Крестовые походы имели как военный, так и религиозный характер, а в Святой земле эти стороны средневековой жизни нашли свое логическое воплощение в создании братств рыцарей-монахов великих военных орденов.

Место, которое считали Латинским приютом, основанным в Иерусалиме Карлом Великим, было приобретено в 1070 году купцами из Амальфи, Италия . Здесь был основан госпиталь  для христианских паломников. Постепенно здесь образовалось братство по уходу за больными и ранеными. После взятия города в 1099 году Готфрид Бульонский и много других дворян даровали госпиталю земли как в Святой земле, так и в Европе. В то время госпиталь возглавлял один лишь Жерар, которого в папской булле более позднего времени назвали учредителем ордена госпитальеров. В 1113 году папа Пасхалий II объявил госпитальерам папскую протекцию. Постепенно госпитальеры получили полную независимость от юрисдикции местного духовенства, подчиняясь только папе. Их самые ранние законы, очень похожие на законы каноников-августинцев, связывали братьев клятвой бедности (имуществом ордена они владели сообща), чистоты (женитьба была запрещена) и послушания (подчинение правилам сообщества и старших по рангу). В самых ранних известных законах «ордена всадников госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского» нет упоминаний ни о военных обязанностях, ни о разделении на рыцарей и сержантов. Однако правило, что оружие должно применяться только для защиты королевства или для нападений на города сарацин, был упомянут в папской булле Александра III (1178–1180) как «соответствующее обычаю Раймонда», то есть Раймонда де Пюи, который стал Великим магистром, первым гроссмейстером ордена после Жерара, и скончался примерно в 1160 году. Госпитальеры определенно были организованы как военный орден примерно к 1135 году, когда им был дарован замок Бетгемлин  в 1142 году, которой они владели до 1271 года. Европейские организации ордена состояли из провинций (позднее их назвали «лангами», то есть «языками») и из групп приоров, которые сами делились на командорства из нескольких рыцарей или сержантов.

Пример рыцарей-тамплиеров, возможно, привел к изменению целей госпитальеров. Они никогда не теряли из виду свою первоначальную задачу, уход за больными и ранеными, и поддержка больниц и госпиталей остается главным видом деятельности ордена вплоть до настоящего времени. Женщин впервые стали принимать в этот орден со времени повторного взятия Иерусалима, но, конечно, жили они в отдельных общинах. Со временем святой покровитель основателей ордена святой Иоанн Милостивый постепенно сменился на более важного святого Иоанна Евангелиста. Одеяние рыцарей поначалу было черным с белым крестом, концы которого расходились в стороны надвое, — эта разновидность ныне известна под названием мальтийского креста, поскольку после оставления Святой земли рыцари-госпитальеры долгое время находились на Мальте.  В 1259 году цвет военного облачения рыцарей сменился на красный, но белый крест на нем остался. Вместе с рыцарями-тамплиерами орден госпитальеров образовывал своего рода щит Иерусалимского королевства, предоставляя гарнизоны для многих его крупнейших крепостей и давая большое число дисциплинированных, умелых и опытных рыцарей для военных кампаний короля. Каждое поколение рыцарей приходило из Европы. Оно не росло в нездоровом климате Востока или под влиянием расслабляющих обычаев. Поскольку феодалам становилось все труднее находить рыцарям земельный надел, наделы стали раздаваться орденами. После потери последней крепости в Святой земле госпитальеры перебрались на Кипр, а в 1310 году  на Родос. Назначение одного из них «адмиралом галер» в 1299 году и последующие аналогичные назначения показывают, что госпитальеры нашли для себя новую сферу деятельности. Впоследствии они стали патрулировать воды Восточного Средиземноморья, подавляя пиратство и сопровождая пилигримов, тогда как их консулы в городах сарацин следили за соблюдением интересов паломников.

