А война уже подходила к концу. Истощив свои силы в борьбе с Россией и потерпев от неё ряд сокрушительных поражений, Турция запросила мира. Боевые действия на Средиземном море были приостановлены. Русские моряки собирались в обратный путь, домой.

В этот период Михаил Кожухов исполнил ещё одно важное поручение. Как один из наиболее отличившихся капитанов он был послан вице-адмиралом Елмановым к Алексею Орлову в Ливорно с известием о размене ратификаций с Высокой Портой. А затем был многотрудный переход на изношенных донельзя судах на Балтику. В 1775 году фрегат «Надежда» спустил паруса в Кронштадтской гавани. А вскоре во время морского парада в честь героев Средиземноморья императрица Екатерина II самолично возложила на капитана Кожухова Георгиевский крест 3-го класса…

Затем были в жизни Михайлы Григорьевича новые корабли и новые плавания. Ежегодно он выходил в море — обучать морскому делу молодёжь. В 1780 году Екатерина II объявила политику вооружённого нейтралитета, чтобы оградить от английских посягательств свой торговый флот. Одна за другой ушли в далёкие моря несколько балтийских эскадр. На эскадре контр-адмирала Круза капитаном флагманского корабля «Спиридон» ушёл в Немецкое море и капитан 1-го ранга Кожухов.

В 1781 году Кожухов тяжело заболел и уволился в годовой отпуск для поправления здоровья. Позже он попытался было вернуться на флот, но болезнь обострилась. Получив чин капитана генерал-майорского ранга с полным пенсионом, Кожухов навсегда простился с флотом.

Дальнейшая его судьба нам неизвестна. Скорее всего, она была такой же, как у большинства его сотоварищей, доживавших свой бурный век в небольшом поместье.