислять тех священников, которые не имеют своего прихода (а их число только в Москве составляло несколько сотен человек), а также детей священников, необучающихся в семинарии, на военную службу.

Более лояльную позицию православная церковь, вынужденная подчиняться государственной необходимости, заняла по отношению к иноверцам. Многочисленные униаты (сторонники соглашения с католической церковью – Флорентийской унии 1439 г.), проживавшие на территории присоединенной к Российской империи Польши, были избавлены от угнетения на основании религиозной принадлежности. Очередное послабление получили и старообрядцы: правительство и раньше предпочитало смотреть «сквозь пальцы» на деятельность богатейших купеческих фамилий, придерживающихся старого вероисповедания, но теперь принадлежность к старообрядческой вере перестала служить источником государственных преследований.

Официальная формула министра С.С. Уварова – «Православие, Самодержавие, Народность» – узаконила положение Русской православной церкви в сфере государственной идеологии. В отсутствие патриарха главой церкви считался российский император, поэтому и управлял церковью его чиновник– обер-прокурор Синода.

Миссионерская активность по христианизации присоединяемых к Российской империи земель выступала в качестве важного элемента внутриполитической деятельности, поскольку позволяла снизить напряженность в отношениях между присоединенным населением и российской администрацией. Покорение Кавказа, официально завершившееся к 1856 г., стало началом процесса перехода в православную веру отдельных кавказских народов, бывших до этого момента мусульманами. Значительное увеличение числа сторонников православной веры среди народов Кавказа и Восточной Сибири было связано и с тем фактом, что смена вероисповедания давала значительные налоговые льготы.

Вместе с тем подчиненное государству положение Русской православной церкви не могло удовлетворять многих церковных иерархов, которые активно выступали за возвращение церкви ее самостоятельности и избрание нового патриарха. Особенно популярными такие взгляды среди простого духовенства и высших церковных чинов стали в конце XIX в., когда Российская империя переживала непростые моменты своего существования. С одной стороны, шел процесс активной канонизации (в 1903 г. был причислен к лику святых Серафим Саровский), улучшалось положение старообрядцев (в 1906 г. окончательно была отменена провозглашенная еще в XVII в. анафема приверженцам старой веры). Однако присутствовали и негативные явления. Царская семья, окружившая себя религиозными шарлатанами, но при этом продолжавшая считаться основным примером православного благочестия, дискредитировала саму православную религию. Один из крупнейших религиозных мыслителей начала XX в. архиепископ Иоанн Кронштадтский уже в 1916 г. выступил с инициативой созыва церковного собора, на котором должен был быть решен вопрос об избрании патриарха, но реализация этого начинания оказалась возможна только после Октябрьской революции 1917 г.