В годы золотоордынского ига церкви удалось сохранить свое благосостояние благодаря снисходительному отношению к ней со стороны монгольских ханов. Обычаи монголов запрещали им относиться уничижительно к чужой религии, поэтому среди погибших в 1237–1240 гг. священников было чрезвычайно мало, особенно по сравнению с числом представителей других групп населения. После того как иго было закреплено согласием русских князей платить монгольскому хану дань, Русская православная церковь со всеми своими владениями была освобождена от уплаты обязательного налога, что позволило ей стать значительной экономической и политической силой.

В 1299 г. киевский митрополит Максим из разоренного и опустошенного Киева перенес свою резиденцию в более безопасный Владимир, а спустя еще несколько лет митрополий престол нашел себе новое пристанище в Москве (1324). Это обстоятельство стало сильным козырем в руках Ивана Калиты, поскольку митрополит Петр тем самым санкционировал претензии московских князей на первенство среди всех русских правителей. Духовное владычество митрополита и тот политический вес, который он имел, – все это не могло игнорироваться как борющимися друг с другом князьями, так и простолюдинами, в глазах которых место пребывания митрополита являлось религиозным центром Руси, ее сердцем. С этого момента русские митрополиты выступали верными помощниками и духовными наставниками русских князей в процессе объединения Русского государства.

Другой приоритетной задачей церкви в целом и отдельных подвижников стало распространение православия среди нехристианских народов (север Руси и Урал), а также значительное увеличение числа монастырей и монахов. Особо почитаема как среди знати, так и среди простых людей была Троице-Сергиева пустынь, основанная Сергием Радонежским (1321–1391), происходившим из знатного рода, но отрекшимся от земной власти ради духовного подвига.

Принимая активное участие в политических и социальных процессах, Русская православная церковь не сумела избежать и последствий этого участия, которые проявились довольно скоро. Уже в 1377 г., после смерти митрополита Алексия (1353–1377), пользовавшегося громадным духовным авторитетом, место митрополита стало предметом активной борьбы различных церковных и светских группировок. Пимен, получивший сан митрополита в Константинополе, был смещен Дмитрием Донским, который назначил на его место своего духовника Митяя, а после его смерти – Киприана, которого сам же и прогнал.

Столь частая смена митрополитов и их явная зависимость от светской власти оказались сильным дестабилизирующим фактором, влияние которого удалось преодолеть только в первой половине XVb., когда перед всем православным христианством стояла другая задача: сохранение священной христианской веры перед лицом нового и очень опасного врага – турок-османов. Угроза захвата ими Константинополя, которая и осуществилась в 1453 г., привела к тому, что часть восточных церквей, пытаясь избежать своего окончательного уничтожения, пошла на заключение с католиками Флорентийской унии. Эта уния, подписанная в 1439 г. в том числе и делегатом от Русской православной церкви, означала признание главенства папы и утрату церковной независимости. Но митрополит Исидор, подписавший эту унию, оказался заключен под стражу сразу после своего возвращения в Москву, а собор церковных иерархов Русской православной церкви отказался признавать эту унию. Таким образом, русская церковь не только отказывалась от возможной помощи Западной Европы по возвращению Константинополя, но и автоматически противопоставляла себя остальным православным церквям.

Изменившиеся политические условия вынудили русских богословов сформулировать новую идею, выражавшую сущность русского православия и получившую известность в качестве доктрины «Москва – Третий Рим». Сформулирована эта доктрина была в трудах псковского монаха Филофея, утверждавшего, что причиной гибели Рима, а потом и Константинополя стали ереси, в которых погрязли эти города. Москва, унаследовавшая духовное главенство этих городов, избавлена от снедавших их пороков, поэтому именно ей предстоит воплотить идею осуществления истинно православного государства на земле.

Конец XV в. для Русской православной церкви прошел в борьбе между двумя основными направлениями – иосифлянами и нестяжателями. Первые, получившие название по имени своего духовного лидера – игумена Волоцкого монастыря Иосифа, утверждали, что церковь служит наместницей бога на земле, поэтому все принадлежащие ей земли являются собственностью Господа и неприкосновенны для мирской власти. Их противники (Вассиан Патрикеев, Нил Сорский) провозглашали раннехристианский идеал монаха, не отягощенного земными заботами, но поднимающегося в своих мыслях к миру духовному и соответственно не нуждающемуся ни в каких мирских благах. Борьба этих двух течений завершилась поражением нестяжателей, которые были осуждены церковным собором и разосланы по дальним монастырям.

Период XVI в. стал временем окончательного оформления русской православной церкви в качестве официального института в новом централизованном государстве. Прошедший в 1551 г. Стоглавый собор (названный так потому, что его решения составили ровным счетом 100 глав) унифицировал соблюдение церковных правил и норм по всей территории Русского государства, а также регламентировал степень включенности церковных норм в светскую жизнь. Мирянам, вне зависимости от их социального статуса, запрещалось играть в шахматы (впрочем, Иван Грозный успешно пренебрегал этим правилом), брить бороду, смотреть театральные спектакли и представления скоморохов. Другое решение этого собора закрепило практику канонизации святых. Таковых к середине XVI в. насчитывалось 22 в общероссийском масштабе и еще 45 – в масштабе региональном. За несколько десятилетий правления Ивана Грозного число святых возросло в несколько раз. Практически в каждом монастыре оказались «обретены» мощи местных святых, а основной работой монастырских писцов на долгое время стало сочинений житий, в которых описывались духовные подвиги усопших праведников, позволяющие причислить их к лику святых. Апофеозом выстраивания здания Русской православной церкви стало учреждение в 1589 г. звания патриарха, которого удостоился митрополит московский Иов. Представители других православных патриархий, сначала препятствовавшие приобретению московской митрополией более высокого статуса, были вынуждены согласиться на этот шаг из-за боязни потерять того могущественного союзника и покровителя, которым для них являлся русский царь.