Предпосылки церковного раскола созревали в Русском государстве достаточно долго. В середине XV в. псковский игумен Евфросин предпринял путешествие в Константинополь, еще находившийся под властью византийского императора, для того чтобы выяснить, сколько раз должен произноситься при богослужении возглас «аллилуйя» – два или три. На Руси была принята троекратная форма произнесения этого возгласа, соответственно и крестное знамение совершалось сложенными в щепоть тремя пальцами, что символизировало догмат о трех божественных ипостасях. В константинопольских церквях, как выяснил Евфросин, возглас удваивали, а знамение совершали двумя пальцами, поэтому, вернувшись в родной монастырь, он начал вводить новые порядки, санкционируя их применение авторитетом константинопольского патриарха. Многие священники поддержали устоявшийся порядок троекратного знамения, что вылилось в долгие споры, конец которым был положен решением Стоглавого собора, утвердившего в качестве официальной формы двоекратное знамение и удвоение возгласа «аллилуйя».

Патриарх Никон, занявший патриарший престол в 1652 г., сделал одной из своих основных задач устранение ошибок и противоречий, содержащихся в старых церковных книгах, с той целью, чтобы единому государству, претендовавшему кто муже на единоличное наследование истинно православной религии, соответствовала столь же единая церковь. Подобные реформы задумывались еще в XVI в., но Стоглавый собор не сумел устранить всех возникших противоречий, к которым за прошедшие со времени его созыва годы добавились новые, например вопрос о том, какими должны быть церковные песнопения – многогласными или одногласными. Никон был членом кружка, включавшего в себя ближайших сподвижников царя Алексея Михайловича. Именно в рамках этого кружка возникали идеи, которым предстояло определить дальнейшее развитие русского царства и православной религии, поэтому санкция монарха на проведение соответствующих изменений была получена патриархом без особых усилий. Уже в 1653 г. Никон единолично, без созыва церковного собора запретил двукратное крестное знамение и удвоение возгласа «аллилуйя», заменив их троекратным; многогласие также было запрещено.

Протопопы Аввакум и Даниил подготовили челобитную царю Алексею Михайловичу, в которой ссылались на то, что отвергаемые элементы культа имели давнюю историю и были освящены многовековой практикой, но челобитная была проигнорирована, а ее авторы поплатились за свою непокорность свободой. Протопоп Аввакум, продолжавший активно выступать против нововведений Никона даже находясь в сибирской ссылке, позже был сожжен (1682). Никон же собрал комиссию из монахов, бывших выходцами с Украины и свободно владевших латинским и греческим языками, с целью выявления всех искаженных мест в церковных книгах и их последующего исправления. Эта работа заняла несколько лет, на протяжении которых новые правила активно внедрялись сторонниками патриарха, в то время как противники исправлений были подвергнуты в 1656 г. анафеме и провозглашены еретиками – отступниками от православной веры.

После подобных поступков Никона церковный раскол, вылившийся в разделение всего общества на сторонников и противников нововведений, оказался неминуем. Несмотря на то что сам патриарх вскоре впал в немилость к царю и был сослан в ссылку, начатые им реформы оказались продолжены и доведены до логического завершения. Уже через несколько лет исправленные церковные книги официально были признаны единственно верными, а старые было велено уничтожить. Но далеко не все были согласны с церковными реформами. Противники нововведений – их стали называть старообрядцами – сгруппировались вокруг Соловецкого монастыря, игумен которого не признал исправленные книги. Правительству пришлось применить вооруженную силу, чтобы заставить монахов принять реформы, что удалось только после нескольких лет осады монастыря. Старообрядцы, не пожелавшие мириться с новыми порядками, были вынуждены покинуть пределы центральной части России и бежать на ее окраины (Поволжье, Урал, Сибирь, Дон), где отсутствие царских войск оставляло им возможность соблюдать обряды по прежнему образцу. Но даже там не оставляла власть в покое сторонников старой веры. Их селения окружались регулярными войсками, после чего взрослых и детей насильно принуждали переходить в новую веру. Те, кто не считали возможным поступиться собственными религиозными устоями, предпочитали сгореть, нежели отречься от веры. По данным современных исследователей, число старообрядцев, добровольно совершивших самосожжение в последние десятилетия XVII в., превышает 20 тыс. человек, а общее количество противников церковных реформ, покинувших пределы России, составляет 10 % общей численности ее населения на тот момент.

Периодически старообрядцы пытались изменить сложившееся в религиозной системе страны положение, но такие попытки, как правило, заканчивались неудачей. Знаменитый Стрелецкий бунт (1682), пожалуй, стал наиболее ярким событием активного противостояния сторонников и противников новой веры. В Грановитой палате Кремля был даже устроен богословский диспут между сторонниками каждой из точек зрения, но закончился этот спор лишь взаимными угрозами, а тем временем бунт стрельцов был подавлен, после чего старообрядцам оставалось лишь хранить свою веру в глубокой тайне, не претендуя на открытую борьбу.

Следует уточнить, что старообрядцы, противопоставляя себя сторонникам новой веры, не являлись целостным образованием: внутри них выделялись группы, различавшиеся трактовкой отдельных положений, как правило, культового, а не догматического характера. Ключевым моментом для раскола внутри самих старообрядцев стал конец XVII в., когда постепенно ушли из жизни те священники, которые были рукоположены в сан по прежним правилам. Некоторые группы старообрядцев ввели практику рукоположения в сан священником своего будущего преемника, что позволяло сохранить непрерывной линию хранителей истинной веры – такие старообрядцы получили название поповцы. Те старообрядцы, которые исключили возможность самовольного назначения священников, стали называться беспоповцами. Другим спорным вопросом, относительно которого ревнители старой веры не смогли прийти к однозначному решению, явилось разрешение или запрет священнику жениться. Представители Древлеправославной поморской церкви, сгруппировавшиеся вокруг Соловецкого монастыря, разрешали своим священникам вступать в брак и иметь детей. Активным сторонником такой трактовки старообрядческой веры выступил проповедник Василий Емельянов. От Поморской церкви в самом конце XVII в. отделились так называемые федосеевцы (по имени основателя общины Феодосия Васильева), которые считали недопустимым вступление священника в брак.