Революция, ознаменовавшая собой конец существования Российской империи, принесла и резкие перемены в судьбе Русской православной церкви. Устранение Синода дало надежду на то, что при новом правительстве окажется восстановлено главенствующее положение православия, и сначала эта надежда, казалось бы, стала сбываться. В 1917–1918 гг. действовал Поместный собор Русской православной церкви, основным достижением которого стало избрание после двухсотлетнего перерыва Патриарха Московского и всея Руси, которым стал московский митрополит Тихон (Белавин).

Вместе с тем недоумение и разочарование в церковной среде вызвало появление 23 января 1918 г. декрета Советского правительства об отделении церкви от государства. Избавившись от давления государственной власти, церковь оказалась и сама устранена от возможности влиять на общество. К тому же первые месяцы существования новой власти продемонстрировали разгул анархии, проявившейся в том числе и по отношению к представителям духовенства. Были разграблены многие монастыри, погибли сотни монахов, пытавшихся остановить грабителей и убийц. Все это заставило патриарха Тихона выступить 19 января 1918 г. с посланием, в котором он потребовал от новой власти прекратить грабежи и разбои, призвав прихожан православных храмов отстаивать свою веру даже с оружием в руках.

Многие церковные деятели, участвовавшие в работе Поместного собора (Антоний Храповицкий, Андрей Ухтомский), выступили с более радикальной позицией, отказавшись подчиниться декрету и присоединившись к белогвардейским войскам на Юге России и в Сибири. Противоречивость их позиции заключалась в том, что, признавая свою светскую подчиненность таким деятелям Белого движения, как генерал А.И. Деникин или адмирал А.В. Колчак, эти церковные иерархи подчеркивали главенство Тихона, который формально признал Советскую власть в качестве духовного главы всей Русской православной церкви. Это решение было закреплено на Ставропольском соборе 1919 г., в котором приняли участие все высшие представители церковной иерархии, находившиеся в тот момент на территории, контролируемой Белым движением. Вместе с постепенным установлением советской власти практически на всей бывшей территории Российской империи (за исключением аннексированных в пользу Германии земель и Польши с Финляндией, на территории которых были основаны независимые Польская и Финляндская православные церкви), оппозиционные представители духовенства были вынуждены покинуть пределы России. Основными центрами российской эмиграции в первой половине 1920-х гг. стали Германия и Чехия, где оказался собран цвет интеллигенции, в том числе и наиболее прогрессивные религиозные мыслители – Антоний Храповицкий, Евлогий и др.

Таким образом, 1920-е гг. знаменовали собой новый раскол православной церкви, спровоцированный последствиями Октябрьской революции и установлением нового строя, который не был признан многими группами верующих. Уже в 1917 г. из ведения Русской православной церкви выделилась Грузинская православная церковь, провозгласившая свою полную независимость в церковных делах. В 1921 г. на Карловацком соборе русскими эмигрантами было объявлено о создании Русской православной церкви в изгнании, которая заявила о своем неподчинении Русской православной церкви и обвинила оставшихся в России церковных иерархов в отступничестве от истинной веры.

Оставшиеся в России священнослужители оказались вынуждены мириться с постановлениями новой власти либо вступать с ней в открытое противостояние, которое, как правило, заканчивалось не в пользу священников. Вслед за планомерным лишением монастырей их собственности и широко развернувшейся антирелигиозной агитацией (1921–1929), последовало правительственное постановление «О культах» (1929), которое приравняло деятельность Русской православной церкви к сектантству. После этого постановления у органов власти появился формальный повод для предъявления обвинений и арестов. В 1930-е гг. по стране прокатилась волна арестов с последующим отправлением в ГУЛАГ или расстрелом. Пик этих репрессий пришелся на 1937–1938 гг. Общее количество священнослужителей, подвергнутых репрессиям в эти годы, превышает 600 тыс. человек, большая часть из которых погибла в лагерях или была расстреляна.

Некоторые послабления православной церкви были сделаны в 1942 г. Это было вызвано необходимостью консолидации советского общества перед лицом внешнего врага, которым являлась фашистская Германия. Религиозная вера продолжала быть мощной внутренней силой, именно к ней обратились советские руководители, сделав некоторые уступки и административного характера: началось восстановление храмов, был основан «Журнал Московской патриархии», ставший официальным печатным органом Московского патриархата.

Частично раскол оказался преодолен при патриархе Алексии I, вступившем на патриарший престол в 1944 г. К русской православной церкви примкнули так называемые «обновленцы», провозгласившие в 1920-х гг. реформирование православного вероучения (переход на григорианский календарь, утверждение русского языка в качестве языка богослужений и т. д.). Патриархат потребовал от них публичного покаяния и возвращения всех иерархов к тем чиновным санам, которые у них были к моменту отпадения от истинной церкви. Оба этих условия были исполнены, после чего воссоединение завершилось. В 1946 г. к Русской православной церкви официально присоединились униаты, проживающие на территории Украины и до этого подчинявшиеся Римской католической церкви. На соборе 1971 г. было выработано соглашение об официальном примирении Русской православной церкви со старообрядцами.