Сооружая с железной настойчивостью грандиозное здание новой России, Петр не жалел ни себя, ни других. Готовность беспощадно карать ослушников царь проявил уже во время стрелецкого бунта 1698 г., который был поднят в бытность Петра за границей в составе Великого посольства недовольными тяжелыми условиями службы стрельцами. Четыре расквартированных в Торжке стрелецких полка двинулись на Москву, но по дороге были разгромлены верными Петру войсками. После возвращения Петра в Москву там начались массовые казни участников бунта. Сотни стрельцов пали жертвами беспощадных репрессий. 195 стрельцов было повешено возле стен Новодевичьего монастыря, у окон кельи царевны Софьи, поскольку стрельцы подумывали о возведении ее на престол.

С проявлением недовольства его деятельностью Петр I сталкивался на протяжении всего своего царствования. Война и преобразования дорого обходились самым различным слоям населения. Изнурительная служебная повинность тяжким бременем лежала на дворянах. Для крестьян и посадских людей эпоха преобразований обернулась ростом налогов, рекрутчиной, массовыми мобилизациями на всякого рода работы. В ходе реформ общество переживало болезненный процесс крушения многих привычных жизненных норм, взамен которых власть, не стесняясь в средствах, вводила чуждые и непонятные большинству новшества. Все это создало почву для острых социальных конфликтов. На обрушившиеся на них тяготы низы отвечали массовыми побегами, действиями «разбойных команд». В 1705 г. вспыхнуло восстание в Астрахани, во многом спровоцированное злоупотреблениями местных властей. Восставшие, среди которых особенной активностью отличались сосланные в Астрахань стрельцы, перебили ненавистных им офицеров, приказных людей, иностранцев. Власть в городе перешла в руки избранных населением должностных лиц. Попытки астра-ханцев привлечь к участию в восстании города Нижнего Поволжья и Дона окончились, однако, неудачей. В начале 1706 г. Астрахань была взята карательными войсками под командованием Б. П. Шереметева Восстание потерпело поражение.

В 1707–1708 гг. Дон и прилегающие к нему территории были охвачены восстанием под руководством Кондратия Булавина. На Дону к этому времени сложилась весьма напряженная ситуация. Казаки были недовольны наступлением царской администрации на их традиционные права, в частности, попытками властей организовать на Дону сыск беглых крестьян, что нарушало старинное правило — «с Дона выдачи нет». Казаки и стали застрельщиками восстания, которое возглавил бывший бахмутский «атаман» К. А. Булавин. После его гибели в результате заговора зажиточной казачьей верхушки движение продолжалось и достигло весьма широкого размаха. В рядах повстанцев сражались казаки, крестьяне, бурлаки. В конце концов царские власти подавили и это выступление. Недовольны были, однако, не только социальные низы. О наличии оппозиционных настроений в верхах свидетельствовало дело царевича Алексея — сына Петра от первого брака с Е. Ф. Лопухиной. Алексею, негативно относившемуся к деятельности отца, сочувствовали многие представители высшей знати и церковной иерархии. Конфликты с Петром в конечном счете толкнули царевича на побег в Австрию. Петру, однако, удалось добиться возвращения сына, который затем в 1718 г. был приговорен к смертной казни. Царевич умер в Петропавловской крепости при невыясненных обстоятельствах.

Дело Алексея побудило Петра I изменить традиционный порядок престолонаследия, предусматривавший передачу трона от отца к старшему сыну. В 1722 г. царь утвердил Устав о наследии престола, согласно которому монарху давалось право назначать себе преемника по своему усмотрению. Самому Петру, однако, было не суждено воспользоваться этим правом. В ночь с 28 на 29 января 1725 г. царь-реформатор умер, не оставив завещания. Бурная эпоха преобразований завершилась.