Впервые – в журнале «Современник», 1863, № 1–2, стр. 195–208 (ценз. разр. – 5 февраля), под № III вместе с рассказами «Деревенская тишь» и «Для детского возраста», с общим заголовком «Невинные рассказы». Подпись, общая для трех рассказов: Н. Щедрин.

Рукописи и корректуры не сохранились.

Рассказ «Миша и Ваня» написан Салтыковым в декабре 1862 года (см. письмо Салтыкова к Н. А. Некрасову, датируемое второй половиной декабря 1862 года). В основу произведения положено событие, происшедшее в 1859 году в Рязани в период службы там Салтыкова. Местная помещица истязаниями довела двух своих мальчиков-крепостных (лет десяти – двенадцати) до того, что, по взаимному согласию, они решили зарезать друг друга столовыми ножами. Младший погиб, старшего удалось спасти. Узнав о случившемся, Салтыков, исполнявший в ту пору должность рязанского губернатора, немедленно обратился с официальным отношением к губернскому прокурору, в котором писал: «Вчера, 27 сентября, два мальчика, находящиеся в услужении у полковницы Кислинской, проживающей в г. Рязани у г. Вельяшева, покусились на собственную свою жизнь. При этом в городе существует молва, что покушение это произошло от многократно повторявшихся жестоких истязаний как со стороны владелицы их, так и со стороны г. Вельяшева… А потому предписываю вам о происшествии этом произвести строжайшее формальное следствие, по окончании представить оное ко мне». Однако расследование дела было искусственно затянуто и завершено уже после отъезда Салтыкова из Рязани оправданием виновных.

Первоначально рассказ не вызвал возражений со стороны цензуры и был пропущен в печать без каких-либо изъятий и замен. Однако вскоре после опубликования он привлек к себе внимание члена Совета по делам книгопечатания О. Пржецлавского. «…В <рассказе> «Миша и Ваня»… описываются возмутительные черты жестокости и разврата бывших помещиков в их отношениях к бывшим крепостным людям», – писал О. Пржецлавский в своем докладе о двух первых книжках возобновленного «Современника». И продолжал: «…не надобно забывать, что новые отношения между помещиками и крестьянами не вполне еще установились и окрепли, взаимная зависимость одних от других не совсем прекратилась. И поэтому нельзя не заметить, что в настоящем положении дела… очень неуместно и даже вредно разжигать страсти и в освобожденном от гнета населении возбуждать чувства ненависти и мщения за невозвратное прошедшее».

Во втором издании сборника «Невинные рассказы» (1881) Салтыков исключил из рассказа следующий текст обращений «от автора» к Екатерине Афанасьевне и к «матери-земле», заключающих сцену самоубийства мальчиков в журнальной редакции рассказа и в первом издании сборника «Невинные рассказы» (1863):

«Катерина Афанасьевна! если бы вы могли подозревать, что делается в этом овраге, покуда вы безмятежно почиваете с налепленными на носу и на щеках пластырями, вы с ужасом вскочили бы с постели, вы выбежали бы без кофты на улицу и огласили бы ее неслыханными, раздирающими душу воплями.

Земля-мать! Если бы ты знала, какое страшное дело совершается в этом овраге, ты застонала бы, ты всколыхнулась бы всеми твоими морями, ты заговорила бы всеми твоими реками, ты закипела бы всеми твоими ручьями, ты зашумела бы всеми твоими лесами, ты задрожала бы всеми твоими горами!».

Исключая эти строки, Салтыков, по-видимому, согласился с ядовитыми замечаниями Д. И. Писарева в статье «Цветы невинного юмора»: «Ах, мои батюшки! Страсти какие! Не жирно ли будет, если земля-мать станет производить все предписанные ей эволюции по поводу каждого страшного дела, совершающегося в овраге. Ведь ее, я думаю, трудно удивить; видала она на своем веку всякие виды…»

Теперь все это какой-то тяжкий и страшный кошмар… от которого освободило Россию…слово царя-освободителя…– Имеется в виду крестьянская реформа. У Салтыкова признание того, что реформа не принесла народу подлинного освобождения, совмещалось с представлением о прогрессивности ее в той части, которая касалась ликвидации ужасов личного рабства для многомиллионных масс русского крестьянства. В конце 50-х годов писатель был непосредственным свидетелем борьбы государственной администрации с крепостнической «земщиной», активно выступавшей против реформы. Отсюда некоторая идеализация роли правительства Александра II и самого царя в деле подготовки и проведения реформы, свойственная многим передовым современникам Салтыкова, в том числе и Герцену. Эта идеализация была замечена в демократических кругах и послужила поводом для резкого упрека в адрес Салтыкова, прозвучавшего со страниц журнала «Русское слово». В статье «Глуповцы, попавшие в «Современник»» Варфоломей Зайцев писал:

«Зачем же сами вы, почтенный муж, представлялись недовольным и делали вид, что чего-то желаете?.. Ваше недовольство было будированием, да и не мне одному это известно, а всякому, кто со вниманием прочел, например, рассказ «Миша и Ваня», имеющий солидарность с вашими фельетонами…» («Русское слово», 1864, № 2, отд. II, стр. 35–36).