В октябре 2008 года Сердюков объявил о начале военной реформы, одним из элементов которой должен стать переход от дивизионно-полковой структуры войск и штабов к бригадной. Она предусматривала значительное сокращение общей численности Вооруженных сил (сообщалось, что офицерский корпус должен сократится с 315 тысяч до 150 тысяч человек, институт прапорщиков и мичманов будет ликвидирован, количество генералов будет сокращено, а аппарат Мин обороны уменьшится в два с половиной раза).

Военная реформа предусматривала, в частности, и избавление армии от непрофильных активов. Планировалось распродать земли и строения, которые могут эффективнее использоваться гражданскими руководителями. Бюджет должен был получить доходы, а земли и строения (часть из которых попали в распоряжение Минобороны фактически по недоразумению) – новую жизнь.

Были обнародованы и планы реформ тыловых структур в рамках «придания нового облика» Вооруженным силам РФ, согласно которым систему военной торговли, военное сельское хозяйство и часть военных ФГУПов планировалось передать в гражданское ОАО «Оборонсервис», а Центр заказов и поставок материальных и технических средств тыла переформировать в гражданское Федеральное агентство закупок и поставок.

В рамках реформы в сентябре 2008 года был создан холдинг «Оборонсервис», в который вошли девять субхолдингов – «Авиаремонт», «Спецремонт», «Ремвооружение», «Оборонстрой», «Агропром», «Оборонэнерго», «Военторг», «Красная звезда» и «Славянка». Предполагалось, что холдинг займется обслуживанием войск и офицерам уже не придется отвлекаться на «мелочи» вроде ремонта техники или починки водопровода.

Анатолий Сердюков и Дмитрий Медведев. Фото РИА Новости, Сергей Гунеев

Однако армейская реформа, в отличие, например, от реформы МВД, сравнительно мало освещалась в СМИ. Достаточно скоро информация о проведении реформы в армии становилась все более скудной. Начальник Генштаба Николай Макаров даже подписал специальную директиву «О недопущении разглашения сведений о реформировании Вооруженных сил РФ». Распоряжение запрещало распространение сведений о ходе реформ, возникающих проблемах, а главное, о настроениях в войсках. До прессы доходили лишь отдельные популистские инициативы, такие как замена дивизий и полков бригадами или введение новой формы «от Юдашкина».

По сведениям западных СМИ, реформа вызвала всплеск недовольства среди офицеров, которые не доверяют действующей власти. Российская пресса, напротив, сначала отмечала, что открытого сопротивления реформа в обществе не встретила (позже, однако, ситуация переменилась). При этом СМИ, в частности, газета «Коммерсант», публиковали информацию о том, как осенью того же года рядом высших военачальников были поданы рапорты об отставке, что объяснялось несогласием с военной реформой, проводимой Сердюковым.

Открыто против преобразования армии выступили лишь представители КПРФ. Назвав реформу «дорогостоящей» и «непродуманной», они потребовали отставки Сердюкова. По мнению депутатов-коммунистов, происходящее в армии «представляет угрозу для обороноспособности страны», поскольку в результате сокращения личного состава она теряет «высококвалифицированные кадры». Представители фракции КПРФ в Госдуме заявили, что поддержат «массовые выступления увольняемых офицеров, а также трудящихся, протестующих против увольнений и сокращений зарплаты». Несмотря на активные выступления противников реформы, к декабрю 2009 года структура управления армией была значительно изменена, а офицерский состав был подвергнут существенному сокращению (с 355 тысяч офицерских должностей до 150 тысяч).

Тем временем люди, непосредственно связанные с армией, быстро заметили, что «Оборонсервис» плохо справляется со своими обязанностями. Вот только один характерный пример. Замглавы администрации Среднинского муниципального образования Иркутской области (военный городок Средний) Евгений Дорофеев пожаловался журналистам, что из 33 жилых домов городка 21 дом по состоянию на 2012 год находится в аварийном состоянии. Даже администрация ютится в аварийном здании бывшего детсада. Есть еще около десяти брошенных зданий, которые не сносят и не ремонтируют.

В Среднем большие сложности с уборкой мусора, 18 штатных дворников не справляются с объемом работы.