Орден рыцарей Храма (храмовники, или тамплиеры) был чисто военным и был основан в 1118–1119 годах Гуго де Пейнсом, простым рыцарем из Шампани, и фламандцем Годфруа де Сен-Омером для патрулирования дороги в Иерусалим и защиты пилигримов от бандитов и налетчиков. Название орден получил из-за того, что дарованные им Балдуином I помещения частично находились на месте, где, по преданию, располагался храм Соломона. Законы ордена были составлены самим святым Бернаром и утверждены папой Гонорием II в 1128 году на совете в Труа. Подобно госпитальерам, тамплиерам был дарован полный иммунитет от внешнего контроля, и они отвечали только перед папой. В 1145 году папой Евгением III им было даровано право носить белую мантию с красным крестом, но это право касалось только рыцарей; сержанты и прочие носили черное или коричневое одеяние, также с красным крестом. Флаг тамплиеров, с верхней черной половиной и белой нижней, «они называют Beauséant из-за того, что они учтивы и дружелюбны к друзьям Христа, но с врагами суровы и враждебны». Женатым рыцарям было разрешено вступать в этот орден пожизненно или на годичный срок, но они должны были обещать завещать ордену половину своей собственности. Однако им не выдавалась белая мантия. Внутри ордена существовала строгая иерархия: гроссмейстер, тамплиеры высших рангов, сенешали, маршалы и провинциальные маршалы, Командор Земли и Королевства Иерусалимского, ниже их — командующий флотом в Акре (современная Акка, Галилея, север Израиля). Эта иерархия существовала в учреждениях тамплиеров во всей Европе, где собственностью, подаренной ордену, управляли командоры провинций и приоры крупнейших владений и настоятели отдельных домов. Организация постоянно направляла деньги и новых рекрутов в Святую землю. Многие сеньоры, которые не могли принять участие в походах лично, давали вместо этого земли рыцарям; поскольку управление ордена было успешным, они становились все богаче; еще при Вильгельме Тирском  орден стали подозревать в том, что его истинной целью является овладение богатствами всего мира. В середине XIII века Матвей Парижский утверждал, что тамплиеры имеют 9 тысяч поместий. После потери крестоносцами Святой земли тамплиеры, в отличие от госпитальеров, не нашли новой официальной сферы деятельности. Они превратились в своего рода международных банкиров и стали ссужать деньги, и именно в Темпле (Храме), штаб-квартире тамплиеров в Лондоне, Губерт де Бург, к примеру, хранил свои богатства. Огромное состояние тамплиеров и их фактическая независимость от всех властей внутри королевства не могли не вызвать желания захватить их деньги. Секретность в их ритуалах и организации привела к слухам о том, что тамплиеры совершают ритуалы, о которых даже страшно говорить. В конечном счете французский король Филипп IV Красивый в своих попытках усилить власть короны решил наполнить собственную сокровищницу и в то же время восстановить контроль над землями, которыми орден владел во Франции. Ему удалось найти информатора, некоего Эскю де Флорана, бывшего рыцаря-тамплиера. С одобрения профранцузского папы Климента V король обвинил тамплиеров в богохульстве, поклонении идолам, убийствах, предательстве Святой земли и содомии. Под ужасными пытками многие рыцари признали обвинения и стали выдавать своих товарищей. В 1310 году, после двух лет расследований инквизиции, 44 рыцаря были сожжены в Париже, в Пор-де-Сен-Антуане. В 1312 году орден был полностью разгромлен (юридически упразднен Климентом V), и его земли были переданы — по крайней мере, теоретически  — госпитальерам . Сколько бы ни содержалось правды в первоначальных обвинениях, признания, сделанные под пытками, не могут считаться надежным свидетельством.

Хотя эти два великих ордена в эпоху Крестовых походов преобладали, существовало много и других орденов, даже в Святой земле. Тевтонский орден берет свое начало от госпиталя, устроенного на корабле, вытащенном на берег какими-то германскими купцами во время осады Акры (1189).  В отличие от упомянутых двух орденов, которые имели приорства в каждой стране, рыцари-тевтонцы были исключительно немцами. Их одеяние было белым с черным крестом. Князь Фридрих Швабский позднее утвердил их статус как духовного ордена (1190). В 1191 году папа Климент III утвердил их своей буллой как духовно-рыцарский орден, подобный госпитальерам.  В начале XIII века орден действовал в Трансильвании. В 1226 году произошла большая перемена в судьбе Тевтонского ордена, когда польский князь Конрад Мазовецкий предложил ему провинцию Кульм на Висле, к югу от современного Гданьска (Данцига) на условии, что орден будет защищать земли Конрада от язычников пруссов . Гроссмейстер ордена, Герман фон Зальца, друг Фридриха II (из Швабии, имевшего титул «короля Иерусалима»), убедил последнего даровать Кульм ордену с целью последующего завоевания Пруссии. Первые рыцари прибыли в Пруссию в 1230 году. Орден начал быстро увеличивать свои земли и строить замки на территориях, которые он завоевал. Позднее орден стал доставлять на эти земли переселенцев из Германии. В 1237 году орден формально объединился с небольшим орденом меченосцев , основанным в 1202 году епископом Риги для обращения в христианство населения Ливонии (современные Южная Эстония и Северная Латвия). В 1309 году штаб-квартира и резиденция гроссмейстера Тевтонского ордена окончательно переместились в Мариенбург (современный Мальборк на севере Польши), и орден занялся расширением своих владений за счет балтийских стран, поначалу во имя церкви, но позднее во имя германского императора. В Португалии уничтожение ордена тамплиеров привело к созданию в 1318 году ордена Христа королем Динишем I (правил 1279–1325), действовавшим по согласию папы. И король и папа имели право посвящать в рыцари этого ордена.

В XII веке в Испании существовали три отдельных военных ордена, чьей задачей было проведение Крестовых походов. Рыцари Калатравы и рыцари Сан-Хулиан-де-Перейро принадлежали к цистерианцам (Цистерианский орден — католический монашеский орден, основан в 1098 году во Франции монахами-бенедиктинцами). Первый орден был основан Санчо III Кастильским в 1158 году для удержания города-крепости Калатрава, освобожденного от мавров Альфонсо VII около 1146 года и отданного ордену цистерианцев. Рыцари Калатравы получили свою конфирмацию как военный орден в 1164 году. Орден Алькантары восходит своими корнями к братству рыцарей Святого Хулиана де Перейро, основанному в 1156 (или 1166) году двумя братьями рыцарями де Барриентос. Они получили конфирмацию у папы Александра III в 1177 году. В 1213 году ордену была доверена защита Алькантары, после чего орден получил известность как орден Алькантары. Рыцари обоих этих орденов носили багряно-красный крест на белой мантии.

Третий орден, рыцарей Святого Иакова (Сантьяго) Кампостелского, по традиции считают основанным Рамиро II Леонским (931–950), но конфирмация ордена была осуществлена папой Александром III в 1175 году. Отличительной особенностью рыцарей этого ордена был красный меч Святого Иакова с цветками лилии на навершии рукояти и концах поперечного перекрестья.