Желток состоит из питательных веществ (желточных шариков) и собственно зародыша или зародышевого диска (бластодиска) белого цвета примерно 3–4 мм в диаметре. Если яйцо не было оплодотворено, то зародыш имеет меньший размер — примерно 2 мм.

Для нормального развития зародыша необходимы вещества под названием каратиноиды, о количестве которых судят по цвету желтка. Чем он желтее, тем больше пигментов, а следовательно, больше каратиноидов. Так как эти вещества являются производными растительных продуктов, то их количество в яйцах резко увеличивается при кормлении племенных кур и петухов кукурузой, люцерной, морковью, тыквой или другими видами растительных кормов.

На начальном этапе развития зародыш употребляет находящиеся в яйце углеводы и белки, а в конце — жиры. Часть желтка втягивается в брюшную полость цыпленка и становится источником его питания на 3–7 дней после вылупления. Большое значение при формировании цыпленка имеет наличие в белковом слое природного антибиотика лизоцима, который предохраняет внутреннюю часть яйца от микроорганизмов, а следовательно, от порчи. В куриных яйцах содержится 5 мг/г лизоцима.

В правильном обмене веществ эмбриона важную роль играют вещества, составляющие скорлупу, т. е. фосфор, углекислый кальций, магний и различные соли. Именно из них зародыш строит свой костяк. Пористая структура скорлупы (130 пор на 1 см²) обеспечивает нормальный газообмен внутри яйца. Внешняя органическая структура оболочки называется кутикулой и нужна для предотвращения попадания внутрь яйца микроорганизмов. Поэтому яйца не рекомендуется протирать или мыть, так как кутикула стирается и они портятся.

В верхней тупой части яйца непосредственно после снесения образуется газовый отсек, который выполняет функцию кислородного баллона для цыпленка перед наклевыванием, позволяя ему дышать. При смещении газовой камеры молодняк может погибнуть в процессе наклевывания, именно поэтому во время выбора яиц для инкубации экземпляры со смещенной камерой выбраковывают.

Кроме того, выбраковывают яйца, в которых может находиться больше одного желтка. Такие обычно сносят молодки, резко стимулированные к началу яйцекладки. В начале яйцекладки куры склонны нести мелкие яйца, в которых может не быть желтка. Это происходит из-за попадания в яйцевод инородных включений (тромбы, белок), которые раздражают яйцевод, вызывают его работу, покрываются белком и скорлупой. Яйца неправильной формы, как правило, становятся результатом деформации матки у птицы (травматического или инфекционного характера).

Еще одной аномалией яйцекладки становится несение яиц с излишне тонкой скорлупой или вовсе без нее. Данное явление встречается при патологиях работы желез матки курицы или при недостатке в рационе питания минеральных веществ, витаминов A и D. У старых особей может наблюдаться несение мраморных яиц или яиц с пористой поверхностью, что также обусловливается недостатком минералов.