«Мы постоянно ставим вопрос по дворникам «Славянке». Они обращаются в Иркутск, те – в Москву. Ответ обратно до нас не доходит», – рассказал Дорофеев. По его словам, озлобленные жители уже начали жечь мусор в подъездах. Ловить хулиганов некому – на весь военный городок осталась «половина полицейского», то есть участковый, который обслуживает Средний и еще один населенный пункт. Военные патрули, которые обеспечивали порядок до реформы, теперь сняты. Криминогенная обстановка не замедлила ухудшиться.

В котельной Среднего до начала реформы работали 64 кочегара, а сейчас остались 22. Сама котельная требует ремонта. Однако взять и так просто передать все дела «Оборонсервису» не удалось – котельная обогревает не только жилые дома, но и военные объекты, такие как аэродром. С одной стороны, по логике реформы офицеры не должны заниматься обогревом жилых домов. С другой стороны – тонкости обслуживания аэродрома составляют военную тайну, к которой нет допуска у гражданских специалистов. Так котельная зависла меж двух огней, и местные мелкие чиновники (которые тоже живут в этом городке и хотят иметь дома отопление) вынуждены каждую зиму «решать вопрос» на грани законного и разумного.

А посреди города Опочка Псковской области есть военный городок, который был брошен военнослужащими еще в советское время. Городские власти неоднократно предлагали военным что-то сделать со зданиями, когда те еще находились в весьма неплохом состоянии. Однако Минобороны отказывалось расставаться с заброшенной недвижимостью. Постепенно здания превратились в руины, которые представляют опасность для залезающих туда детей. Казалось бы, именно такие проблемы призвана решить реформа. Перестать быть «собакой на сене», передать земли под строительство новых жилых домов, школ или спортивных площадок. Но «Оборонсервис» Опочка почему-то не заинтересовала.

Кроме того, из-за реформы серьезно подорожал ремонт военной техники. Решение проводить ремонт исключительно через «Оборон-сервис» оказалось неэффективным. Если раньше авиапредприятию ремонт обходился в 12–15 миллионов рублей, то после реформы – в 15–30 миллионов.

В декабре 2008 года Сердюков вместе с главой банка ВТБ Андреем Костиным и губернатором Санкт-Петербурга Валентиной Матвиенко подписал меморандум о создании в Кронштадте объединенного военного учебно-научного центра (ВУНЦ) «Военно-морская академия». Этот девелоперский проект, оценивавшийся более чем в 100 миллиардов рублей, «Коммерсант» называл «беспрецедентным по масштабу». По сведениям издания, в основу проекта строительства ВУНЦ был положен проект компании «ВТБ-Девелопмент» (возглавляемой сыном Матвиенко Сергеем дочерней структуры банка ВТБ), который после подписания документа решено было реформировать «с учетом требований Минобороны».

Осенью 2010 года Сердюков инспектировал учебный центр «Сельцы» Рязанского высшего воздушно-десантного командного училища. Почти через две недели после этого визита в СМИ разразился скандал: сначала в некоторых изданиях появилось сообщение о произошедшем конфликте между министром и начальником центра полковником Андреем Красовым, затем Союз десантников России обнародовал видеообращение к президенту РФ и патриарху Московскому и всея Руси Кириллу.

Десантники обвиняли Сердюкова в том, что он «в грубой форме, нецензурной бранью оскорблял» Красова, требовал убрать с территории части недавно построенный деревянный храм Ильи-пророка, а также в целом притеснял ВДВ. Недовольство по поводу деятельности министра, в частности его военной реформы, проявляли его давние оппоненты: председатель Союза десантников генерал Владислав Ачалов, председатель центрального совета Союза полковник Павел Поповских и председатель Международного союза десантников генерал-лейтенант Альберт Слюсарь. Вскоре с заявлением выступил командующий ВДВ Владимир Шаманов, который объявил, что конфликт между его подчиненным и министром «выдуман на пустом месте» и назвал всю историю «грязной нечистоплотной игрой». Красов также отверг версию о ссоре с Сердюковым и определил их общение как деловое. Несмотря на это, десантники провели митинг, на котором даже потребовали отправить министра в отставку. Между тем некоторые СМИ сделали предположение относительно конфликта с Красовым: «в учебном центре не был завершен ремонт столовой и инженерных сетей», поэтому Сердюков мог высказать недовольство по поводу возведения храма.